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- PDB-3jrq: Crystal structure of (+)-ABA-bound PYL1 in complex with ABI1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jrq
タイトルCrystal structure of (+)-ABA-bound PYL1 in complex with ABI1
要素
  • Protein phosphatase 2C 56
  • Putative uncharacterized protein At5g46790
キーワードHYDROLASE/Hormone Receptor / Plant Hormone Receptor / Abscisic acid / PYL1 / ABI1 / type 2C protein phosphatase / Abscisic acid signaling pathway / Cell membrane / Hydrolase / Magnesium / Manganese / Membrane / Metal-binding / Nucleus / Protein phosphatase / HYDROLASE-Hormone Receptor COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor complex / regulation of stomatal movement / response to abscisic acid / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / plastid / protein phosphatase inhibitor activity / protein-serine/threonine phosphatase ...regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor complex / regulation of stomatal movement / response to abscisic acid / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / plastid / protein phosphatase inhibitor activity / protein-serine/threonine phosphatase / protein serine/threonine phosphatase activity / phosphatase activity / phosphoprotein phosphatase activity / protein dephosphorylation / response to cold / defense response / kinase binding / signaling receptor activity / response to heat / protein kinase binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. ...PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 4-Layer Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A8S / Protein phosphatase 2C 56 / Abscisic acid receptor PYL1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Miyazono, K. / Miyakawa, T. / Sawano, Y. / Kubota, K. / Tanokura, M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Structural basis of abscisic acid signalling
著者: Miyazono, K. / Miyakawa, T. / Sawano, Y. / Kubota, K. / Kang, H.J. / Asano, A. / Miyauchi, Y. / Takahashi, M. / Zhi, Y. / Fujita, Y. / Yoshida, T. / Kodaira, K. / Yamaguchi-Shinozaki, K. / Tanokura, M.
履歴
登録2009年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein phosphatase 2C 56
B: Putative uncharacterized protein At5g46790
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5873
ポリマ－57,3232
非ポリマー2641
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1730 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area19640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.010, 60.620, 84.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.56, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Protein phosphatase 2C 56 / AtPP2C56 / Protein phosphatase 2C ABI1 / PP2C ABI1 / Protein ABSCISIC ACID-INSENSITIVE 1


分子量: 35875.992 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 125-429 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ABI1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P49597, protein-serine/threonine phosphatase
#2: タンパク質 Putative uncharacterized protein At5g46790 / PYL1


分子量: 21446.926 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 28-210 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8VZS8
#3: 化合物 ChemComp-A8S / (2Z,4E)-5-[(1S)-1-hydroxy-2,6,6-trimethyl-4-oxocyclohex-2-en-1-yl]-3-methylpenta-2,4-dienoic acid / (+)-abscisic acid / (2Z,4E)-5-[(1S)-1-hydroxy-2,6,6-trimethyl-4-oxo-2-cyclohexen-1-yl]-3-methyl-2,4-pentadienoic acid


分子量: 264.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H20O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 21% PEG3000, 0.1 M sodium citrate pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 26472 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 45.868 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 10.88
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.1-2.150.3482.442641621178.1
2.15-2.210.292.945431708183.3
2.21-2.280.2643.245301657184.9
2.28-2.350.363.762561737188.9
2.35-2.420.3174.779041732193.4
2.42-2.510.3155.588651714195.9
2.51-2.60.286.290901654194.8
2.6-2.710.2377.691231612196.3
2.71-2.830.1998.988531555197.8
2.83-2.970.16510.987031492196.9
2.97-3.130.13613.285031439197.4
3.13-3.320.11916.281331360198.6
3.32-3.550.0991978401306199.2
3.55-3.830.09720.673151207199.4
3.83-4.20.08721.967531104198.7
4.2-4.70.0723.663411020199.4
4.7-5.420.06923.55661903199.8
5.42-6.640.07922.64857765199.2
6.64-9.390.06223.23701596199.3
9.39-200.0521.31597290182.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMACrefmac_5.5.0088精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1A6Q and 3JRS

1a6q

3jrs


解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 12.402 / SU ML: 0.148 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1326 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.201 26467 93.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 58.84 Å2 / Biso mean: 30.132 Å2 / Biso min: 8.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20.03 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3493 0 19 107 3619
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0223576
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1691.9594838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3835439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.35423.095168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.75515617
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7221536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.160.2543
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212704
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1751.52207
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.09923565
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.42531369
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.344.51273
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 80 -
Rwork0.293 1541 -
all-1621 -
obs--78.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.31-0.2158-0.28823.37561.71743.13480.015-0.03020.09470.040.0108-0.2085-0.20910.1064-0.02580.0879-0.046-0.00610.08090.00520.0227-5.2265-8.555328.941
21.61040.28760.3031.20720.45081.66560.00690.00090.0042-0.04540.0250.0252-0.00310.1241-0.03190.00760.00340.00080.0821-0.01840.1125-13.9624-30.3365-1.0708
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A125 - 423
2X-RAY DIFFRACTION2B32 - 210
3X-RAY DIFFRACTION2B1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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