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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6b2n | ||||||
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タイトル | Crystal structure of TEM-1 beta-lactamase mutant M182N | ||||||
要素 | Beta-lactamase TEM | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Antibiotic resistance / beta-lactamase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Jimah, J.R. / Tolia, N.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: ACS Cent Sci / 年: 2017 タイトル: Prediction of New Stabilizing Mutations Based on Mechanistic Insights from Markov State Models. 著者: Zimmerman, M.I. / Hart, K.M. / Sibbald, C.A. / Frederick, T.E. / Jimah, J.R. / Knoverek, C.R. / Tolia, N.H. / Bowman, G.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6b2n.cif.gz | 549.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6b2n.ent.gz | 463.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6b2n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6b2n_validation.pdf.gz | 467.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6b2n_full_validation.pdf.gz | 476.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6b2n_validation.xml.gz | 37.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6b2n_validation.cif.gz | 51.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/6b2n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/6b2n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1jwpS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28924.900 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 24-286 / 変異: M182N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bla, blaT-3, blaT-4, blaT-5, blaT-6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62593, beta-lactamase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.75 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.1 M sodium phosphate dibasic/citric acid, pH 4.2, 0.1 M lithium sulfate, 20% PEG1000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2017年4月3日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. obs: 66091 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.52 % / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 8.95 |
反射 シェル | 最高解像度: 2 Å / Rsym value: 0.506 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1JWP 解像度: 2→19.767 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 31.92 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.767 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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