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- PDB-6skw: Crystal structure of the Legionella pneumophila type II secretion... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6skw | ||||||
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Title | Crystal structure of the Legionella pneumophila type II secretion system substrate NttE | ||||||
![]() | NttE | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / Legionella pneumophila / type II secretion system | ||||||
Function / homology | Uncharacterized protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Portlock, T.J. / Rehman, S. / Garnett, J.A. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure, Dynamics and Cellular Insight Into Novel Substrates of theLegionella pneumophilaType II Secretion System. Authors: Portlock, T.J. / Tyson, J.Y. / Dantu, S.C. / Rehman, S. / White, R.C. / McIntire, I.E. / Sewell, L. / Richardson, K. / Shaw, R. / Pandini, A. / Cianciotto, N.P. / Garnett, J.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 216.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | Display | ![]() | |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.5 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.5 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 24.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 35.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 33611.949 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.32 Å3/Da / Density % sol: 62.91 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 40% (v/v) ethylene glycol, 20% (w/v) polyethylene glycol 8000, 50 mM imidazole, 50 mM 2-(N-morpholine)ethanesulfonic acid pH 6.5, 300 mM magnesium chloride, 300 mM calcium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: May 23, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→104.68 Å / Num. obs: 45011 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 36.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 25.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.26 Å / Rmerge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / Num. unique obs: 3292 / Rpim(I) all: 0.121 / Rrim(I) all: 0.46 / % possible all: 99.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 38.96 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→104.676 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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