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Yorodumi- PDB-5hw1: Crystal structure of TEM1 beta-lactamase in the presence of 1.2 M... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5hw1 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of TEM1 beta-lactamase in the presence of 1.2 MPa xenon | |||||||||
Components | Beta-lactamase TEM | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / xenon | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationbeta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | |||||||||
Authors | Roose, B.W. / Dmochowski, I.J. | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Chemphyschem / Year: 2018Title: A Structural Basis for129Xe Hyper-CEST Signal in TEM-1 beta-Lactamase. Authors: Roose, B.W. / Zemerov, S.D. / Wang, Y. / Kasimova, M.A. / Carnevale, V. / Dmochowski, I.J. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5hw1.cif.gz | 404.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5hw1.ent.gz | 329.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5hw1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5hw1_validation.pdf.gz | 435.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5hw1_full_validation.pdf.gz | 439.7 KB | Display | |
| Data in XML | 5hw1_validation.xml.gz | 45 KB | Display | |
| Data in CIF | 5hw1_validation.cif.gz | 65.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/5hw1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/5hw1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5hviSC ![]() 5i52C ![]() 5i63C ![]() 5kkfC ![]() 5kpuC ![]() 6apaC ![]() 6aykC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 28911.904 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: M180T Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-XE / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.25 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 2% (v/v) tacsimate (pH 6.0), 0.1 M Bis-Tris (pH 6.5), 20% (w/v) PEG 3350 PH range: 6.0 - 7.0 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.979 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 16, 2015 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection twin | Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.18 |
| Reflection | Resolution: 1.7→51.27 Å / Num. obs: 106586 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 13.1 |
| Reflection shell | Resolution: 1.7→1.73 Å / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.346 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / % possible all: 100 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 5HVI Resolution: 1.7→51.265 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.1 / Phase error: 24.01
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 51.15 Å2 / Biso mean: 9.5305 Å2 / Biso min: 2.56 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.7→51.265 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
|
Movie
Controller
About Yorodumi




X-RAY DIFFRACTION
United States, 2items
Citation



























PDBj









