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万見
- PDB-4oic: Crystal structrual of a soluble protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oic
タイトルCrystal structrual of a soluble protein
要素
  • Bet v I allergen-like
  • Probable protein phosphatase 2C 6
キーワードHORMONE RECEPTOR/HYDROLASE / START fold / PYL-phosphatases complex / ABA signaling pathway / HORMONE RECEPTOR-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H2AXS139 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / MAP kinase serine/threonine phosphatase activity / myosin phosphatase activity / regulation of intracellular signal transduction / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / seed germination / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity ...histone H2AXS139 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / MAP kinase serine/threonine phosphatase activity / myosin phosphatase activity / regulation of intracellular signal transduction / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / seed germination / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / response to water deprivation / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / protein-serine/threonine phosphatase / protein serine/threonine phosphatase activity / response to cold / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / metal ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sigma factor PP2C-like phosphatases / PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain ...Sigma factor PP2C-like phosphatases / PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 4-Layer Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A8S / : / Probable protein phosphatase 2C 6 / Abscisic acid receptor PYL9
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.999 Å
データ登録者He, Y. / Hao, Q. / Li, W. / Yan, C. / Yan, N. / Yin, P.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Identification and characterization of ABA receptors in Oryza sativa
著者: He, Y. / Hao, Q. / Li, W. / Yan, C. / Yan, N. / Yin, P.
履歴
登録2014年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bet v I allergen-like
B: Probable protein phosphatase 2C 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5909
ポリマ－71,0472
非ポリマー5437
水8,071448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area20300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.190, 43.522, 73.994
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.53, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-504-

MN

21B-505-

NA

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Bet v I allergen-like / OsPYL2


分子量: 22360.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ) / 遺伝子: Os06g0562200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5Z8S0
#2: タンパク質 Probable protein phosphatase 2C 6 / OsPP2C06


分子量: 48686.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ) / 遺伝子: Os01g0583100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q0JLP9, protein-serine/threonine phosphatase

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非ポリマー , 5種, 455分子

#3: 化合物 ChemComp-A8S / (2Z,4E)-5-[(1S)-1-hydroxy-2,6,6-trimethyl-4-oxocyclohex-2-en-1-yl]-3-methylpenta-2,4-dienoic acid / (+)-abscisic acid / (2Z,4E)-5-[(1S)-1-hydroxy-2,6,6-trimethyl-4-oxo-2-cyclohexen-1-yl]-3-methyl-2,4-pentadienoic acid


分子量: 264.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H20O4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.83 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Bis-Tris, 0.2M MgCl2, 20% PEG3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.999→50 Å / Num. all: 35816 / Num. obs: 34921 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 20.78 Å2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 88.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KDH and 3KDJ

3kdh

3kdj


解像度: 1.999→36.74 Å / FOM work R set: 0.875 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2012 1742 4.99 %RANDOM
Rwork0.1699 ---
all0.1715 35816 --
obs0.1715 34912 97.42 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 205.66 Å2 / Biso mean: 34.46 Å2 / Biso min: 8.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.999→36.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3729 0 25 448 4202
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083843
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1755224
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047594
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004683
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5081405
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9987-2.05750.26251180.23692461257987
2.0575-2.12390.2521460.21232631277795
2.1239-2.19980.23781500.19742748289898
2.1998-2.28790.22941470.19282793294099
2.2879-2.3920.2221500.18892778292899
2.392-2.5180.21331230.184228212944100
2.518-2.67580.2321450.17612814295999
2.6758-2.88230.23181540.17472819297399
2.8823-3.17220.20281490.175728282977100
3.1722-3.63090.19261330.15592832296599
3.6309-4.57310.16121690.13782821299099
4.5731-36.74660.17211580.15192824298296
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.7148 Å / Origin y: 0.8663 Å / Origin z: 55.1284 Å
111213212223313233
T0.1022 Å20.0064 Å20.0102 Å2-0.1563 Å20.014 Å2--0.0819 Å2
L0.4755 °20.1152 °20.0881 °2-0.8732 °20.0931 °2--1.6549 °2
S-0.007 Å °-0.0011 Å °0.0484 Å °0.0472 Å °0.044 Å °0.0108 Å °0.0173 Å °-0.3502 Å °-0.0201 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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