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万見
- PDB-6b5n: Structure of PfCSP peptide 25 with human protective antibody CIS43 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b5n
タイトルStructure of PfCSP peptide 25 with human protective antibody CIS43
要素
  • CIS43 Fab Heavy chain
  • CIS43 Fab Light chain
  • pfCSP peptide 25: ASN-VAL-ASP-PRO-ASN-ALA-ASN-PRO-ASN-VAL-ASP
キーワードIMMUNE SYSTEM / Malaria / pfCSP / vaccine / antibodies
機能・相同性
機能・相同性情報


entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Plasmodium circumsporozoite protein / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Circumsporozoite protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Pancera, M. / Weidle, C.
引用ジャーナル: Nat. Med. / 年: 2018
タイトル: A human monoclonal antibody prevents malaria infection by targeting a new site of vulnerability on the parasite.
著者: Kisalu, N.K. / Idris, A.H. / Weidle, C. / Flores-Garcia, Y. / Flynn, B.J. / Sack, B.K. / Murphy, S. / Schon, A. / Freire, E. / Francica, J.R. / Miller, A.B. / Gregory, J. / March, S. / Liao, ...著者: Kisalu, N.K. / Idris, A.H. / Weidle, C. / Flores-Garcia, Y. / Flynn, B.J. / Sack, B.K. / Murphy, S. / Schon, A. / Freire, E. / Francica, J.R. / Miller, A.B. / Gregory, J. / March, S. / Liao, H.X. / Haynes, B.F. / Wiehe, K. / Trama, A.M. / Saunders, K.O. / Gladden, M.A. / Monroe, A. / Bonsignori, M. / Kanekiyo, M. / Wheatley, A.K. / McDermott, A.B. / Farney, S.K. / Chuang, G.Y. / Zhang, B. / Kc, N. / Chakravarty, S. / Kwong, P.D. / Sinnis, P. / Bhatia, S.N. / Kappe, S.H.I. / Sim, B.K.L. / Hoffman, S.L. / Zavala, F. / Pancera, M. / Seder, R.A.
履歴
登録2017年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 2.02024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: CIS43 Fab Heavy chain
L: CIS43 Fab Light chain
A: pfCSP peptide 25: ASN-VAL-ASP-PRO-ASN-ALA-ASN-PRO-ASN-VAL-ASP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9103
ポリマ－49,9103
非ポリマー00
水3,855214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5030 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.068, 60.419, 83.307
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.83, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-323-

HOH

21L-402-

HOH

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要素

#1: 抗体 CIS43 Fab Heavy chain


分子量: 24206.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 CIS43 Fab Light chain


分子量: 24138.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド pfCSP peptide 25: ASN-VAL-ASP-PRO-ASN-ALA-ASN-PRO-ASN-VAL-ASP


分子量: 1564.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
参照: UniProt: P02893*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Sodium Hepes pH 7.5, 1.4M Sodium Citrate Tribasic Dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→40.614 Å / Num. obs: 31446 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 13.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.98→40.61 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.209 1560 4.96 %
Rwork0.175 --
obs0.176 31443 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→40.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3442 0 0 214 3656
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053548
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7684845
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8352145
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052552
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004619
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9796-2.04350.2811410.23152576X-RAY DIFFRACTION96
2.0435-2.11650.25951200.21742726X-RAY DIFFRACTION100
2.1165-2.20120.2471710.20512666X-RAY DIFFRACTION100
2.2012-2.30140.30091500.19192722X-RAY DIFFRACTION100
2.3014-2.42270.23751330.19172716X-RAY DIFFRACTION100
2.4227-2.57450.2091410.19472704X-RAY DIFFRACTION100
2.5745-2.77320.24971500.19642768X-RAY DIFFRACTION100
2.7732-3.05220.24391220.19232720X-RAY DIFFRACTION100
3.0522-3.49370.2111350.17762743X-RAY DIFFRACTION100
3.4937-4.40080.17071390.14532735X-RAY DIFFRACTION100
4.4008-40.62220.16991580.15062807X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.513-0.51410.08652.7866-0.89566.33330.1375-0.79940.13380.21430.05730.1743-0.2319-0.5292-0.15740.24720.02790.03840.40190.01010.232481.4206-3.5336107.0291
21.2059-0.1395-0.80411.17470.67221.2730.0142-0.0377-0.1292-0.0715-0.07290.08030.03190.00590.05790.2509-0.0066-0.01020.17750.0240.30190.3647-12.904184.3277
32.479-0.2917-1.81192.68151.83637.34490.1747-0.80920.02370.00950.1721-0.081-0.29730.3323-0.32120.23410.0248-0.06780.4396-0.01090.2734106.6269-1.0895113.3715
44.6415-1.5494-2.45213.59030.54296.4339-0.0061-0.3983-0.33830.14410.1036-0.02310.39170.2277-0.04850.270.0139-0.06660.26090.03240.206104.5925-9.8499109.2437
50.76190.2027-0.21130.60780.55531.9288-0.0216-0.16580.0405-0.08880.0586-0.058-0.0487-0.0207-0.06480.26150.056-0.03540.2071-0.00610.3331100.1173-6.977388.1639
62.7113-1.02871.70742.386-1.63583.96830.04630.33830.3076-0.3809-0.1033-0.312-0.00320.20010.09810.32380.01090.07740.18030.00140.333104.1896-5.448871.7809
72.6632-0.7482-0.89214.1553-3.625.76310.1452-1.01330.15030.50710.37210.0659-0.0964-0.4064-0.3010.41320.0374-0.00450.83440.05430.294290.5442-3.9208123.6427
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'H' AND (RESID 2 THROUGH 93 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'H' AND (RESID 94 THROUGH 214 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'L' AND (RESID 1 THROUGH 32 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'L' AND (RESID 33 THROUGH 90 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'L' AND (RESID 91 THROUGH 128 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'L' AND (RESID 129 THROUGH 213 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 11 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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