+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1s7z | ||||||
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Title | Structure of Ocr from Bacteriophage T7 | ||||||
Components | Gene 0.3 protein | ||||||
Keywords | GENE REGULATION / all helical | ||||||
Function / homology | Function and homology information symbiont-mediated evasion of host restriction-modification system / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Enterobacteria phage T7 (virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.83 Å | ||||||
Authors | Walkinshaw, M.D. / Taylor, P. / Sturrock, S.S. / Atanasiu, C. / Berg, T. / Henderson, R.M. / Edwardson, J.M. / Dryden, D.T. | ||||||
Citation | Journal: Mol.Cell / Year: 2002 Title: Structure of Ocr from Bacteriophage T7, a Protein that Mimics B-Form DNA Authors: Walkinshaw, M.D. / Taylor, P. / Sturrock, S.S. / Atanasiu, C. / Berg, T. / Henderson, R.M. / Edwardson, J.M. / Dryden, D.T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1s7z.cif.gz | 35.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1s7z.ent.gz | 26.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1s7z.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 1s7z_validation.pdf.gz | 431.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 1s7z_full_validation.pdf.gz | 434.5 KB | Display | |
Data in XML | 1s7z_validation.xml.gz | 8.2 KB | Display | |
Data in CIF | 1s7z_validation.cif.gz | 11 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/1s7z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/1s7z | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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Details | The tight (sub nanomolar) dimer in solution is retained in the crystal by a crystallographic two-fold axis The interface is only 250 Angstroms squared for each monomer |
-Components
#1: Protein | Mass: 14100.386 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterobacteria phage T7 (virus) / Genus: T7-like viruses / Gene: 0.3 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P03775 | ||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.85 Å3/Da / Density % sol: 33.39 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.2 Details: 32%PEG-8000, 0.1M Tris-HCl, 0.2M caesium chloride, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: Sturrock, S.S., (2001) Acta Cryst., D57, 1652. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SRS / Beamline: PX14.2 / Wavelength: 0.87 / Wavelength: 1.2, 0.9777,0.9793 | |||||||||||||||
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Mar 1, 2000 / Details: channel cut monochromator | |||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Silicon / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.83→38.9 Å / Num. all: 8923 / Num. obs: 8923 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 17.9 | |||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.83→1.88 Å / Rmerge(I) obs: 0.096 / Mean I/σ(I) obs: 13.3 / Rsym value: 0.096 / % possible all: 98.5 | |||||||||||||||
Reflection | *PLUS Highest resolution: 1.8 Å / % possible obs: 99.3 % / Num. measured all: 71916 | |||||||||||||||
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 98.5 % |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.83→38.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 4.209 / SU ML: 0.132 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.155 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 10.834 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.83→38.9 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.83→1.879 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Software | *PLUS Version: 5 / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement | *PLUS Rfactor Rfree: 0.241 / Rfactor Rwork: 0.174 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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