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- PDB-6b2n: Crystal structure of TEM-1 beta-lactamase mutant M182N -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b2n
タイトルCrystal structure of TEM-1 beta-lactamase mutant M182N
要素Beta-lactamase TEM
キーワードHYDROLASE / Antibiotic resistance / beta-lactamase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-lactamase TEM
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Jimah, J.R. / Tolia, N.H.
引用ジャーナル: ACS Cent Sci / : 2017
タイトル: Prediction of New Stabilizing Mutations Based on Mechanistic Insights from Markov State Models.
著者: Zimmerman, M.I. / Hart, K.M. / Sibbald, C.A. / Frederick, T.E. / Jimah, J.R. / Knoverek, C.R. / Tolia, N.H. / Bowman, G.R.
履歴
登録2017年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase TEM
B: Beta-lactamase TEM
C: Beta-lactamase TEM
D: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,0848
ポリマ-115,7004
非ポリマー3844
3,405189
1
A: Beta-lactamase TEM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9251
ポリマ-28,9251
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0212
ポリマ-28,9251
非ポリマー961
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0212
ポリマ-28,9251
非ポリマー961
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1173
ポリマ-28,9251
非ポリマー1922
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.910, 49.660, 122.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Beta-lactamase TEM / IRT-4 / Penicillinase / TEM-1 / TEM-16/CAZ-7 / TEM-2 / TEM-24/CAZ-6 / TEM-3 / TEM-4 / TEM-5 / TEM-6 ...IRT-4 / Penicillinase / TEM-1 / TEM-16/CAZ-7 / TEM-2 / TEM-24/CAZ-6 / TEM-3 / TEM-4 / TEM-5 / TEM-6 / TEM-8/CAZ-2


分子量: 28924.900 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 24-286 / 変異: M182N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bla, blaT-3, blaT-4, blaT-5, blaT-6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62593, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.75 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.1 M sodium phosphate dibasic/citric acid, pH 4.2, 0.1 M lithium sulfate, 20% PEG1000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2017年4月3日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 66091 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.52 % / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 8.95
反射 シェル最高解像度: 2 Å / Rsym value: 0.506

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1JWP
解像度: 2→19.767 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 31.92 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2828 1873 2.84 %
Rwork0.2307 --
obs0.2347 66017 98.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.767 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7998 0 20 189 8207
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038138
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58211009
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1864972
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391271
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031420
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0001-2.05410.33461420.29584838X-RAY DIFFRACTION95
2.0541-2.11440.30271420.28474882X-RAY DIFFRACTION96
2.1144-2.18250.34791430.27314867X-RAY DIFFRACTION95
2.1825-2.26040.34311420.2784851X-RAY DIFFRACTION95
2.2604-2.35070.32241440.2674901X-RAY DIFFRACTION96
2.3507-2.45730.29491390.25624908X-RAY DIFFRACTION96
2.4573-2.58650.26191450.2584917X-RAY DIFFRACTION96
2.5865-2.74790.30151390.25424903X-RAY DIFFRACTION96
2.7479-2.95910.32011420.24544926X-RAY DIFFRACTION96
2.9591-3.25510.30961430.2324983X-RAY DIFFRACTION97
3.2551-3.72190.24261460.20174980X-RAY DIFFRACTION96
3.7219-4.67350.23981400.1715007X-RAY DIFFRACTION96
4.6735-17.1780.28571530.23395153X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0020.0068-0.00120.0237-0.00040.00670.01060.00280.009-0.02150.0112-0.0086-0.00310.00520.03020.2136-0.039-0.03920.02680.01760.0651-12.823421.7874-53.7288
20.00020.0010.00470.0027-0.00790.0152-0.0006-0.009-0.0162-0.00950.0035-0.00510.0360.00820.0010.3178-0.0055-0.0489-0.04670.0598-0.0078-22.46990.6705-49.2017
30.0023-0.00240.00270.0078-0.00720.00810.00250.005-0.0034-0.0044-0.00160.00420.0074-0.0039-0.00050.2199-0.0148-0.03590.0196-0.0356-0.0046-32.1324-7.4982-65.3949
40.00240.0007-0.00080.0027-0.00110.0014-0.00280.0026-0.0088-0.0019-0.00130.0020.00290.00210.00030.20440.0473-0.02540.0433-0.01230.0781-23.309-6.4488-59.4593
50.00330.00680.00470.00780.00360.0006-0.00540.02340.0116-0.0145-0.0198-0.0035-0.00460.0107-0.05810.4106-0.0133-0.0637-0.0743-0.0735-0.0101-22.55842.8436-50.1793
60.0059-0.00650.00210.0084-0.00220.00140.00430.0016-0.001-0.00090.00260.00020.0025-0.00210.00510.1949-0.0029-0.01290.02470.00110.0171-19.46628.1137-60.0662
70.0104-0.01070.0210.0086-0.02020.04730.02460.01070.0119-0.00220.0079-0.02290.00090.00120.07550.2146-0.0070.02750.0041-0.0419-0.0237-12.485413.5837-58.0296
80.0002-0.00030.00060.0005-0.0002-00.00260.00530.00080.0079-0.00460.0042-0.0039-0.000400.34060.022-0.02410.12940.04510.2759-29.78380.2241-22.8938
9-0.00230.00260.00180.01060.00390.00640.0024-0.0005-0.00180.0415-0.00470.01540.038-0.0040.00620.53410.0217-0.1269-0.08970.13720.025-16.6667-25.6757-26.1824
100.00320.00080.00360.00490.00170.00260.00870.00140.002-0.0045-0.0053-0.00510.00750.00090.00690.2619-0.0093-0.09210.0340.04590.0756-10.2928-15.0559-29.969
110.0014-0.0009-0.0010.00450.00030.0028-0.00280.0009-0.002-0.0033-0.00140.0052-0.0016-0.0018-0.00710.25920.0015-0.06980.03540.00850.0473-27.6111-26.4885-31.6602
