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- PDB-6bwy: DNA substrate selection by APOBEC3G -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bwy
タイトルDNA substrate selection by APOBEC3G
要素
  • DNA (30-MER)
  • Protection of telomeres protein 1, DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G fusion
キーワードHYDROLASE / Deaminase / DNA binding / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex / telomere cap complex / dCTP deaminase activity / base conversion or substitution editing / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / chromosome, telomeric repeat region / single-stranded DNA cytosine deaminase / negative regulation of viral process / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing ...apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex / telomere cap complex / dCTP deaminase activity / base conversion or substitution editing / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / chromosome, telomeric repeat region / single-stranded DNA cytosine deaminase / negative regulation of viral process / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / cytidine deaminase activity / telomerase inhibitor activity / regulation of telomere maintenance via telomerase / shelterin complex / transposable element silencing / single-stranded telomeric DNA binding / G-rich strand telomeric DNA binding / nuclear telomere cap complex / telomere capping / negative regulation of viral genome replication / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / positive regulation of telomere maintenance / positive regulation of defense response to virus by host / telomere maintenance / antiviral innate immune response / P-body / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / defense response to virus / ribonucleoprotein complex / innate immune response / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Protection of telomeres protein 1, ssDNA-binding domain / ssDNA-binding domain of telomere protection protein / Protection of telomeres protein 1 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/Cdc13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / : / APOBEC3, cytosine deaminase domain / : ...: / Protection of telomeres protein 1, ssDNA-binding domain / ssDNA-binding domain of telomere protection protein / Protection of telomeres protein 1 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/Cdc13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / : / APOBEC3, cytosine deaminase domain / : / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / Protection of telomeres protein 1 / DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Ziegler, S.J. / Buzovetsky, O.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2018
タイトル: Insights into DNA substrate selection by APOBEC3G from structural, biochemical, and functional studies.
著者: Ziegler, S.J. / Liu, C. / Landau, M. / Buzovetsky, O. / Desimmie, B.A. / Zhao, Q. / Sasaki, T. / Burdick, R.C. / Pathak, V.K. / Anderson, K.S. / Xiong, Y.
履歴
登録2017年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
I: DNA (30-MER)
C: DNA (30-MER)
D: DNA (30-MER)
F: DNA (30-MER)
A: Protection of telomeres protein 1, DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G fusion
B: Protection of telomeres protein 1, DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G fusion
E: Protection of telomeres protein 1, DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G fusion
G: Protection of telomeres protein 1, DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G fusion
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,98027
ポリマ－205,2948
非ポリマー1,68619
水1,02757
1
I: DNA (30-MER)
A: Protection of telomeres protein 1, DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G fusion
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7697
ポリマ－51,3232
非ポリマー4455
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area18300 Å2
手法PISA
2
C: DNA (30-MER)
G: Protection of telomeres protein 1, DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G fusion
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7697
ポリマ－51,3232
非ポリマー4455
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area18330 Å2
手法PISA
3
D: DNA (30-MER)
B: Protection of telomeres protein 1, DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G fusion
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6746
ポリマ－51,3232
非ポリマー3504
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1790 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area18420 Å2
手法PISA
4
F: DNA (30-MER)
E: Protection of telomeres protein 1, DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G fusion
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7697
ポリマ－51,3232
非ポリマー4455
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.072, 79.072, 266.411
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細 (eV)
11A
21B
12A
22E
13A
23G
14B
24E
15B
25G
16E
26G

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 30 - 381 / Label seq-ID: 7 - 358

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AE
21BF
12AE
22EG
13AE
23GH
14BF
24EG
15BF
25GH
16EG
26GH

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: DNA鎖
DNA (30-MER)


分子量: 9357.086 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質
Protection of telomeres protein 1, DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G fusion / APOBEC-related cytidine deaminase / ARCD / APOBEC-related protein 9 / ARP-9 / CEM-15 / CEM15 / ...APOBEC-related cytidine deaminase / ARCD / APOBEC-related protein 9 / ARP-9 / CEM-15 / CEM15 / Deoxycytidine deaminase / A3G


