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万見
- PDB-4oxd: Structure of the LdcB LD-carboxypeptidase reveals the molecular b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oxd
タイトルStructure of the LdcB LD-carboxypeptidase reveals the molecular basis of peptidoglycan recognition
要素
  • LdcB LD-carboxypeptidase
  • MUB-ALA-ZGL-LYS-DSG
キーワードHYDROLASE / LAS family / LD-carboxypeptidase / Cell wall modifying enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M15B / : / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LYSINE / N-acetyl-alpha-muramic acid / Peptidase M15B domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌)
Lactobacillus acidophilus (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hoyland, C.N. / Aldridge, C. / Cleverley, R.M. / Sidiq, K. / Duchene, M.C. / Daniel, R.A. / Vollmer, W. / Lewis, R.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Structure of the LdcB LD-carboxypeptidase reveals the molecular basis of peptidoglycan recognition.
著者: Hoyland, C.N. / Aldridge, C. / Cleverley, R.M. / Duchene, M.C. / Minasov, G. / Onopriyenko, O. / Sidiq, K. / Stogios, P.J. / Anderson, W.F. / Daniel, R.A. / Savchenko, A. / Vollmer, W. / Lewis, R.J.
履歴
登録2014年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月16日Group: Database references
改定 1.22014年10月1日Group: Database references
改定 1.32015年1月7日Group: Database references
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / diffrn_source / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords / symmetry
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD ..._chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text / _symmetry.Int_Tables_number
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier ...chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 3.02024年4月10日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 3.12024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LdcB LD-carboxypeptidase
B: LdcB LD-carboxypeptidase
C: LdcB LD-carboxypeptidase
D: LdcB LD-carboxypeptidase
E: LdcB LD-carboxypeptidase
H: MUB-ALA-ZGL-LYS-DSG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,15529
ポリマ－106,4426
非ポリマー1,71323
水2,000111
1
A: LdcB LD-carboxypeptidase
H: MUB-ALA-ZGL-LYS-DSG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1717
ポリマ－21,6572
非ポリマー5145
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: LdcB LD-carboxypeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7368
ポリマ－21,1961
非ポリマー5407
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: LdcB LD-carboxypeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4936
ポリマ－21,1961
非ポリマー2975
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: LdcB LD-carboxypeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3634
ポリマ－21,1961
非ポリマー1663
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: LdcB LD-carboxypeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3924
ポリマ－21,1961
非ポリマー1963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)345.954, 42.549, 79.318
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.07, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

ZN

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 7分子 ABCDEH

#1: タンパク質
LdcB LD-carboxypeptidase


分子量: 21196.246 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 56-238 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌)
株: R6 / 遺伝子: spr0554 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q8DQQ1
#2: タンパク質・ペプチド MUB-ALA-ZGL-LYS-DSG


分子量: 460.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lactobacillus acidophilus (乳酸菌)
#7: 糖 ChemComp-MUB / N-acetyl-alpha-muramic acid / N-acetyl-muramic acid / N-ACETYLMURAMIC ACID / 2-(アセチルアミノ)-3-O-[(R)-1-カルボキシエチル]-2-デオキシ-α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 293.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO8
識別子タイププログラム
a-D-GlcpNAc3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
MurNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 133分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細THERE IS A NON-STANDARD LINKAGE IN CHAIN H BETWEEN LYS 4 AND DSC 5 THROUGH NZ ATOM OF LYS AND C ATOM OF DSG.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.03 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M Ammonium chloride, 0.1 M Hepes pH 8, 20% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.916 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→47.8 Å / Num. obs: 47327 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.8→47.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.859 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.809 / SU B: 22.531 / SU ML: 0.443 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.495 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.334 1457 5.1 %RANDOM
Rwork0.273 ---
obs0.276 27113 97.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å21.22 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→47.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7065 0 31 111 7207
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0197290
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.026506
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8421.9569779
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.677315047
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7945864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.41624.841378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.447151192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.2761523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.2979
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.028292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021688
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9524.423503
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9524.423502
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7026.6164352
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.7026.6164353
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7984.4843783
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.7984.4843783
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.3126.6995427
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.64935.2268195
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.64935.2268196
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.456 108 -
Rwork0.329 1979 -
obs--98.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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