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Yorodumi- PDB-4ds8: Complex structure of abscisic acid receptor PYL3-(+)-ABA-HAB1 in ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ds8 | ||||||
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Title | Complex structure of abscisic acid receptor PYL3-(+)-ABA-HAB1 in the presence of Mn2+ | ||||||
Components |
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Keywords | HORMONE RECEPTOR/HYDROLASE / abscisic acid receptor / PP2C / ABA / pyl3 / HORMONE RECEPTOR-HYDROLASE complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / identical protein binding ...protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Arabidopsis thaliana (thale cress) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.21 Å | ||||||
Authors | Zhang, X. / Zhang, Q. / Wang, G. / Chen, Z. | ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2012 Title: Complex Structures of the Abscisic Acid Receptor PYL3/RCAR13 Reveal a Unique Regulatory Mechanism Authors: Zhang, X. / Zhang, Q. / Xin, Q. / Yu, L. / Wang, Z. / Wu, W. / Jiang, L. / Wang, G. / Tian, W. / Deng, Z. / Wang, Y. / Liu, Z. / Long, J. / Gong, Z. / Chen, Z. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ds8.cif.gz | 209.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ds8.ent.gz | 165.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ds8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4ds8_validation.pdf.gz | 735.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4ds8_full_validation.pdf.gz | 740.7 KB | Display | |
Data in XML | 4ds8_validation.xml.gz | 22.8 KB | Display | |
Data in CIF | 4ds8_validation.cif.gz | 33.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/4ds8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/4ds8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3kl1C 3klxSC 3ojiC 4dsbC 4dscC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 23323.404 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arabidopsis thaliana (thale cress) / Gene: At1g73000, PYL3 / Plasmid: pgex 4t-2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta 2 (DE3) cells / References: UniProt: Q9SSM7 |
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#2: Protein | Mass: 38127.586 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 169-511 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arabidopsis thaliana (thale cress) / Gene: At1g72770, HAB1 / Plasmid: pgex 4t-2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta 2 (DE3) cells References: UniProt: Q9CAJ0, protein-serine/threonine phosphatase |
-Non-polymers , 4 types, 347 molecules
#3: Chemical | ChemComp-A8S / ( | ||||
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#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-MN / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.83 Å3/Da / Density % sol: 32.81 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.8 Details: 28% PEG3350, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 28, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.21→50 Å / Num. all: 22300 / Num. obs: 20350 / % possible obs: 91.26 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.096 |
Reflection shell | Resolution: 2.21→2.25 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Num. unique all: 885 / % possible all: 4.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3KLX Resolution: 2.21→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 13.644 / SU ML: 0.157 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.452 / ESU R Free: 0.232 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.779 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.21→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.21→2.267 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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