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- PDB-6c8q: Crystal structure of NAD synthetase (NadE) from Enterococcus faec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c8q
タイトルCrystal structure of NAD synthetase (NadE) from Enterococcus faecalis in complex with NAD+
要素NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
キーワードTRANSFERASE / NAD / NadE / AMIDOTRANSFERASE / NH3 DEPENDENT / ATP PYROPHOSPHATASE / LIGASE / structural genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+ synthase / NAD+ synthase activity / NAD+ synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / NAD+ biosynthetic process / glutaminase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NH(3)-dependent NAD(+) synthetase / NAD(+) synthetase / NAD/GMP synthase / NAD synthase / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis V583 (乳酸球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.583 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Skarina, T. / McChesney, C. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201200026C 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: Microbiol Resour Announc / 年: 2025
タイトル: Structural genomics of bacterial drug targets: Application of a high-throughput pipeline to solve 58 protein structures from pathogenic and related bacteria.
著者: Inniss, N.L. / Minasov, G. / Chang, C. / Tan, K. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Stogios, P. / Filippova, E. / Michalska, K. / Osipiuk, J. / Jaroszewki, L. / Godzik, A. / Savchenko, A. / ...著者: Inniss, N.L. / Minasov, G. / Chang, C. / Tan, K. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Stogios, P. / Filippova, E. / Michalska, K. / Osipiuk, J. / Jaroszewki, L. / Godzik, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F.
履歴
登録2018年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32025年6月18日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
B: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
C: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
D: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
E: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
F: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
G: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
H: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,88816
ポリマ－243,5818
非ポリマー5,3078
水16,700927
1
A: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
B: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2224
ポリマ－60,8952
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7220 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area23040 Å2
手法PISA
2
C: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
G: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2224
ポリマ－60,8952
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7270 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area22500 Å2
手法PISA
3
D: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
F: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2224
ポリマ－60,8952
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7150 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area22420 Å2
手法PISA
4
E: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
H: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2224
ポリマ－60,8952
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7070 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area22390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.445, 85.165, 175.811
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.54, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
NH(3)-dependent NAD(+) synthetase


分子量: 30447.574 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus faecalis V583 (乳酸球菌)
株: ATCC 700802 / V583 / 遺伝子: nadE, EF_2625 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: Q830Y9, NAD+ synthase
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 927 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis-tris pH 5.5, 0.2 M magnesium chloride, 25% (w/v) PEG3350, 10 mM NAD+

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→25 Å / Num. obs: 77971 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.723 / Mean I/σ(I) obs: 0.83 / Num. unique obs: 3667 / CC1/2: 0.651 / Rpim(I) all: 0.495 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2733: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5huj

5huj


解像度: 2.583→24.776 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 2018 2.59 %RANDOM
Rwork0.1875 ---
obs0.1888 77904 98.43 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.583→24.776 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16539 0 335 927 17801
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00217283
