PDB-3vcj: Thaumatin by LB Hanging Drop Vapour Diffusion after 9.05 MGy X-Ra...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vcj

タイトル

Thaumatin by LB Hanging Drop Vapour Diffusion after 9.05 MGy X-Ray dose at ESRF ID29 beamline (Best Case)

要素

Thaumatin I

キーワード

PLANT PROTEIN / radiation damage / thin film / Langmuir-Blodgett / LB

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic vesicle
類似検索 - 分子機能

生物種

Thaumatococcus daniellii (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Belmonte, L. / Pechkova, E. / Scudieri, D. / Nicolini, C.

引用

ジャーナル: Crit Rev Eukaryot Gene Expr / 年: 2012
タイトル: Langmuir-blodgett nanotemplate and radiation resistance in protein crystals: state of the art.
著者: Belmonte, L. / Pechkova, E. / Tripathi, S. / Scudieri, D. / Nicolini, C.

履歴

登録	2012年1月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vcj.cif.gz	56.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vcj.ent.gz	40.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vcj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3vcj_validation.pdf.gz	430.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3vcj_full_validation.pdf.gz	432.2 KB	表示
XML形式データ	3vcj_validation.xml.gz	12 KB	表示
CIF形式データ	3vcj_validation.cif.gz	17.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/3vcj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/3vcj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3v7vC 3v82C 3v84C 3v87C 3v88C 3v8aC 3vceC 3vcgC 3vchC 3vciC 3vckC 3aldS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3vcg-d 6s1g-d 3v87-d 4el2-d 3x3o-d 6s1e-d 3v8a-d 1lxz-d 4axr-d 3vce-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Thaumatin I

ヘテロ分子

22.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.953, 57.953, 150.496
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-535- HOH
2	1	A-566- HOH

#1: タンパク質	Thaumatin I 分子量: 22228.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: Q8RVT0, UniProt: P02883*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 6 uL protein solution containing 18 mg/mL thaumatin in 100 mM ADA disodium salt buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.97633 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年9月10日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97633 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→54.082 Å / Num. all: 12084 / Num. obs: 12082 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.1 % / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 25.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
1.5-1.58	14.1	0.407	1.9	0.407	1	100
1.58-1.68	13.7	0.284	2.7	0.284	1	100
1.68-1.79	14.7	0.203	2.4	0.203	1	100
1.79-1.94	14.2	0.14	5.4	0.14	1	100
1.94-2.12	14.4	0.096	7.7	0.096	1	100
2.12-2.37	14.6	0.073	9.5	0.073	1	100
2.37-2.74	14	0.059	12	0.059	1	100
2.74-3.35	14.4	0.043	15.3	0.043	1	100
3.35-4.74	13.4	0.033	18.2	0.033	1	100
4.74-40.979	12.5	0.033	17.1	0.033	1	99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
PXSOFT		データ収集
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ALD

3ald

解像度: 2.3→54.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.882 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.438 / SU ML: 0.133 / SU R Cruickshank DPI: 0.0658 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.265 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23777	575	4.8 %	RANDOM
R_work	0.17936	-	-	-
obs	0.18204	11489	99.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.604 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.21 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→54.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1551	0	24	190	1765

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	1615
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.784	1.961	2188
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.764	5	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.402	23.03	66
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.197	15	241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.394	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.117	0.2	230
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.982	1.5	1023
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.805	2	1641
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.051	3	592
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.903	4.5	547
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	36	-
R_work	0.173	818	-
obs	-	-	99.88 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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