PDB-3jrs: Crystal structure of (+)-ABA-bound PYL1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3jrs

タイトル

Crystal structure of (+)-ABA-bound PYL1

要素

Putative uncharacterized protein At5g46790

キーワード

Hormone Receptor / Plant Hormone Receptor / Abscisic acid / PYL1

機能・相同性

機能・相同性情報

protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / plastid / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Miyazono, K. / Miyakawa, T. / Sawano, Y. / Kubota, K. / Tanokura, M.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Structural basis of abscisic acid signalling
著者: Miyazono, K. / Miyakawa, T. / Sawano, Y. / Kubota, K. / Kang, H.J. / Asano, A. / Miyauchi, Y. / Takahashi, M. / Zhi, Y. / Fujita, Y. / Yoshida, T. / Kodaira, K. / Yamaguchi-Shinozaki, K. / Tanokura, M.

履歴

登録	2009年9月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3jrs.cif.gz	121.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3jrs.ent.gz	95.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3jrs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/3jrs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/3jrs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3jrqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ydb-d 3met-2 5el9-d 4ltm-d 5hrn-d 4bua-2 2fqt-d 1pmh-d 1wsf-1 3lpt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein At5g46790

B: Putative uncharacterized protein At5g46790

C: Putative uncharacterized protein At5g46790

ヘテロ分子

72.7 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Putative uncharacterized protein At5g46790

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Putative uncharacterized protein At5g46790

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Putative uncharacterized protein At5g46790

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	97.730, 97.730, 135.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein At5g46790 / PYL1 分子量: 23970.598 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 8-211 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8VZS8
#2: 化合物	ChemComp-A8S / (2Z,4E)-5-[(1S)-1-hydroxy-2,6,6-trimethyl-4-oxocyclohex-2-en-1-yl]-3-methylpenta-2,4-dienoic acid / (+)-abscisic acid / (2Z,4E)-5-[(1S)-1-hydroxy-2,6,6-trimethyl-4-oxo-2-cyclohexen-1-yl]-3-methyl-2,4-pentadienoic acid / アブシジン酸分子量: 264.317 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₀O₄ / コメント: ホルモン*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M HEPES, pH 8.0, 24% PEG3350, 0.2 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	95	1
2	95	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Photon Factory	BL-5A	1	1
シンクロトロン	Photon Factory	BL-5A	2	0.97926, 0.97942, 0.96418

検出器

タイプ	ID	検出器
ADSC QUANTUM 315r	1	CCD
ADSC QUANTUM 315r	2	CCD

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.97926	1
3	0.97942	1
4	0.96418	1

反射

解像度: 2.05→20 Å / Num. obs: 41716 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 39.378 Å² / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 32.29

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
2.05-2.1	0.516	6.2	44113	3031	1,2	100
2.1-2.16	0.464	6.9	43282	2975	1,2	100
2.16-2.22	0.355	8.9	41928	2889	1,2	100
2.22-2.29	0.272	11.4	40491	2784	1,2	100
2.29-2.37	0.233	13	39346	2708	1,2	100
2.37-2.45	0.191	15.3	38532	2658	1,2	100
2.45-2.54	0.16	18.3	36944	2543	1,2	100
2.54-2.65	0.126	22.1	35684	2464	1,2	100
2.65-2.76	0.098	27.1	34103	2358	1,2	100
2.76-2.9	0.081	32.3	32329	2240	1,2	100
2.9-3.06	0.065	38.2	31176	2166	1,2	100
3.06-3.24	0.052	47.1	29199	2040	1,2	100
3.24-3.47	0.041	56.6	27531	1936	1,2	100
3.47-3.74	0.037	62.7	25386	1795	1,2	100
3.74-4.1	0.032	71.1	23427	1680	1,2	100
4.1-4.58	0.031	75.1	20831	1517	1,2	100
4.58-5.29	0.031	75.9	18129	1355	1,2	100
5.29-6.48	0.03	74.7	15623	1168	1,2	100
6.48-9.17	0.025	79.9	12424	929	1,2	99.9
9.17-20	0.021	79.6	5752	480	1,2	85.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.5.0088	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.05→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 9.009 / SU ML: 0.111 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.229	2109	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19	-	-	-
obs	0.192	41713	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 55.47 Å² / B_iso mean: 24.221 Å² / B_iso min: 8.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.06 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4104	0	57	314	4475

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.026	0.021	4230
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.313	1.956	5732
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.401	5	499
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.639	22.909	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.687	15	728
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.279	15	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.175	0.2	654
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	3217
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.196	1.5	2521
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.067	2	4109
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.335	3	1709
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5	4.5	1623

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	140	-
R_work	0.211	2856	-
all	-	2996	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.093	0.1894	-0.9382	2.7407	0.4275	2.8485	0.0379	-0.1624	0.064	-0.0891	0.1624	0.0477	-0.1067	0.3846	-0.2002	0.0298	-0.0321	0.039	0.0706	-0.0352	0.083	29.347	-11.775	27.388
2	1.5766	-0.0991	0.1609	2.3051	1.6754	3.6946	0.131	-0.0851	-0.0522	-0.1127	-0.1325	0.0775	-0.032	-0.0919	0.0014	0.0239	-0.0149	0.0018	0.0445	-0.0068	0.0511	59.667	-4.573	31.563
3	3.0507	-0.7993	0.2127	2.1284	0.2434	1.5452	0.3297	0.3199	0.0026	-0.367	-0.3695	-0.1281	-0.0864	0.0374	0.0398	0.0925	0.0896	0.0143	0.0988	0.0227	0.0255	83.276	-16.787	17.483

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	31 - 209
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	30 - 209
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	38 - 209
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3

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