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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6bwy | ||||||
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タイトル | DNA substrate selection by APOBEC3G | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Deaminase (脱アミノ) / DNA binding (デオキシリボ核酸) / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex / dCTP deaminase activity / telomere cap complex / cytidine deamination / chromosome, telomeric repeat region / telomerase inhibitor activity / base conversion or substitution editing / 活性化誘導シチジンデアミナーゼ / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing ...apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex / dCTP deaminase activity / telomere cap complex / cytidine deamination / chromosome, telomeric repeat region / telomerase inhibitor activity / base conversion or substitution editing / 活性化誘導シチジンデアミナーゼ / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / : / cytidine deaminase activity / テロメア / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / negative regulation of viral process / regulation of telomere maintenance via telomerase / retrotransposon silencing / nuclear telomere cap complex / single-stranded telomeric DNA binding / G-rich strand telomeric DNA binding / telomere capping / : / negative regulation of viral genome replication / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / positive regulation of defense response to virus by host / telomere maintenance / P-body / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / defense response to virus / ribonucleoprotein complex / 自然免疫系 / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Ziegler, S.J. / Buzovetsky, O. | ||||||
引用 | ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2018 タイトル: Insights into DNA substrate selection by APOBEC3G from structural, biochemical, and functional studies. 著者: Ziegler, S.J. / Liu, C. / Landau, M. / Buzovetsky, O. / Desimmie, B.A. / Zhao, Q. / Sasaki, T. / Burdick, R.C. / Pathak, V.K. / Anderson, K.S. / Xiong, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6bwy.cif.gz | 607.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6bwy.ent.gz | 499 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6bwy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/6bwy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/6bwy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 30 - 381 / Label seq-ID: 7 - 358
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 9357.086 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: タンパク質 | 分子量: 41966.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: pot1, SPAC26H5.06, APOBEC3G, MDS019 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O13988, UniProt: Q9HC16, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用 #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 化合物 | ChemComp-ZN / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: batch mode 詳細: 100 mM HEPES pH7, 200 mM LiCl, and 20% (w/v) Polyethylene glycol (PEG) 6000 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月28日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.075 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.9→44.19 Å / Num. obs: 35772 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.7 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 5.1 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.856 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3545 / Rpim(I) all: 0.539 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3IR2, 1QZH 解像度: 2.9→44.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 27.433 / SU ML: 0.267 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.109
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 88.213 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.9→44.19 Å
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拘束条件 |
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