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- PDB-5jwp: Crystal structure of human FIH D201E variant in complex with Zn, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jwp
タイトルCrystal structure of human FIH D201E variant in complex with Zn, alpha-ketoglutarate, and HIF1 alpha peptide.
要素(Hypoxia-inducible factor 1- ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Hypoxia sensing / Factor Inhibiting HIF / alpha-ketoglutarate dependent oxygenase / Hypoxia inducible factor / hydroxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / neural fold elevation formation / iris morphogenesis / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / elastin metabolic process / regulation of transforming growth factor beta2 production / glandular epithelial cell maturation / hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : ...epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / neural fold elevation formation / iris morphogenesis / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / elastin metabolic process / regulation of transforming growth factor beta2 production / glandular epithelial cell maturation / hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / : / peptidyl-histidine dioxygenase activity / hemoglobin biosynthetic process / cardiac ventricle morphogenesis / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / negative regulation of growth / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of hormone biosynthetic process / intestinal epithelial cell maturation / retina vasculature development in camera-type eye / Cellular response to hypoxia / mesenchymal cell apoptotic process / regulation of protein neddylation / negative regulation of bone mineralization / PTK6 Expression / intracellular oxygen homeostasis / collagen metabolic process / carboxylic acid binding / B-1 B cell homeostasis / positive regulation of vasculogenesis / vascular endothelial growth factor production / ankyrin repeat binding / dopaminergic neuron differentiation / transcription regulator activator activity / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of thymocyte apoptotic process / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / lactate metabolic process / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / negative regulation of TOR signaling / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Notch binding / response to iron ion / neural crest cell migration / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / oxygen sensor activity / embryonic hemopoiesis / regulation of glycolytic process / motile cilium / DNA-binding transcription repressor activity / muscle cell cellular homeostasis / digestive tract morphogenesis / DNA-binding transcription activator activity / PTK6 promotes HIF1A stabilization / response to muscle activity / positive regulation of neuroblast proliferation / axonal transport of mitochondrion / bone mineralization / E-box binding / intracellular glucose homeostasis / heart looping / outflow tract morphogenesis / TOR signaling / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / positive regulation of macroautophagy / cellular response to interleukin-1 / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / neuroblast proliferation / negative regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / epithelial to mesenchymal transition / chondrocyte differentiation / NF-kappaB binding / positive regulation of myoblast differentiation / embryonic placenta development / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of chemokine production / positive regulation of endothelial cell proliferation / lactation / axon cytoplasm / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / negative regulation of miRNA transcription / positive regulation of erythrocyte differentiation / positive regulation of glycolytic process / response to reactive oxygen species / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Hsp90 protein binding / transcription coactivator binding / euchromatin / ferrous iron binding / visual learning / cerebral cortex development / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / cellular response to virus
類似検索 - 分子機能
Hypoxia-inducible factor-1 alpha / Clavaminate synthase-like / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor, domain II / Hypoxia-inducible factor 1-alpha bHLH domain / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain ...Hypoxia-inducible factor-1 alpha / Clavaminate synthase-like / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor, domain II / Hypoxia-inducible factor 1-alpha bHLH domain / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / PAS fold-3 / PAS fold / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Jelly Rolls / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / RmlC-like jelly roll fold / PAS domain superfamily / Helix Hairpins / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / Hypoxia-inducible factor 1-alpha / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
Model detailsmature form of protein
データ登録者Taabazuing, C.Y. / Garman, S.C. / Eron, S. / Knapp, M.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32-GM008515 米国
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2016
タイトル: The facial triad in the alpha-ketoglutarate dependent oxygenase FIH: A role for sterics in linking substrate binding to O2 activation.
著者: Hangasky, J.A. / Taabazuing, C.Y. / Martin, C.B. / Eron, S.J. / Knapp, M.J.
履歴
登録2016年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Polymer sequence
カテゴリ: citation / entity_poly / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_poly.pdbx_target_identifier / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.12019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
B: Hypoxia-inducible factor 1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3329
ポリマ－42,6442
非ポリマー6887
水3,135174
1
A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
B: Hypoxia-inducible factor 1-alpha
ヘテロ分子

A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
B: Hypoxia-inducible factor 1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,66318
ポリマ－85,2874
非ポリマー1,37614
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_465y-1,x+1,-z1
Buried area10070 Å2
ΔGint-240 kcal/mol
Surface area31350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.220, 86.220, 149.903
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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Hypoxia-inducible factor 1- ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor / Factor inhibiting HIF-1 / FIH-1 / Hypoxia-inducible factor asparagine hydroxylase


分子量: 40624.578 Da / 分子数: 1 / 変異: D201E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIF1AN, FIH1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: タンパク質・ペプチド Hypoxia-inducible factor 1-alpha / HIF1-alpha / ARNT-interacting protein / Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP1 / Class E basic ...HIF1-alpha / ARNT-interacting protein / Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP1 / Class E basic helix-loop-helix protein 78 / bHLHe78 / Member of PAS protein 1 / PAS domain-containing protein 8


分子量: 2019.124 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 11-29 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16665

-
非ポリマー , 5種, 181分子

#3: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.34 % / Mosaicity: 0.663 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M Hepes, 1.6mM ammonium sulfate, 3% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月3日 / 詳細: FOCUSING MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) CHANNEL CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 33713 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/av σ(I): 24.754 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
2.1-2.145.3199.8
2.14-2.185.31100
2.18-2.225.3199.90.769
2.22-2.265.311000.634
2.26-2.315.3199.90.582
2.31-2.375.3199.90.52
2.37-2.425.311000.405
2.42-2.495.311000.336
2.49-2.565.3199.90.296
2.56-2.655.3199.90.251
2.65-2.745.3199.90.202
2.74-2.855.3199.90.155
2.85-2.985.3199.90.121
2.98-3.145.4199.80.092
3.14-3.335.3199.90.071
3.33-3.595.3199.80.055
3.59-3.955.2199.60.049
3.95-4.524.9198.20.044
4.52-5.74.9198.20.043
5.7-504.6195.30.043

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1H2L

1h2l


解像度: 2.1→34.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 7.981 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.154
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2087 1763 5.9 %RANDOM
Rwork0.1704 ---
obs0.1727 28327 89.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 138.4 Å2 / Biso mean: 52.566 Å2 / Biso min: 28.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.05 Å2-0 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→34.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2903 0 37 174 3114
Biso mean--71.73 53.05 -
残基数----355
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0193016
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022756
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9041.9584095
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91536349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7855353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.5424.658161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.44215491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8851517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2416
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213456
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02729
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8314.1781418
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8314.1761417
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.0546.2421769
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 119 -
Rwork0.263 1846 -
all-1965 -
obs--80.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8384-0.3159-0.5050.28880.13140.3677-0.0111-0.0183-0.07280.05380.00730.0167-0.00410.07120.00380.01580.0097-0.00920.1107-0.05320.052-27.897821.3803-9.5337
24.4574-2.85230.78292.3921-1.11481.2854-0.0488-0.25330.52730.15070.1771-0.4138-0.18380.1935-0.12830.0312-0.01570.00430.157-0.19360.2548-28.785235.6834-4.0457
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 349
2X-RAY DIFFRACTION1A401 - 402
3X-RAY DIFFRACTION2B794 - 806

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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