+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6bjv | ||||||
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Title | CIRV p19 protein in complex with siRNA | ||||||
Components |
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Keywords | RNA BINDING PROTEIN / Viral Suppressor / RNA silencing siRNA binding protein p19 / altered affinity for microRNA | ||||||
Function / homology | Function and homology information virion component / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Carnation Italian ringspot virus Lampyridae (fireflies) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.198 Å | ||||||
Authors | Foss, D.V. / Schirle, N. / Pezacki, J.P. / Macrae, I.J. | ||||||
Citation | Journal: Febs Open Bio / Year: 2019 Title: Structural insights into interactions between viral suppressor of RNA silencing protein p19 mutants and small RNAs. Authors: Foss, D.V. / Schirle, N.T. / MacRae, I.J. / Pezacki, J.P. #1: Journal: Biochemistry / Year: 2011 Title: Enhanced specificity of the viral suppressor of RNA silencing protein p19 toward sequestering of human microRNA-122 Authors: Cheng, J. / Danielson, D.C. / Nasheri, N. / Singaravelu, R. / Pezacki, J.P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6bjv.cif.gz | 239.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6bjv.ent.gz | 194.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6bjv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/6bjv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/6bjv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6bjgC 6bjhC 1rpuS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 19358.373 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Carnation Italian ringspot virus / Gene: ORF4 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q66104 #2: RNA chain | | Mass: 6666.964 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Lampyridae (fireflies) #3: RNA chain | | Mass: 6690.004 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Lampyridae (fireflies) #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.45 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 3-12% PEG 1500, 100 mM Sodium Acetate pH 4.6, 10-40 mM MgCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 70 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 28, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.198→46.807 Å / Num. obs: 18756 / % possible obs: 93.8 % / Redundancy: 2.2 % / Rpim(I) all: 0.092 / Rrim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 20.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.25 Å / Redundancy: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.84 / Num. unique obs: 10 / Rpim(I) all: 0.478 / Rrim(I) all: 0.741 / % possible all: 68.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1RPU Resolution: 2.198→46.807 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 41.52
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 239.75 Å2 / Biso mean: 78.163 Å2 / Biso min: 14.74 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.198→46.807 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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