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- PDB-5a5z: Approved Drugs Containing Thiols as Inhibitors of Metallo-beta- l... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a5z
タイトルApproved Drugs Containing Thiols as Inhibitors of Metallo-beta- lactamases: Strategy To Combat Multidrug-Resistant Bacteria
要素BETA-LACTAMASE NDM-1
キーワードHYDROLASE / METALLO-BETA-LACTAMASE / NDM-1 / NEW DELHI METALLO- BETA-LACTAMASE 1 / TIOPRONIN
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TIOPRONIN / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種KLEBSIELLA PNEUMONIAE (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Klingler, F.M. / Wichelhaus, T.A. / Frank, D. / Cuesta-Bernal, J. / El-Delik, J. / Mueller, H.F. / Sjuts, H. / Goettig, S. / Koenigs, A. / Pogoryelov, D. / Proschak, E.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2015
タイトル: Approved Drugs Containing Thiols as Inhibitors of Metallo-beta-lactamases: Strategy To Combat Multidrug-Resistant Bacteria.
著者: Klingler, F.M. / Wichelhaus, T.A. / Frank, D. / Cuesta-Bernal, J. / El-Delik, J. / Muller, H.F. / Sjuts, H. / Gottig, S. / Koenigs, A. / Pos, K.M. / Pogoryelov, D. / Proschak, E.
履歴
登録2015年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Experimental preparation / Other
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-LACTAMASE NDM-1
C: BETA-LACTAMASE NDM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2568
ポリマ－53,6682
非ポリマー5886
水1,26170
1
A: BETA-LACTAMASE NDM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1284
ポリマ－26,8341
非ポリマー2943
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: BETA-LACTAMASE NDM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1284
ポリマ－26,8341
非ポリマー2943
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.047, 108.047, 92.571
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 BETA-LACTAMASE NDM-1 / NDM-1 / METALLO-BETA-LACTAMASE NDM-1


分子量: 26834.170 Da / 分子数: 2 / 断片: LACTAMASE_B, RESIDUES 29-270 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TIOPRONIN INHIBITOR BINDING / 由来: (組換発現) KLEBSIELLA PNEUMONIAE (肺炎桿菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: C7C422, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-WJZ / TIOPRONIN / THIOLA


分子量: 163.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO3S / コメント: 薬剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: FOR CRYSTALLIZATION, THE PURIFIED PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 19.88 MG/ML. APO - NDM - 1 CRYSTALS WERE GROWN AT 25 C FOR 3 WEEKS USING THE HANGING - DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD BY MIXING 0. ...詳細: FOR CRYSTALLIZATION, THE PURIFIED PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 19.88 MG/ML. APO - NDM - 1 CRYSTALS WERE GROWN AT 25 C FOR 3 WEEKS USING THE HANGING - DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD BY MIXING 0.7UL OF PROTEIN SOLUTION WITH 1UL OF RESERVOIR BUFFER (24 % PEG 1500 AND 0.05 M TBG (SODIUM TARTRATE/BIS - TRIS/GLYCYLGLYCINE) PH 4) AND 0.3UL OF 1/10 DILUTION OF NDM - 1 CRYSTAL SEEDS STOCK.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99988
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99988 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→46.66 Å / Num. obs: 17411 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.89 / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 41.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.21 / Net I/σ(I): 12.17
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 1.25 / Mean I/σ(I) obs: 1.89 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3Q6X

3q6x
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.6→46.659 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.23 / 位相誤差: 25.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2518 1614 5 %
Rwork0.2081 --
obs0.2103 17404 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→46.659 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3520 0 24 70 3614
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043618
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7394922
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5721262
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03548
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003654
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6001-2.67660.32771330.30282568X-RAY DIFFRACTION100
2.6766-2.7630.35221380.28652555X-RAY DIFFRACTION100
2.763-2.86170.31081330.27212531X-RAY DIFFRACTION100
2.8617-2.97630.30131380.26552562X-RAY DIFFRACTION100
2.9763-3.11170.30951300.26222534X-RAY DIFFRACTION100
3.1117-3.27570.26781360.24282546X-RAY DIFFRACTION100
3.2757-3.48090.23321360.21052542X-RAY DIFFRACTION100
3.4809-3.74950.23061330.20432553X-RAY DIFFRACTION100
3.7495-4.12670.21221350.17432542X-RAY DIFFRACTION100
4.1267-4.72330.18481350.16192548X-RAY DIFFRACTION100
4.7233-5.94890.2511330.17412553X-RAY DIFFRACTION100
5.9489-46.66660.26271340.18652538X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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