12-0.0001-0.0002-0.0001-0-0.0001-0.0001-0.00080.0010.01320.00210.00170.0088-0.0015-0.005-0.00510.21470.03680.02670.07710.02330.0976-31.7662-19.8035-17.658
13-0.00020.00090.00020.0023-0.00250.0010.0005-0.0067-0.0057-0.01350.00120.02120.0039-0.0035-0.00390.2477-0.00160.01330.09250.07090.1252-26.8431-16.9983-21.3255
14-0.0001-00.00010-0.00050.00050.0003-0.0020.0066-0.00130.00570.0036-0.0019-0.007300.2267-0.0353-0.0060.11050.03130.1968-23.1319-10.0487-21.6252
150.0002-0.0001-0.0004-00.00030.00130.0030.00210.0013-0.0002-0.0010.0042-0.0025-0.0042-0.00240.16230.03960.03780.08010.0620.1606-32.2739-7.1963-18.386
160.00040.0001-0.00020.00010.00020.00010.0052-0.0018-0.0027-0.00970.00750.0018-0.0011-0.0038-00.182-0.061-0.01040.06420.00480.1133-28.7143-29.35195.1857
170.0478-0.0229-0.01990.01930.00060.02240.009-0.00090.0061-0.00390.0050.00140.0068-0.0080.02720.13210.00360.03820.018-0.01120.0228-29.3801-19.178514.2611
180.01490.0025-0.00490.01380.00040.02750.0018-0.0009-0.0020.00580.00760.004-0.01090.0010.02640.18920.01150.046-0.0106-0.00060.0177-17.1422-8.089812.5926
19-0.0028-0.00030.00050.0037-0.00080.02130.01530.00370.0171-0.0154-0.010.005-0.0217-0.0001-0.0010.4194-0.01180.0694-0.04270.05260.0033-11.40852.62595.1148
200.00430.0075-0.00670.0118-0.00930.0074-0.00020.0027-0.00280.0095-0.0144-0.01040.00960.0044-0.02910.2574-0.01440.07150.0028-0.00270.0008-13.7272-12.601213.4052
21-0.0024-0.00060.00080.00260.00180.0231-0.0060.0086-0.0086-0.00340.00240.006-0.0174-0.0068-0.01580.2410.01790.0251-0.00990.0331-0.0011-26.7703-8.87515.4231
220.00050.0003-0.0004-0.00030.00030.00020.00550.0051-0.00820.00350.0018-0.00180.0068-0.00420.00180.2244-0.066-0.0410.1233-0.01120.0671-29.9605-21.2323-0.0104
23-0.0011-0.0001-0.00110.002-0.00280.0001-0.0073-0.0053-0.0039-0.00250.00110.00140.0007-0.0078-0.01630.221-0.02570.0206-0.00630.04850.018214.0997-22.8429-33.037
24-0.0019-0.0001-0.00210.00530.00010.0018-0.0001-0.00040.0090.0197-0.0008-0.0009-0.01680.0039-0.00070.25740.02240.0771-0.05210.0739-0.012427.92024.4911-38.7718
250.00240.00390.00480.00530.00410.00370.00230.0037-0.0028-0.0098-0.0098-0.0066-0.00470-0.01480.18-0.00390.0595-0.02740.0088-0.012526.6897-0.6718-33.3188
260.00140.0017-0.00330.0016-0.00240.00510.00770.00370.00120.0032-0.0076-0.00140.00370.00310.00810.1907-00.09380.04660.03040.108831.2318-13.7028-31.2847
270.00230.00090.00440.00050.00190.0085-0.00660.0006-0.00010.0008-0.00290.00670.0046-0.0028-0.02350.14640.00230.02560.00720.0318-0.018316.0912-10.7428-26.9672
280.00160.00010.00030.0018-0.0010.00050.00010.00120.0054-0.0007-0.0050.00470.00260.0012-0.0040.2081-0.00680.02330.03660.06250.088412.30211.6968-32.0213
290.0006-0.0001-0.0020.0171-0.00350.00610.015-0.0026-0.0074-0.01260.00790.0160.0024-0.00530.00660.2009-0.04110.01510.04210.01290.06629.4499-11.262-45.6602
300.0002-0.0015-0.00040.0049-0.00170.00260.00560.00050.00050.00380.0090.01030.0087-0.00820.01150.137-0.00540.0240.01010.0420.066216.9662-12.0866-40.9149
310.00110.0028-0.00370.0106-0.01060.00920.01570.0010.01040.00460.01490.0209-0.0071-0.00990.0160.1809-0.0247-0.01180.04480.02940.081313.1149-16.2645-37.8889
320.0001-0.0004-0.00050.00010.0001-0.00020.0123-0.0053-0.003-0.01740.00140.01030.0076-0.0096-00.3688-0.0166-0.02960.1340.06230.155310.8924-21.6913-44.1523
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 26 through 50 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 51 through 98 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 99 through 118 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 119 through 131 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 132 through 229 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 230 through 244 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 245 through 288 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 26 through 40 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 41 through 155 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 156 through 182 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 183 through 212 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 213 through 234 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 235 through 256 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 257 through 271 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 272 through 288 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 26 through 40 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 42 through 60 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 61 through 86 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 87 through 155 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 156 through 195 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 196 through 269 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 270 through 288 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 26 through 70 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 71 through 118 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 119 through 155 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 156 through 179 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 180 through 195 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 196 through 213 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 214 through 229 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 230 through 250 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 251 through 269 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 270 through 288 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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