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- PDB-6c16: Ubiquitin variant (UbV.Fbl10.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c16
タイトルUbiquitin variant (UbV.Fbl10.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex.
要素
  • Lysine-specific demethylase 2A
  • Polyubiquitin-B
  • S-phase kinase-associated protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / Ubiquitination
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me/H3K36me2 demethylase activity / F-box domain binding / unmethylated CpG binding / PcG protein complex / histone H3K36 demethylase activity / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of protein location in nucleus ...[histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me/H3K36me2 demethylase activity / F-box domain binding / unmethylated CpG binding / PcG protein complex / histone H3K36 demethylase activity / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of protein location in nucleus / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / histone demethylase activity / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / ubiquitin ligase complex scaffold activity / virus tail / Prolactin receptor signaling / cullin family protein binding / protein monoubiquitination / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / protein K48-linked ubiquitination / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / Regulation of BACH1 activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / Vpu mediated degradation of CD4 / molecular function activator activity / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Iron uptake and transport / Activation of NF-kappaB in B cells / Degradation of GLI1 by the proteasome / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / HDMs demethylate histones / transcription coregulator activity / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / circadian regulation of gene expression / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / CLEC7A (Dectin-1) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / regulation of circadian rhythm / FCERI mediated NF-kB activation / beta-catenin binding / Interleukin-1 signaling / Orc1 removal from chromatin / double-strand break repair via nonhomologous end joining / Cyclin D associated events in G1 / Regulation of RUNX2 expression and activity / : / protein polyubiquitination / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Downstream TCR signaling / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / chromosome / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / chromatin remodeling / protein domain specific binding / centrosome / regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PHD-finger / F-box domain / Jumonji, helical domain / Jumonji helical domain / : / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / F-box-like / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 ...PHD-finger / F-box domain / Jumonji, helical domain / Jumonji helical domain / : / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / F-box-like / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. / F-box domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Leucine-rich repeat domain superfamily / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Ubiquitin family / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tail fiber / S-phase kinase-associated protein 1 / Lysine-specific demethylase 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Manczyk, N. / Sicheri, F.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FDN 143277 カナダ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: A Structure-Based Strategy for Engineering Selective Ubiquitin Variant Inhibitors of Skp1-Cul1-F-Box Ubiquitin Ligases.
著者: Gorelik, M. / Manczyk, N. / Pavlenco, A. / Kurinov, I. / Sidhu, S.S. / Sicheri, F.
履歴
登録2018年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-phase kinase-associated protein 1
B: S-phase kinase-associated protein 1
C: Lysine-specific demethylase 2A
D: Polyubiquitin-B
F: Lysine-specific demethylase 2A
H: Polyubiquitin-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,4656
ポリマ－69,4656
非ポリマー00
水00
1
A: S-phase kinase-associated protein 1
C: Lysine-specific demethylase 2A
H: Polyubiquitin-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7333
ポリマ－34,7333
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area13250 Å2
手法PISA
2
B: S-phase kinase-associated protein 1
D: Polyubiquitin-B
F: Lysine-specific demethylase 2A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7333
ポリマ－34,7333
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area13340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.241, 119.582, 63.707
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.45, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 S-phase kinase-associated protein 1 / Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti ...Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti protein II / OCP-II / RNA polymerase II elongation factor-like protein / SIII / Transcription elongation factor B polypeptide 1-like / p19skp1


分子量: 18808.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SKP1, EMC19, OCP2, SKP1A, TCEB1L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63208
#2: タンパク質・ペプチド Lysine-specific demethylase 2A / CXXC-type zinc finger protein 8 / F-box and leucine-rich repeat protein 11 / F-box protein FBL7 / F- ...CXXC-type zinc finger protein 8 / F-box and leucine-rich repeat protein 11 / F-box protein FBL7 / F-box protein Lilina / F-box/LRR-repeat protein 11 / JmjC domain-containing histone demethylation protein 1A / [Histone-H3]-lysine-36 demethylase 1A


分子量: 5952.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM2A, CXXC8, FBL7, FBXL11, JHDM1A, KIAA1004 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y2K7, [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase
#3: タンパク質 Polyubiquitin-B


分子量: 9972.468 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG47

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M malic acid pH 4.5, 0.15 M sodium chloride, 27% (w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 93.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.27→19.82 Å / Num. obs: 8718 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.986 / Rsym value: 0.179 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 3.27→3.53 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1811 / CC1/2: 0.547 / Rsym value: 1.068 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UBQ

1ubq


解像度: 3.27→19.818 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 36.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3172 464 5.36 %
Rwork0.26 --
obs0.2632 8658 98.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.27→19.818 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3529 0 0 0 3529
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033587
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6154932
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.9261134
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043621
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006639
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2703-3.74070.38241590.33932708X-RAY DIFFRACTION98
3.7407-4.70250.33291600.2772716X-RAY DIFFRACTION99
4.7025-19.8180.28691450.22962770X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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