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- PDB-6co3: aducanumab abeta complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6co3
タイトルaducanumab abeta complex
要素
  • ALA-GLU-PHE-ARG-HIS-ASP
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody Fab fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


amyloid-beta complex / growth cone lamellipodium / cellular response to norepinephrine stimulus / growth cone filopodium / microglia development / collateral sprouting in absence of injury / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / regulation of synapse structure or activity / axo-dendritic transport / regulation of Wnt signaling pathway ...amyloid-beta complex / growth cone lamellipodium / cellular response to norepinephrine stimulus / growth cone filopodium / microglia development / collateral sprouting in absence of injury / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / regulation of synapse structure or activity / axo-dendritic transport / regulation of Wnt signaling pathway / axon midline choice point recognition / astrocyte activation involved in immune response / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / regulation of spontaneous synaptic transmission / mating behavior / growth factor receptor binding / peptidase activator activity / Golgi-associated vesicle / PTB domain binding / Lysosome Vesicle Biogenesis / positive regulation of amyloid fibril formation / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / astrocyte projection / neuron remodeling / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / nuclear envelope lumen / positive regulation of protein metabolic process / dendrite development / TRAF6 mediated NF-kB activation / modulation of excitatory postsynaptic potential / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / signaling receptor activator activity / The NLRP3 inflammasome / negative regulation of long-term synaptic potentiation / main axon / transition metal ion binding / regulation of multicellular organism growth / intracellular copper ion homeostasis / regulation of presynapse assembly / ECM proteoglycans / positive regulation of T cell migration / neuronal dense core vesicle / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of chemokine production / cellular response to manganese ion / clathrin-coated pit / Notch signaling pathway / extracellular matrix organization / neuron projection maintenance / Mitochondrial protein degradation / astrocyte activation / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / axonogenesis / response to interleukin-1 / positive regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein serine/threonine kinase binding / cellular response to copper ion / platelet alpha granule lumen / cellular response to cAMP / positive regulation of glycolytic process / adult locomotory behavior / central nervous system development / positive regulation of long-term synaptic potentiation / positive regulation of interleukin-1 beta production / trans-Golgi network membrane / endosome lumen / dendritic shaft / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / learning / positive regulation of JNK cascade / Post-translational protein phosphorylation / locomotory behavior / microglial cell activation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / synapse organization / cellular response to nerve growth factor stimulus / visual learning / recycling endosome / response to lead ion / positive regulation of interleukin-6 production / Golgi lumen / cognition / endocytosis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of inflammatory response / cellular response to amyloid-beta / neuron projection development / positive regulation of tumor necrosis factor production / Platelet degranulation / heparin binding / regulation of gene expression / regulation of translation / early endosome membrane / G alpha (i) signalling events / perikaryon / G alpha (q) signalling events / dendritic spine
類似検索 - 分子機能
Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site ...Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / PH-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta precursor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.384 Å
データ登録者Arndt, J.W.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Structural and kinetic basis for the selectivity of aducanumab for aggregated forms of amyloid-beta.
著者: Arndt, J.W. / Qian, F. / Smith, B.A. / Quan, C. / Kilambi, K.P. / Bush, M.W. / Walz, T. / Pepinsky, R.B. / Bussiere, T. / Hamann, S. / Cameron, T.O. / Weinreb, P.H.
履歴
登録2018年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab light chain
H: Fab heavy chain
Q: ALA-GLU-PHE-ARG-HIS-ASP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0274
ポリマ－48,9313
非ポリマー961
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4540 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area19280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.659, 64.844, 67.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.63, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 Fab light chain


分子量: 23228.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 24374.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド ALA-GLU-PHE-ARG-HIS-ASP


分子量: 1327.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P05067*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.34 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 19% PEG 3350 in 100 mM sodium acetate, and 300 mM lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→50 Å / Num. obs: 22692 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.38→2.51 Å / Rmerge(I) obs: 0.281

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CNR

6cnr


解像度: 2.384→19.955 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2349 1125 4.96 %
Rwork0.1813 --
obs0.1839 22664 92.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.384→19.955 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3321 0 5 28 3354
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033406
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.664631
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1512034
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046518
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005590
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3843-2.49260.3341110.27392341X-RAY DIFFRACTION80
2.4926-2.62370.31031680.25332754X-RAY DIFFRACTION97
2.6237-2.78770.26841480.23342815X-RAY DIFFRACTION98
2.7877-3.00230.26141570.22142814X-RAY DIFFRACTION98
3.0023-3.30320.3411360.22222776X-RAY DIFFRACTION97
3.3032-3.77830.2521540.19542705X-RAY DIFFRACTION93
3.7783-4.74970.17781110.14042648X-RAY DIFFRACTION90
4.7497-19.9560.18881400.14772686X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4534-0.9521-0.40830.6408-0.26991.43320.0982-0.60510.77141.04180.0261-0.7423-0.50890.8449-0.18321.0435-0.2474-0.30350.7562-0.06260.705825.105239.2141-4.0723
21.5483-0.38460.12520.5994-0.10411.8198-0.0435-0.34640.14611.52620.0705-0.6931-0.240.7408-0.04051.048-0.1298-0.24550.7499-0.05390.516820.113731.5051-0.3032
33.5548-0.2923-0.46411.1182-0.15071.13450.1392-0.57970.24150.47820.034-1.0151-0.27650.9808-0.20150.6574-0.1133-0.24580.7456-0.05090.673227.931.9585-8.211
42.8361-0.1193-0.56552.4801-0.53930.9752-0.1272-0.186-0.33150.2369-0.1165-1.4915-0.10130.29990.14980.38020.0389-0.07080.6258-0.03011.507144.862820.8391-26.5272
51.1987-0.6315-0.58391.6218-0.41211.2141-0.0172-0.0586-0.06540.5272-0.01750.1701-0.0031-0.11910.10910.4809-0.0440.06670.424-0.00750.28115.138125.6008-17.6719
62.0762-1.1280.37273.31090.22253.201-0.06910.10620.10420.41710.1320.0899-0.4308-0.0788-0.04740.5134-0.03380.07120.52590.02350.29514.35334.055-19.0226
70.8304-0.12860.32210.58840.49451.30340.0278-0.00650.36140.47620.0486-0.0806-0.27540.0872-0.14650.5953-0.04470.08330.43270.01860.32588.122533.7771-14.5643
81.52580.0639-0.60250.8955-0.56071.61850.14070.323-0.49470.3194-0.2029-0.89260.1161-0.1620.0440.37160.0219-0.01020.3571-0.07430.803926.532416.032-26.0122
91.7552-1.15160.01110.81350.16351.85410.0292-0.2224-1.29060.23820.1183-0.65030.3685-0.0377-0.06170.47140.0663-0.0940.54620.06861.400733.53067.3485-25.5094
105.00520.7602-0.71184.3467-1.97358.64540.035-0.18961.279-0.2188-0.2995-0.4311-0.49440.72390.32561.2613-0.02910.03730.55540.0760.70955.816448.3385-10.4271
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 1 through 32 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 33 through 90 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 91 through 113 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 114 through 211 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 1 through 39 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 40 through 83 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 84 through 110 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 111 through 156 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 157 through 225 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'Q' and (resid 2 through 7 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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