PDB-6b5f: Crystal structure of nicotinate mononucleotide-5,6-dimethylbenzim...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b5f

タイトル

Crystal structure of nicotinate mononucleotide-5,6-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase CobT from Yersinia enterocolitica

要素

Nicotinate-nucleotide--dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE / 5 / 6-DIMETHYLBENZIMIDAZOLE / NICOTINATE MONONUCLEOTIDE / structural genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase / nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase activity / cobalamin biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia enterocolitica serotype O:8 / biotype 1B

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Skarina, T. / McChesney, C. / Grimshaw, T. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Microbiol Resour Announc / 年: 2025
タイトル: Structural genomics of bacterial drug targets: Application of a high-throughput pipeline to solve 58 protein structures from pathogenic and related bacteria.
著者: Inniss, N.L. / Minasov, G. / Chang, C. / Tan, K. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Stogios, P. / Filippova, E. / Michalska, K. / Osipiuk, J. / Jaroszewki, L. / Godzik, A. / Savchenko, A. / ...

履歴

登録	2017年9月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2025年6月18日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b5f.cif.gz	275.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b5f.ent.gz	222.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b5f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6b5f_validation.pdf.gz	453.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6b5f_full_validation.pdf.gz	456.5 KB	表示
XML形式データ	6b5f_validation.xml.gz	33.5 KB	表示
CIF形式データ	6b5f_validation.cif.gz	52 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/6b5f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/6b5f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5umeC 5uswC 5usxC 5utxC 5uu6C 5uwyC 5ux9C 5wp0C 6aonC 6aooC 6aziC 6b8dC 6bk7C 6blbC 6c8qC 6pu9C 6puaC 6pxaC 6w2zC 9bznC 9bzqC 9bzrC 1l5oS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1l5n-1 4kqk-d 4kqi-1 3amg-d 4hdk-d 6uo2-d 1jhr-1 1wx1-d 7lcz-d 1r74-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP07570 TargetTrack: IDP07570

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nicotinate-nucleotide--dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase

B: Nicotinate-nucleotide--dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

73.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.155, 73.875, 119.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Nicotinate-nucleotide--dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase / NN:DBI PRT / N(1)-alpha-phosphoribosyltransferase 分子量: 36626.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica serotype O:8 / biotype 1B (strain NCTC 13174 / 8081) (腸炎エルシニア) 株: NCTC 13174 / 8081 / 遺伝子: cobT, YE2707 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A1JTP8, nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 825 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.28 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium sulfate, 30% (w/v) PEG 5K MME, cryoprotectant paratone

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年8月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→25 Å / Num. obs: 47242 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.072 / R_pim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 28.62
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.575 / Mean I/σ(I) obs: 2.27 / Num. unique obs: 2295 / CC_1/2: 0.882 / R_pim(I) all: 0.227 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_2733	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1L5O

1l5o

解像度: 1.95→24.114 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.4

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1802	1998	4.24 %	RANDOM
R_work	0.1496	-	-	-
obs	0.151	47176	99.33 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→24.114 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4905	0	17	825	5747

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5053
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.697	6854
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.191	1863
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	824
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	895

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9438-1.9924	0.225	132	0.201	2967	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9924-2.0462	0.2692	131	0.1821	3190	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0462-2.1064	0.2022	140	0.1771	3186	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1064-2.1743	0.2129	142	0.1666	3175	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1743-2.252	0.2278	145	0.1528	3227	X-RAY DIFFRACTION	100
2.252-2.3421	0.1941	141	0.159	3197	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3421-2.4486	0.1895	144	0.1523	3209	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4486-2.5775	0.2157	140	0.1523	3247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5775-2.7388	0.2089	148	0.1545	3225	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7388-2.95	0.1729	143	0.1481	3251	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.2462	0.1861	145	0.1527	3251	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2462-3.7144	0.1579	146	0.1334	3286	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7144-4.6742	0.1545	148	0.126	3318	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6742-24.116	0.1596	153	0.1585	3449	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.2762	3.1751	-2.5894	4.8604	-1.6437	4.8111	-0.3555	0.1002	-0.4063	-0.2803	0.1526	-0.0659	0.547	-0.3069	0.2396	0.2067	0.0431	-0.0118	0.1912	-0.0251	0.1925	23.1639	28.4693	54.4169
2	1.1869	0.5421	-0.0173	2.3145	0.4278	1.2122	-0.0546	-0.079	-0.0605	-0.0056	0.0442	-0.2616	-0.0485	0.1257	-0.007	0.2026	0.0159	0.0017	0.2614	-0.0009	0.2485	42.0857	43.9609	68.6415
3	2.2364	-1.5468	0.1604	2.0204	-0.5504	0.4799	-0.0097	0.1408	0.1047	-0.1725	-0.0153	-0.1429	-0.1283	0.0347	0.0466	0.2737	-0.0268	0.0161	0.245	-0.007	0.1701	40.7311	47.5884	54.492
4	1.0402	0.2291	-0.0062	2.3008	0.1881	1.5686	-0.0261	-0.0456	0.0913	-0.0197	-0.0167	0.1082	-0.0558	-0.1053	0.0455	0.169	0.0145	-0.0102	0.2013	0.0017	0.183	27.4633	45.7522	64.8481
5	3.9638	4.8073	-2.8172	5.962	-3.6987	4.091	0.3205	-0.382	-0.0568	0.5117	-0.417	-0.2129	-0.4334	0.4348	0.1252	0.194	0.0323	-0.0065	0.209	-0.0259	0.2298	25.6671	32.7905	94.084
6	1.5999	0.2263	0.3431	1.1211	0.0995	1.0891	-0.0377	0.0075	-0.0179	-0.0606	-0.0192	0.0521	-0.0054	-0.096	0.0609	0.2338	0.0046	0.0081	0.2102	0.005	0.1964	7.8752	16.6298	84.1237
7	4.0958	-1.0205	-2.1958	4.2102	-3.0522	4.5742	0.0728	0.2177	0.2649	0.0166	-0.0192	0.1644	-0.2622	-0.2175	-0.0589	0.2236	-0.0049	-0.0202	0.2354	-0.058	0.2734	11.3045	30.9163	86.0783
8	9.741	4.2599	3.4213	4.1971	1.8729	4.2047	0.1586	-0.1932	-0.0797	0.0377	-0.0823	-0.0676	0.0964	-0.0378	-0.0438	0.243	0.03	0.0372	0.1875	-0.0018	0.1625	25.955	28.9552	79.2703

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid -1:49)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 50:137)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 138:165)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 166:342)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 0:48)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 49:272)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 273:308)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 309:340)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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