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万見
- PDB-6ha6: Factor Inhibiting HIF (FIH) in complex with zinc, NOG and TRPV3 (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ha6
タイトルFactor Inhibiting HIF (FIH) in complex with zinc, NOG and TRPV3 (220-246)
要素
  • Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
  • Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
キーワードGENE REGULATION / NON-HEME / DIOXYGENASE / OXYGENASE / METAL-BINDING / TRANSCRIPTION / DSBH / FACIAL TRIAD / ASPARAGINYL/ASPARTYL HYDROXYLASE / SIGNALING / ARD / BETA-HYDROXYLATION / ACTIVATOR-INHIBITOR / OXIDOREDUCTASE-PEPTIDE COMPLEX / OXIDOREDUCTASE ANKYRIN / CHANNEL / PROTEIN BINDING / ION CHANNEL / TRPV CHANNEL / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of hair cycle / Cellular response to hypoxia / positive regulation of vasculogenesis / carboxylic acid binding ...hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of hair cycle / Cellular response to hypoxia / positive regulation of vasculogenesis / carboxylic acid binding / ankyrin repeat binding / Notch binding / osmosensory signaling pathway / oxygen sensor activity / negative regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of calcium ion import / TRP channels / sodium channel activity / calcium ion import across plasma membrane / positive regulation of myoblast differentiation / NF-kappaB binding / actin filament organization / ferrous iron binding / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / cilium / transcription corepressor activity / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / signaling receptor complex / lysosome / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / DNA-templated transcription / nucleoplasm / zinc ion binding / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Clavaminate synthase-like / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor, domain II / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / : / Calcium channel YVC1-like, C-terminal / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain ...Clavaminate synthase-like / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor, domain II / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / : / Calcium channel YVC1-like, C-terminal / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Jelly Rolls / Ankyrin repeat / RmlC-like jelly roll fold / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Helix Hairpins / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
N-OXALYLGLYCINE / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3 / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Leissing, T.M. / Clifton, I.J. / Saward, B.G. / Lu, X. / Hopkinson, R.J. / Schofield, C.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilP/G03706X/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Factor Inhibiting HIF (FIH) in complex with zinc, NOG and TRPV3 (220-246)
著者: Leissing, T.M. / Clifton, I.J. / Saward, B.G. / Lu, X. / Hopkinson, R.J. / Schofield, C.J.
履歴
登録2018年8月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
D: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,97711
ポリマ－43,1042
非ポリマー8739
水2,108117
1
A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
D: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
ヘテロ分子

A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
D: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,95522
ポリマ－86,2094
非ポリマー1,74618
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area10390 Å2
ΔGint-222 kcal/mol
Surface area29440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.080, 87.080, 149.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AD

#1: タンパク質 Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor / Factor inhibiting HIF-1 / FIH-1 / Hypoxia-inducible factor asparagine hydroxylase


分子量: 40328.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIF1AN, FIH1 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: タンパク質・ペプチド Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3 / TrpV3 / Vanilloid receptor-like 3 / VRL-3


分子量: 2776.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NET8

-
非ポリマー , 5種, 126分子

#3: 化合物 ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE


分子量: 147.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Hepes pH = 7.5, 1.7 M ammonium sulfate, 5.5% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→74.68 Å / Num. obs: 40834 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19 % / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.98→2.01 Å / 冗長度: 20.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2001 / Rrim(I) all: 2.821 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1H2K

1h2k


解像度: 1.98→61.575 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2028 2027 4.97 %
Rwork0.1806 --
obs0.1818 40754 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→61.575 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2786 0 49 117 2952
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032966
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5914043
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6541729
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046413
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004533
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9801-2.02960.29831710.27252690X-RAY DIFFRACTION100
2.0296-2.08450.28391340.25122728X-RAY DIFFRACTION100
2.0845-2.14580.24681480.23282684X-RAY DIFFRACTION100
2.1458-2.21510.31671150.22922762X-RAY DIFFRACTION100
2.2151-2.29420.29771350.25852740X-RAY DIFFRACTION100
2.2942-2.38610.24951460.20782700X-RAY DIFFRACTION100
2.3861-2.49470.23771420.18992752X-RAY DIFFRACTION100
2.4947-2.62620.24141380.19092751X-RAY DIFFRACTION100
2.6262-2.79080.2181350.20032753X-RAY DIFFRACTION100
2.7908-3.00620.2231430.20122773X-RAY DIFFRACTION100
3.0062-3.30870.21251360.19882778X-RAY DIFFRACTION100
3.3087-3.78750.19871580.17432795X-RAY DIFFRACTION100
3.7875-4.77150.16281610.13572821X-RAY DIFFRACTION100
4.7715-61.60460.1871650.17753000X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.9773-4.26778.30381.6826-3.79197.3348-0.29821.33121.0468-0.1891-0.5964-0.36-0.26970.73490.95110.5516-0.0116-0.05410.76260.32020.9064-12.621336.9814-21.4502
27.33521.80194.47684.60740.26495.46610.10711.0123-0.0143-0.575-0.10990.03510.3470.2703-0.02080.4740.11910.08570.8170.15830.4292-14.884218.3107-26.6368
34.2696-0.61933.05013.1391.16223.5658-0.3511-0.72320.56730.38180.11340.6716-0.2012-0.81760.26710.45310.13220.13660.81460.0990.7043-31.657128.5767-9.4282
44.1512-2.80060.71884.1566-1.49993.7124-0.7168-0.82890.31661.29910.42450.0282-0.8787-0.70580.24250.77120.17450.01050.9866-0.08880.6896-18.927628.87144.8267
54.88620.15692.58640.89081.36696.6777-0.0064-1.2520.28960.6176-0.07420.24160.1233-1.30320.18650.53360.16310.09160.97140.07570.6163-29.965926.9608-5.675
64.8695-0.1332.35711.8310.11163.24470.1849-0.2119-0.10280.16210.08540.35030.206-0.3954-0.26150.39720.02220.0440.65710.18260.5056-22.012218.128-13.2047
74.8168-1.77932.2482.9105-1.93734.9773-0.01440.23210.5730.0708-0.01170.0549-0.06090.2520.03220.3497-0.00920.01930.50370.07820.4746-5.068721.4878-7.0855
86.522-0.3772.44811.0117-0.32632.35620.0180.24950.51930.0575-0.08580.0498-0.1465-0.06710.06350.36370.01520.02980.5780.13720.4922-10.922224.373-12.9367
97.0889-1.85521.97115.5307-2.88293.90430.41620.2678-0.8343-0.4898-0.08930.30740.7609-0.0684-0.36520.512-0.0164-0.12550.43790.0380.5564-6.1432.6507-7.1199
102.2398-2.558-2.64356.3372-0.58436.30750.0491-0.2852-0.36080.5596-0.19220.0219-0.5705-0.5425-0.0950.59390.0163-0.10680.5117-0.01230.40757.50245.83834.9512
112.5583-4.26672.25987.5682-3.6222.02970.8305-0.4141-2.3538-1.13990.06811.71151.5314-1.8815-0.80731.2064-0.30650.04081.8811-0.3231.4332-6.625-2.3793-7.3692
129.2912-0.14335.0934.6893-5.54279.2301-0.6487-0.5636-2.36920.92891.03121.5232-0.8706-1.0895-0.15480.78190.03030.27551.1059-0.10281.7481-16.230112.1522-3.4695
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 37 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 38 through 64 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 65 through 95 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 96 through 137 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 138 through 166 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 167 through 211 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 212 through 247 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 248 through 297 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 298 through 330 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 331 through 349 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 231 through 235 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 236 through 244 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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