分子量: 41966.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: pot1, SPAC26H5.06, APOBEC3G, MDS019 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O13988, UniProt: Q9HC16, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: batch mode
詳細: 100 mM HEPES pH7, 200 mM LiCl, and 20% (w/v) Polyethylene glycol (PEG) 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.501
11-H, K, -L20.499
反射解像度: 2.9→44.19 Å / Num. obs: 35772 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.7 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.856 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3545 / Rpim(I) all: 0.539

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IR2, 1QZH

3ir2

1qzh


解像度: 2.9→44.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 27.433 / SU ML: 0.267 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.109
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28692 1737 5 %RANDOM
Rwork0.23394 ---
obs0.23665 32909 96.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 88.213 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-65 Å20 Å20 Å2
2--65 Å20 Å2
3----130 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→44.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11169 577 79 57 11882
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.01912166
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9421.89416625
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.60851374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.40624.144584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.126151913
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8881573
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.21743
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0219149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.5816.585520
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.7869.8616886
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.5456.4536646
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined15.64561.16349433
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A108940.1
12B108940.1
21A111180.08
22E111180.08
31A112340.07
32G112340.07
41B110020.1
42E110020.1
51B109400.1
52G109400.1
61E110620.08
62G110620.08
LS精密化 シェル解像度: 2.901→2.976 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 127 -
Rwork0.3 2374 -
obs--94.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.17850.10230.24751.60230.87232.3093-0.0134-0.1171-0.02720.00140.08640.1369-0.1899-0.0175-0.0730.0221-0.00040.00190.09840.01890.4949151.008168.3825-50.7332
20.77440.3091.37550.73331.12183.612-0.0179-0.03570.01340.0984-0.10280.20030.5123-0.23670.12070.335-0.07090.04770.15940.02740.4517131.858272.4026-20.06
30.3011-0.2696-0.38440.8012-0.16522.63390.10990.1613-0.01870.0281-0.1032-0.1662-0.2622-0.0499-0.00660.07350.07330.00830.1210.01580.449286.712468.4038-2.8963
41.1833-0.43620.5451.0191-0.60821.7609-0.0424-0.1499-0.08450.0611-0.1235-0.11750.2280.11920.16590.05920.01730.03520.06440.06350.5172105.349273.7056-33.1456
50.2712-0.38230.27690.813-0.38412.7702-0.0140.07790.05480.01380.0386-0.1703-0.04430.0592-0.02460.0019-0.00680.01760.1029-0.02430.5066125.5652108.14217.2217
61.5009-0.33911.67351.3882-0.52612.13430.0335-0.0476-0.06170.1064-0.1182-0.10560.1540.09410.08470.10340.01170.06030.16260.02420.4798144.7422112.7116-23.0597
70.25590.29340.03370.9686-0.58932.29220.0694-0.16310.0159-0.0185-0.04650.1648-0.29070.0996-0.02290.1263-0.12590.01170.1842-0.02750.4204110.8425107.8178-40.489
81.1031-0.09670.28651.16080.51323.0302-0.13860.1926-0.1162-0.0019-0.09880.20660.5649-0.02380.23750.1539-0.03150.05670.0422-0.07020.530592.2958112.5379-9.9506
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A30 - 194
2X-RAY DIFFRACTION1I1 - 7
3X-RAY DIFFRACTION2A195 - 381
4X-RAY DIFFRACTION3B30 - 194
5X-RAY DIFFRACTION3D1 - 7
6X-RAY DIFFRACTION4B195 - 381
7X-RAY DIFFRACTION5E30 - 194
8X-RAY DIFFRACTION5F1 - 7
9X-RAY DIFFRACTION6E195 - 381
10X-RAY DIFFRACTION7G30 - 194
11X-RAY DIFFRACTION7C1 - 7
12X-RAY DIFFRACTION8G195 - 381

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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