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- PDB-3v82: Thaumatin by LB based Hanging Drop Vapour Diffusion after 1.81 MG... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3v82 | ||||||
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Title | Thaumatin by LB based Hanging Drop Vapour Diffusion after 1.81 MGy X-Ray dose at ESRF ID29 beamline (Best Case) | ||||||
![]() | Thaumatin I | ||||||
![]() | PLANT PROTEIN / radiation damage / thin film / Langmuir-Blodgett / LB | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Belmonte, L. / Scudieri, D. / Tripathi, S. / Pechkova, E. / Nicolini, C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Langmuir-Blodgett nanotemplate and radiation resistance in protein crystals: state of the art. Authors: Belmonte, L. / Pechkova, E. / Tripathi, S. / Scudieri, D. / Nicolini, C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 57 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 40.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3v7vC ![]() 3v84C ![]() 3v87C ![]() 3v88C ![]() 3v8aC ![]() 3vceC ![]() 3vcgC ![]() 3vchC ![]() 3vciC ![]() 3vcjC ![]() 3vckC ![]() 3aldS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 22228.043 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() | ||
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#2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 6 uL protein solution containing 18 mg/mL thaumatin in 100 mM ADA disodium salt buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 10, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97633 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→54.056 Å / Num. all: 12062 / Num. obs: 12062 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 14.1 % / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 28.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3ALD Resolution: 2.3→45.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.711 / SU ML: 0.139 / SU R Cruickshank DPI: 0.065 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.217 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 9.948 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→45.89 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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