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5423426
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.2366464
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0392622
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033005
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5828-2.64730.31961250.29794639X-RAY DIFFRACTION85
2.6473-2.71880.32791410.2685373X-RAY DIFFRACTION98
2.7188-2.79870.29451340.25485438X-RAY DIFFRACTION99
2.7987-2.88890.30671540.25785408X-RAY DIFFRACTION99
2.8889-2.9920.34681390.23915424X-RAY DIFFRACTION99
2.992-3.11160.29131490.23525451X-RAY DIFFRACTION99
3.1116-3.25290.3291440.23915473X-RAY DIFFRACTION99
3.2529-3.4240.28931440.21935477X-RAY DIFFRACTION100
3.424-3.63790.25081470.18765446X-RAY DIFFRACTION100
3.6379-3.91780.23751520.17395516X-RAY DIFFRACTION100
3.9178-4.31020.18841460.14815530X-RAY DIFFRACTION100
4.3102-4.92960.16211500.13075489X-RAY DIFFRACTION100
4.9296-6.19470.20521420.16515574X-RAY DIFFRACTION100
6.1947-24.77750.20161510.15925648X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8998-0.66970.32560.7903-0.03931.37440.0140.09610.1043-0.0649-0.0004-0.1565-0.23380.0251-0.01050.3933-0.04380.00010.28630.03150.495519.94681.29923.0909
20.8403-0.16220.7982.01540.79771.22060.0285-0.01560.22540.0282-0.05840.1049-0.0429-0.0890.02210.2619-0.00140.03970.26090.02320.356811.7273-9.92784.199
32.49063.6204-0.29838.2701-1.31240.2980.2391-0.09110.50342.02580.43671.1109-0.6895-0.908-0.75540.6750.17250.16830.56570.07340.7066.50866.552418.777
43.1455-3.5111-1.84365.80242.71632.86440.0477-0.1858-0.06920.29580.0125-0.1708-0.0508-0.0633-0.04810.336-0.05-0.00130.26370.03420.363519.7175-13.752821.9107
57.30725.5717-4.95845.2326-4.97374.72780.7989-0.19350.05540.2316-1.2538-1.8944-0.35650.61440.47630.45840.0518-0.01590.55840.12850.655642.8628-27.39491.0981
62.0066-0.712-0.30042.0948-0.71072.3569-0.067-0.0661-0.2504-0.13250.0474-0.19210.210.02790.02920.35550.04310.01950.24870.02950.468421.4369-38.14539.6148
74.2195-0.8438-0.58217.22830.0530.6591-0.01530.3468-0.5433-0.9139-0.09320.11920.4417-0.18810.0860.3655-0.04110.04670.2889-0.10520.42411.2972-38.1106-2.4478
81.4553-0.17010.91560.6321-0.14571.0452-0.09610.1635-0.0019-0.19420.0441-0.08790.07630.10120.06070.3578-0.01020.06240.2387-0.00970.382317.4019-26.136-3.6527
97.29267.2701-7.21279.2499-7.97257.4165-1.19350.4533-0.5466-2.07630.7916-1.60581.83710.57890.48610.9037-0.06340.16420.6748-0.15380.630227.039-42.4369-12.7906
101.4479-0.6994-1.81252.72211.81043.2532-0.32150.0676-0.1303-0.18020.1687-0.2260.24380.22860.12880.3743-0.00950.11370.36610.05720.554536.1179-20.3355-6.5176
118.0853-1.1585-6.01562.92762.74877.5534-0.6346-0.0257-0.7427-0.0892-0.00050.54480.5267-0.25980.65050.435-0.05290.05660.31190.0120.4133-16.3056-30.220232.4579
124.49820.8262-3.34044.0625-1.56086.99840.02180.04120.15190.15790.0930.33250.1645-0.3212-0.07730.39250.12790.04040.472-0.01920.4132-23.8084-15.537339.5505
138.2817-0.73213.16254.1873.07274.447-0.21360.69570.4914-0.45050.07050.2076-0.2592-0.21390.12470.43650.19430.030.39860.0390.3003-19.5899-4.572935.4536
140.964-0.26490.26650.98681.07111.6617-0.110.02040.0474-0.0640.0350.0396-0.1343-0.13880.06810.43670.04910.06390.37740.08460.346-7.6346-10.98837.1843
157.5281.569-5.43310.3718-1.15244.10090.51421.21050.62860.1078-0.00640.1694-0.6619-0.6907-0.49330.5650.0788-0.01780.4894-0.03060.5525-10.1766-14.151819.2175
160.6267-0.27581.7630.1517-0.59475.9507-0.0362-0.0245-0.07650.01420.00420.01460.2492-0.28560.01460.45480.03280.04870.3478-0.02190.50091.324-28.253729.9714
172.5616-1.011-1.80452.5061.31787.22520.0838-0.43430.45610.1938-0.22440.1857-0.6471-0.22040.1750.52780.08580.02420.7101-0.2240.5903-32.26911.417285.1933
180.17921.21-0.06218.49421.28615.4901-0.6587-1.26530.55480.61630.5876-1.3318-0.76920.5064-0.0720.76490.0679-0.17651.0403-0.22880.6652-16.1583-0.299293.5035
193.0994-1.4945-0.58863.48970.01551.5839-0.1461-0.87320.25360.30960.0854-0.23580.05060.05120.04950.4751-0.01190.00660.7522-0.07910.4034-19.8603-10.756486.0381
204.6978-5.6012-5.40796.69346.6588.00580.3446-0.15060.8431-0.39360.15-0.5659-1.31540.9884-0.47590.8704-0.12170.08130.6178-0.00860.5637-19.28970.169169.0248
211.07191.9288-1.84525.5911-3.29474.1464-0.08320.422-0.0163-0.33910.11560.3679-0.0018-0.6517-0.07790.54430.0663-0.00380.6736-0.06880.5973-30.4189-18.401569.3577
221.89510.1036-0.18171.50440.3925.74710.014-0.08380.0521-0.02160.19350.2817-0.6097-0.2239-0.15360.42980.07350.00350.27370.06550.459628.4632-48.831930.8112
237.5257-3.53591.15494.00060.06891.41970.1209-0.5192-0.80670.01270.39140.90060.2064-0.4743-0.52560.4811-0.0409-0.02560.28290.00090.536623.455-66.781729.7104
