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Yorodumi- PDB-3v87: Thaumatin by Classical Hanging Drop Vapour Diffusion after 1.81 M... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3v87 | ||||||
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Title | Thaumatin by Classical Hanging Drop Vapour Diffusion after 1.81 MGy X-Ray dose at ESRF ID29 beamline (Worst Case) | ||||||
Components | Thaumatin I | ||||||
Keywords | PLANT PROTEIN / radiation damage / thin film / Langmuir-Blodgett / LB | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Thaumatococcus daniellii (katemfe) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Belmonte, L. / Scudieri, D. / Tripathi, S. / Pechkova, E. / Nicolini, C. | ||||||
Citation | Journal: CRIT.REV.EUKARYOT.GENE EXPR. / Year: 2012 Title: Langmuir-Blodgett nanotemplate and radiation resistance in protein crystals: state of the art. Authors: Belmonte, L. / Pechkova, E. / Tripathi, S. / Scudieri, D. / Nicolini, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3v87.cif.gz | 56.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3v87.ent.gz | 39.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3v87.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/3v87 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/3v87 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3v7vC 3v82C 3v84C 3v88C 3v8aC 3vceC 3vcgC 3vchC 3vciC 3vcjC 3vckC 3aldS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22228.043 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Thaumatococcus daniellii (katemfe) / References: UniProt: Q8RVT0, UniProt: P02883*PLUS | ||
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#2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.83 Å3/Da / Density % sol: 56.52 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 6 uL protein solution containing 18 mg/mL thaumatin in 100 mM ADA disodium salt buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.97633 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 10, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97633 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→54.001 Å / Num. all: 12017 / Num. obs: 11933 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 14.2 % / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 47.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3ALD Resolution: 2.3→39.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.846 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.823 / SU ML: 0.144 / SU R Cruickshank DPI: 0.0654 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.273 / ESU R Free: 0.229 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 7.598 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→39.48 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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