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万見
- PDB-4bio: FACTOR INHIBITING HIF-1 ALPHA IN COMPLEX WITH 8-HYDROXYQUINOLINE-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bio
タイトルFACTOR INHIBITING HIF-1 ALPHA IN COMPLEX WITH 8-HYDROXYQUINOLINE-5- CARBOXYLIC ACID
要素HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1-ALPHA INHIBITOR
キーワードOXIDOREDUCTASE / DIOXYGENASE / OXYGENASE / DNA-BINDING / METAL-BINDING / TRANSCRIPTION / HELIX-LOOP-HELIX-BETA / DSBH / FACIAL TRIAD / ASPARAGINYL/ASPARTYL HYDROXYLASE / TRANSCRIPTION AND EPIGENETIC REGULATION / SIGNALING / DEVELOPMENT / CELL STRUCTURE / ANKYRIN REPEAT DOMAIN / ARD / BETA-HYDROXYLATION / TRANSCRIPTION ACTIVATOR/INHIBITOR / PHOSPHORYLATION / S-NITROSYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding ...hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding / Notch binding / oxygen sensor activity / negative regulation of Notch signaling pathway / NF-kappaB binding / positive regulation of myoblast differentiation / ferrous iron binding / transcription corepressor activity / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Clavaminate synthase-like / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor, domain II / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Helix Hairpins ...Clavaminate synthase-like / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor, domain II / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Helix Hairpins / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
8-hydroxyquinoline-5-carboxylic acid / : / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Chowdhury, R. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2013
タイトル: 5-Carboxy-8-hydroxyquinoline is a Broad Spectrum 2-Oxoglutarate Oxygenase Inhibitor which Causes Iron Translocation.
著者: Hopkinson, R.J. / Tumber, A. / Yapp, C. / Chowdhury, R. / Aik, W. / Che, K.H. / Li, X.S. / Kristensen, J.B.L. / King, O.N.F. / Chan, M.C. / Yeoh, K.K. / Choi, H. / Walport, L.J. / Thinnes, C. ...著者: Hopkinson, R.J. / Tumber, A. / Yapp, C. / Chowdhury, R. / Aik, W. / Che, K.H. / Li, X.S. / Kristensen, J.B.L. / King, O.N.F. / Chan, M.C. / Yeoh, K.K. / Choi, H. / Walport, L.J. / Thinnes, C.C. / Bush, J.T. / Lejeune, C. / Rydzik, A.M. / Rose, N.R. / Bagg, E.A. / McDonough, M.A. / Krojer, T. / Yue, W.W. / Ng, S.S. / Olsen, L. / Brennan, P.E. / Oppermann, U. / Muller-Knapp, S. / Klose, R.J. / Ratcliffe, P.J. / Schofield, C.J. / Kawamura, A.
履歴
登録2013年4月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references / Other
改定 1.22018年3月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1-ALPHA INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,70412
ポリマ－40,6111
非ポリマー1,09411
水2,216123
1
A: HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1-ALPHA INHIBITOR
ヘテロ分子

A: HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1-ALPHA INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,40924
ポリマ－81,2212
非ポリマー2,18722
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_465y-1,x+1,-z1
Buried area7040 Å2
ΔGint-197.5 kcal/mol
Surface area31000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.720, 86.720, 147.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2030-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1-ALPHA INHIBITOR / FACTOR INHIBITING HIF / FACTOR INHIBITING HIF-1 / FIH-1 / HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR ASPARAGINE HYDROXYLASE


分子量: 40610.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, peptide-aspartate beta-dioxygenase

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非ポリマー , 5種, 134分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-8XQ / 8-hydroxyquinoline-5-carboxylic acid / 5-カルボキシ-8-ヒドロキシキノリン


分子量: 189.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H7NO3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.2M AMMONIUM SULPHATE, 3% PEG400, PEG400, 0.001M FECL2, 0.1M HEPES PH7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9794
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月3日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→56.59 Å / Num. obs: 21369 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 54.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.45→2.58 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.3精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H2K

1h2k


解像度: 2.45→56.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 42836.73 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2343 1092 5.1 %RANDOM
Rwork0.2009 ---
obs0.2009 21369 99.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.6844 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 60 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.68 Å20 Å20 Å2
2---4.68 Å20 Å2
3---9.36 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→56.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2759 0 64 123 2946
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.39
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.04
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 311 5.9 %
Rwork0.308 3031 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION48HQ.PAR8HQ.TOP
X-RAY DIFFRACTION5GOL.PARGOL.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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