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- PDB-1qzh: Crystal structure of Pot1 (protection of telomere)- ssDNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qzh
タイトルCrystal structure of Pot1 (protection of telomere)- ssDNA complex
要素
  • Protection of telomeres protein 1
  • telomeric single-stranded DNA
キーワードDNA Binding Protein/DNA / protein-DNA complex / single-stranded telomeric DNA / DNA Binding Protein-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / telomere cap complex / chromosome, telomeric repeat region / telomerase inhibitor activity / shelterin complex / regulation of telomere maintenance via telomerase / single-stranded telomeric DNA binding / nuclear telomere cap complex / G-rich strand telomeric DNA binding / telomere capping ...Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / telomere cap complex / chromosome, telomeric repeat region / telomerase inhibitor activity / shelterin complex / regulation of telomere maintenance via telomerase / single-stranded telomeric DNA binding / nuclear telomere cap complex / G-rich strand telomeric DNA binding / telomere capping / telomere maintenance / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protection of telomeres protein 1, ssDNA-binding domain / ssDNA-binding domain of telomere protection protein / Protection of telomeres protein 1 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/Cdc13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Protection of telomeres protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lei, M. / Podell, E.R. / Baumann, P. / Cech, T.R.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2003
タイトル: DNA self-recognition in the structure of Pot1 bound to telomeric single-stranded DNA
著者: Lei, M. / Podell, E.R. / Baumann, P. / Cech, T.R.
履歴
登録2003年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: telomeric single-stranded DNA
H: telomeric single-stranded DNA
I: telomeric single-stranded DNA
J: telomeric single-stranded DNA
K: telomeric single-stranded DNA
L: telomeric single-stranded DNA
A: Protection of telomeres protein 1
B: Protection of telomeres protein 1
C: Protection of telomeres protein 1
D: Protection of telomeres protein 1
E: Protection of telomeres protein 1
F: Protection of telomeres protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,59512
ポリマ－138,59512
非ポリマー00
水3,117173
1
G: telomeric single-stranded DNA
A: Protection of telomeres protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0992
ポリマ－23,0992
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
H: telomeric single-stranded DNA
B: Protection of telomeres protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0992
ポリマ－23,0992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: telomeric single-stranded DNA
C: Protection of telomeres protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0992
ポリマ－23,0992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: telomeric single-stranded DNA
D: Protection of telomeres protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0992
ポリマ－23,0992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
K: telomeric single-stranded DNA
E: Protection of telomeres protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0992
ポリマ－23,0992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
L: telomeric single-stranded DNA
F: Protection of telomeres protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0992
ポリマ－23,0992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)131.614, 76.329, 140.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.21, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: DNA鎖
telomeric single-stranded DNA


分子量: 1824.229 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質
Protection of telomeres protein 1


分子量: 21275.020 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: POT1 / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: O13988
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.29 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG4000, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG400011
2TRIS11
3H2O11
4PEG400012
5TRIS12
6H2O12
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
1100 mMTris-HCl1reservoirpH8.5
227-30 %PEG40001reservoir
35 mMdithiothreitol1reservoir
41
51
61

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データ収集

回折平均測定温度: 160 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.0688 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月19日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0688 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 44215 / Num. obs: 43793 / % possible obs: 88.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.4→2.47 Å / % possible all: 78.2
反射
*PLUS
% possible obs: 89.4 % / Num. measured all: 132615 / Rmerge(I) obs: 0.062

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.283 2180 random
Rwork0.249 --
obs0.249 43598 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8134 726 0 173 9033
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.43

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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