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- PDB-6rw7: An AA10 LPMO from the shipworm symbiont Teredinibacter turnerae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rw7
タイトルAn AA10 LPMO from the shipworm symbiont Teredinibacter turnerae
要素Carbohydrate binding module family 33 and 10 domain protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Lytic Polysaccharide Monooxygenase / CAZY / AA10 / Cellulose
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / cellulose binding / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate binding module family 10 / CBM10 superfamily / Cellulose or protein binding domain / CBM10/dockerin domain / CBM10 (carbohydrate-binding type-10) domain profile. / : / Cellulose/chitin-binding protein, N-terminal / Lytic polysaccharide mono-oxygenase, cellulose-degrading / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / COPPER (I) ION / Carbohydrate binding module family 33 and 10 domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Teredinibacter turnerae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Fowler, C.A. / Sabbadin, F. / Ciano, L. / Hemsworth, G.R. / Elias, L. / Bruce, N.C. / McQueen-Mason, S. / Walton, P. / Davies, G.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/L001926/1 英国
引用ジャーナル: Biotechnol Biofuels / 年: 2019
タイトル: Discovery, activity and characterisation of an AA10 lytic polysaccharide oxygenase from the shipworm symbiontTeredinibacter turnerae.
著者: Fowler, C.A. / Sabbadin, F. / Ciano, L. / Hemsworth, G.R. / Elias, L. / Bruce, N. / McQueen-Mason, S. / Davies, G.J. / Walton, P.H.
履歴
登録2019年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbohydrate binding module family 33 and 10 domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1744
ポリマ－24,0241
非ポリマー1503
水3,909217
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SEC-MALLS used to confirm monomer in solution
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area360 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area8950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.644, 62.516, 43.185
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.130, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Carbohydrate binding module family 33 and 10 domain protein


分子量: 24023.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Teredinibacter turnerae (strain ATCC 39867 / T7901) (バクテリア)
株: ATCC 39867 / T7901 / 遺伝子: TERTU_0046 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C5BKQ9
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物 ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.8 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M magnesium formate dehydrate pH 7.0 and 20 % w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→36.18 Å / Num. all: 147995 / Num. obs: 37737 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.796 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4927 / CC1/2: 0.606 / Rpim(I) all: 0.548 / Rrim(I) all: 0.972 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.4→35.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.058
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1751 1841 4.9 %RANDOM
Rwork0.1525 ---
obs0.1537 35875 99.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 42.45 Å2 / Biso mean: 12.773 Å2 / Biso min: 8.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.06 Å20 Å2-0.27 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3---0.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→35.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1657 0 3 217 1877
Biso mean--15.29 24.52 -
残基数----208
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0131773
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0370.0181409
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5651.6442437
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.4431.5713306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3495222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.89723.364110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.10515238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.853158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2219
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022091
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0140.02413
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8411.238850
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8291.235849
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2921.8571066
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 142 -
Rwork0.29 2552 -
all-2694 -
obs--96.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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