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- PDB-6bjh: CIRV p19 mutant T111S in complex with siRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bjh
タイトルCIRV p19 mutant T111S in complex with siRNA
要素
  • RNA (5'-R(P*CP*GP*UP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*UP*AP*CP*UP*UP*CP*GP*AP*UP*U)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*AP*UP*UP*CP*CP*GP*CP*GP*UP*AP*CP*GP*UP*U)-3')
  • RNA silencing suppressor p19
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Viral suppressor / RNA silencing siRNA / high affinity for human miRNA-122
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA binding
類似検索 - 分子機能
RNA silencing suppressor P19 / Tombusvirus p19 core protein / Tombusvirus P19 superfamily / Tombusvirus P19 core protein / Enolase-like; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA silencing suppressor p19
類似検索 - 構成要素
生物種Carnation Italian ringspot virus (ウイルス)
Lampyridae (甲虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Foss, D.V. / Schirle, N.T. / MacRae, I.J. / Pezacki, J.P.
引用
ジャーナル: Febs Open Bio / 年: 2019
タイトル: Structural insights into interactions between viral suppressor of RNA silencing protein p19 mutants and small RNAs.
著者: Foss, D.V. / Schirle, N.T. / MacRae, I.J. / Pezacki, J.P.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Enhanced specificity of the viral suppressor of RNA silencing protein p19 toward sequestering of human microRNA-122.
著者: Cheng, J. / Danielson, D.C. / Nasheri, N. / Singaravelu, R. / Pezacki, J.P.
履歴
登録2017年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA silencing suppressor p19
B: RNA silencing suppressor p19
C: RNA (5'-R(P*UP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*AP*UP*UP*CP*CP*GP*CP*GP*UP*AP*CP*GP*UP*U)-3')
D: RNA (5'-R(P*CP*GP*UP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*UP*AP*CP*UP*UP*CP*GP*AP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0464
ポリマ－52,0464
非ポリマー00
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7420 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area19870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.788, 46.219, 54.181
Angle α, β, γ (deg.)109.850, 112.110, 95.520
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 RNA silencing suppressor p19 / 19 kDa symptom severity modulator


分子量: 19344.348 Da / 分子数: 2 / 変異: T111S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Carnation Italian ringspot virus (ウイルス)
遺伝子: ORF4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q66104
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*AP*UP*UP*CP*CP*GP*CP*GP*UP*AP*CP*GP*UP*U)-3')


分子量: 6666.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Lampyridae (甲虫)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*GP*UP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*AP*UP*AP*CP*UP*UP*CP*GP*AP*UP*U)-3')


分子量: 6690.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Lampyridae (甲虫)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.83 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 3-12% PEG 1500, 100 mM Sodium Acetate pH 4.6, 10-40 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 70 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→34.25 Å / Num. obs: 10184 / % possible obs: 85.3 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 28.13 Å2 / CC1/2: 0.961 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.58-2.71.80.25110520.4620.2510.35572.5
8.95-34.2520.0252480.9960.0250.03585.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RPU

1rpu


解像度: 2.58→34.037 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 28.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 469 5.12 %
Rwork0.2241 --
obs0.227 9153 77.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 97.03 Å2 / Biso mean: 32.5888 Å2 / Biso min: 1.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.58→34.037 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2281 890 0 129 3300
Biso mean---28.21 -
残基数----329
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023323
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4294687
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03530
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002455
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.7421858
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5729-2.94510.35861430.29312717286073
2.9451-3.70970.32581460.22442876302276
3.7097-34.04030.22631800.19943091327182
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4606-0.70411.16253.3137-1.22593.56560.2795-0.1572-0.1520.18250.29840.47250.4482-0.446-0.24560.32070.01470.0420.28380.07990.15622.477149.761376.3665
21.67381.21840.81681.18740.45790.78-0.1005-0.21290.77270.01360.13070.5954-0.488-0.0246-0.00450.92550.17460.12110.463-0.18350.97439.72572.528470.9958
31.3433-0.3218-0.20961.2431-0.49791.47820.1017-0.21530.08120.329-0.1151-0.1151-0.04640.17170.11110.2249-0.03940.0570.1620.1070.08113.851551.552575.1993
40.93230.1496-0.00442.0635-0.97461.49060.0006-0.2422-0.2340.1904-0.1812-0.19830.04990.26250.10860.2518-0.07130.05330.1920.11740.134417.409247.606466.7314
50.16660.01210.27390.0010.01960.4524-0.0040.21110.135-0.1851-0.0019-0.0358-0.1225-0.03950.15260.3954-0.03580.05420.31830.14780.165722.170950.97738.9036
61.6632-0.10210.85080.07490.23991.67790.1227-0.2395-0.34630.11980.17880.14730.3834-0.06680.39240.2819-0.09170.05470.24860.13020.160823.160140.230547.6355
71.7779-0.76250.91811.1999-0.07091.1971-0.0371-0.093-0.2981-0.02690.047-0.0861-0.07980.14080.02670.1466-0.0864-0.09440.26380.04630.333431.487651.993849.8376
80.7220.165-0.24230.20960.3921.2417-0.02170.0290.13190.03020.06620.0302-0.2366-0.17520.0860.13620.0291-0.0710.10160.08260.23717.940755.896653.8378
93.386-0.45811.11781.33230.42060.84560.1148-0.5036-0.13280.32460.0054-0.32730.06410.0098-0.0330.2656-0.1865-0.07020.47490.04510.196627.354352.872660.0597
105.7967-5.80932.81179.2448-0.04623.60780.0337-0.3478-0.7319-0.0351-0.44210.19980.19610.36440.25340.29060.00510.00770.31830.15870.327712.05138.98542.9517
110.6158-0.5737-0.71844.7018-1.8022.3043-0.13650.3704-0.00920.0290.23550.54750.038-0.4058-0.02150.19050.0295-0.04230.23050.00360.45333.924151.71156.081
122.96321.20712.01394.354.07564.17390.6796-0.28540.70431.091-0.40580.8944-1.0697-2.1556-0.19130.82440.11420.41120.68390.1180.8342-6.971467.316462.9078
136.26032.8264-4.79329.5615-4.6324.89880.11530.725-0.5949-0.33570.1740.0120.7204-0.4455-0.29250.3855-0.0056-0.10.2562-0.12590.6511-2.001559.96165.6328
144.0312-1.17292.97653.5355-0.62462.21610.4110.5877-0.4506-0.4726-0.42820.76860.1059-1.1006-0.02320.33440.0689-0.13440.6276-0.05620.37273.222955.247350.2084
151.3830.79541.97480.54351.00893.0054-0.07660.4678-0.4709-0.0690.0428-0.30460.5461-0.0352-0.15660.4846-0.0209-0.07150.3465-0.23640.557710.235334.797746.9169
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 38 )A7 - 38
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 39 through 57 )A39 - 57
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 58 through 101 )A58 - 101
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 102 through 147 )A102 - 147
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 8 through 38 )B8 - 38
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 39 through 74 )B39 - 74
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 75 through 101 )B75 - 101
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 102 through 129 )B102 - 129
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 130 through 149 )B130 - 149
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 1 through 5 )C1 - 5
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 6 through 15 )C6 - 15
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 16 through 19 )C16 - 19
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 1 through 5 )D1 - 5
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 6 through 10 )D6 - 10
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 11 through 20 )D11 - 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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