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- PDB-3q6v: Crystal Structure of Serratia fonticola Sfh-I: glycerol complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q6v
タイトルCrystal Structure of Serratia fonticola Sfh-I: glycerol complex
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / METALLOENZYME / ALPHA-BETA / METALLO-BETA-LACTAMASE
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Serratia fonticola (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Fonseca, F. / Saavedra, M.J. / Correia, A. / Spencer, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of Serratia fonticola Sfh-I: activation of the nucleophile in mono-zinc metallo-beta-lactamases.
著者: Fonseca, F. / Bromley, E.H. / Saavedra, M.J. / Correia, A. / Spencer, J.
履歴
登録2011年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / reflns / reflns_shell / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rsym_value / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9056
ポリマ－52,5902
非ポリマー3154
水7,674426
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4523
ポリマ－26,2951
非ポリマー1582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4523
ポリマ－26,2951
非ポリマー1582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.830, 87.280, 72.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.850, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 26294.844 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 3-234 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia fonticola (バクテリア) / 株: UTAD54 / 遺伝子: blaSfh-I, sfhI / プラスミド: pET-26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9RMI1, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細NON-SEQUENTIAL RESIDUE NUMBERING IS USED IN THIS ENTRY. IT IS THE STANDARD NUMBERING SCHEME FOR ...NON-SEQUENTIAL RESIDUE NUMBERING IS USED IN THIS ENTRY. IT IS THE STANDARD NUMBERING SCHEME FOR METALLO-BETA-LACTAMASES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.08 % / Mosaicity: 0.59 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M sodium acetate, 27% w/v PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→72.562 Å / Num. all: 84788 / Num. obs: 84788 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル解像度: 1.37→1.45 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 12336 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.9データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.37→26.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / WRfactor Rfree: 0.2013 / WRfactor Rwork: 0.1699 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8872 / SU B: 2.185 / SU ML: 0.04 / SU R Cruickshank DPI: 0.0733 / SU Rfree: 0.0634 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1956 4241 5 %RANDOM
Rwork0.1628 ---
obs0.1644 84755 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 143.28 Å2 / Biso mean: 16.5653 Å2 / Biso min: 7.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20.47 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.37→26.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3614 0 14 426 4054
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0224008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3221.9615498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9075525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.78925.351185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.67715694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5711514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2606
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213124
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0491.52454
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.64624033
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.34931554
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.494.51457
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.28734008
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.053428
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.60233890
LS精密化 シェル解像度: 1.374→1.41 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 306 -
Rwork0.265 5932 -
all-6238 -
obs--99.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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