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万見
- PDB-4typ: Crystal structure of an adenylate kinase mutant--AKm1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4typ
タイトルCrystal structure of an adenylate kinase mutant--AKm1
要素Adenylate kinase
キーワードTRANSFERASE / adenylate kinase / ATP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside monophosphate metabolic process / nucleoside diphosphate metabolic process / adenylate kinase / AMP kinase activity / AMP salvage / nucleoside diphosphate kinase activity / zinc ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenylate kinase, active site lid domain / Adenylate kinase, active site lid / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / Adenylate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...Adenylate kinase, active site lid domain / Adenylate kinase, active site lid / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / Adenylate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE / Adenylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Moon, S. / Bae, E.
引用ジャーナル: J KOREAN SOC APPL BIOL CHEM / 年: 2014
タイトル: Crystal structures of thermally stable adenylate kinase mutants designed by local structural entropy optimization and structure-guided mutagenesis
著者: Moon, S. / Bae, E.
履歴
登録2014年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: Adenylate kinase
B: Adenylate kinase
A: Adenylate kinase
D: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,62110
ポリマ－97,8254
非ポリマー3,7966
水23413
1
C: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3732
ポリマ－24,4561
非ポリマー9161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1530 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area10220 Å2
手法PISA
2
B: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4383
ポリマ－24,4561
非ポリマー9822
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1530 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area10500 Å2
手法PISA
3
A: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4383
ポリマ－24,4561
非ポリマー9822
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area10790 Å2
手法PISA
4
D: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3732
ポリマ－24,4561
非ポリマー9161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1560 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area9870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.641, 123.338, 86.693
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A1 - 212
2010B1 - 212
1020A1 - 212
2020C1 - 212
1030A1 - 212
2030D1 - 212
1040B1 - 212
2040C1 - 212
1050B1 - 212
2050D1 - 212
1060C1 - 213
2060D1 - 213

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Adenylate kinase / AK / ATP-AMP transphosphorylase / ATP:AMP phosphotransferase / Adenylate monophosphate kinase / ...AK / ATP-AMP transphosphorylase / ATP:AMP phosphotransferase / Adenylate monophosphate kinase / Superoxide-inducible protein 16 / SOI16


分子量: 24456.176 Da / 分子数: 4
変異: L3I, G17A, R19K, E22A, D23K, K69R, G73S, D75S, Y103M, K105R, P106K, I107L, D108E, Y109H, N112H, D106R, K107Q, D108E, V109E, S169A, T179M, Q180K, D184A, S187D, E188S, G190E, Y191V, A193R, ...変異: L3I, G17A, R19K, E22A, D23K, K69R, G73S, D75S, Y103M, K105R, P106K, I107L, D108E, Y109H, N112H, D106R, K107Q, D108E, V109E, S169A, T179M, Q180K, D184A, S187D, E188S, G190E, Y191V, A193R, Q198E, I201M, Q202E, D203K, Y205F, A206K, V208L, K209R, D210E, G213Q, K216A, K217R
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis 168 (枯草菌) / 遺伝子: adk, BSU01370 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P16304, adenylate kinase
#2: 化合物
ChemComp-AP5 / BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE / Ap5A


分子量: 916.367 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H29N10O22P5
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 18% (w/v) polyethylene glycol 3350, 100mM lithium sulfate, 100mM Bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月20日
放射モノクロメーター: DCM Si (111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 20201 / Num. obs: 18989 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.164 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.611 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MKG

4mkg


解像度: 2.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.862 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.808 / SU B: 77.842 / SU ML: 0.641 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.597 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32879 969 5.1 %RANDOM
Rwork0.28755 ---
obs0.28977 17949 93.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.461 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.54 Å20 Å2-0.72 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6261 0 230 13 6504
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0196591
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026397
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3032.048900
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.885314764
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4175777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.00224.448299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.815151244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.9121553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2984
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217111
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021366
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8974.0223147
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8974.0223146
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1936.0193911
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1936.0193912
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7474.5793444
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7464.5813445
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0016.8374990
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.65839.14625996
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.65739.14825997
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A108480.19
12B108480.19
21A107890.2
22C107890.2
31A104100.21
32D104100.21
41B115840.21
42C115840.21
51B104820.21
52D104820.21
61C105590.22
62D105590.22
LS精密化 シェル解像度: 2.898→2.973 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.452 61 -
Rwork0.357 1281 -
obs--92.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)詳細Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6447-0.2170.18150.4516-0.46692.07910.0482-0.05340.15690.02150.00270.0120.3160.0968-0.05090.1150.07970.03820.4447-0.00340.0724chain A5.047716.367386.901
21.2182-0.3467-0.39281.6161-0.51221.3624-0.0160.10660.1513-0.19730.0231-0.07580.1305-0.0528-0.00710.11430.00030.03390.35920.01420.0311chain B-4.428121.2273122.3923
31.96510.1866-0.39851.00470.1983.06180.14980.02310.1109-0.12310.1119-0.0657-0.52220.0396-0.26170.1026-0.01310.05320.4023-0.08070.0422chain C-16.2014-23.3434108.3006
40.9646-0.8582-0.50372.25031.42582.5679-0.1394-0.15250.041-0.02780.299-0.1913-0.11130.1382-0.15970.075-0.03880.03430.3485-0.04450.0334chain D8.2141-3.8119147.2556
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C1 - 212
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 212
3X-RAY DIFFRACTION3A1 - 213
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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