241.4084-0.7435-0.43592.423-0.331.5172-0.0615-0.2796-0.24860.16180.23090.34340.0327-0.1216-0.16460.48780.04890.0430.34490.04610.508532.3845-63.394638.9567
258.91910.44266.85030.0550.4255.37180.0504-1.354-0.34560.24080.36860.5790.0547-1.5353-0.73950.65740.00860.12760.54630.1860.815717.6956-56.700645.9452
268.8104-2.2464-0.72131.2154-0.98281.6329-0.2622-0.61620.34420.54160.3705-0.0727-0.4019-0.3243-0.14370.68290.17280.0020.5195-0.07370.46735.548-47.883552.1662
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313.36972.15-2.14812.3203-1.46842.3765-0.0527-0.8925-0.35260.4175-0.09910.68490.496-0.1033-0.15350.7958-0.04990.27741.0302-0.01510.9255-43.4692-24.995295.1776
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386.1778-4.2885-3.73066.721.19116.9314-0.1862-0.2478-0.07560.46330.15610.2397-0.7038-0.01250.02610.56360.1322-0.11270.4812-0.06030.413151.7064-64.240552.7937
392.6794-0.2860.2561.8069-0.41071.30010.0008-0.2115-0.10940.30470.0715-0.11870.19730.3823-0.07910.44750.1261-0.00710.4078-0.0260.367254.0858-68.129442.4417
400.575-1.97722.37076.8204-8.00979.8981-0.41820.66170.6511-1.2626-0.1707-0.18280.74982.28270.48360.80010.1672-0.06551.06790.01750.707172.0153-67.651335.1435
414.74010.42890.0047.53053.10072.4862-0.2101-0.1763-0.3016-0.09440.1085-0.3934-0.08860.54970.14490.39570.04020.07890.49980.07440.445962.2385-53.163524.5635
428.5646-1.6867-3.23351.01442.55276.5040.274-0.19710.2437-0.17120.158-0.3165-0.82020.3941-0.46560.43240.0127-0.03510.2796-0.03540.407741.8964-47.609531.4439
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 102 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 103 through 199 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 200 through 222 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 223 through 275 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 19 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 20 through 72 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 73 through 102 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 103 through 199 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 200 through 222 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 223 through 275 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 1 through 37 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 38 through 72 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 73 through 102 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 103 through 199 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 200 through 231 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 232 through 275 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 2 through 72 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 73 through 102 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 103 through 199 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 200 through 245 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 246 through 275 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 1 through 72 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 73 through 102 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 103 through 199 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 200 through 231 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 232 through 275 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 1 through 37 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 38 through 83 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 84 through 102 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 103 through 199 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 200 through 275 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'G' and (resid 2 through 51 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'G' and (resid 52 through 112 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'G' and (resid 113 through 199 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'G' and (resid 200 through 222 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'G' and (resid 223 through 275 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'H' and (resid 2 through 37 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'H' and (resid 38 through 51 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'H' and (resid 52 through 199 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'H' and (resid 200 through 222 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'H' and (resid 223 through 258 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'H' and (resid 259 through 275 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る