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Yorodumi- PDB-5iq8: Crystal structure of TEM1 beta-lactamase mutant A224C/G283C disulfide -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5iq8 | |||||||||
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Title | Crystal structure of TEM1 beta-lactamase mutant A224C/G283C disulfide | |||||||||
Components | Beta-lactamase TEM | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / Enzyme / disulfide | |||||||||
Function / homology | Function and homology information beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.06 Å | |||||||||
Authors | Roose, B.W. / Dmochowski, I.J. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Structure of TEM1 beta-lactamase Authors: Roose, B.W. / Wang, Y. / Dmochowski, I.J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5iq8.cif.gz | 409 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5iq8.ent.gz | 336.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5iq8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5iq8_validation.pdf.gz | 444.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5iq8_full_validation.pdf.gz | 450.2 KB | Display | |
Data in XML | 5iq8_validation.xml.gz | 44.4 KB | Display | |
Data in CIF | 5iq8_validation.cif.gz | 64.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/5iq8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/5iq8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5hw5C 5hviS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28990.061 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: M180T, A222C, G279C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: bla, blaT-3, blaT-4, blaT-5, blaT-6 / Plasmid: pJ411 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P62593, beta-lactamase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M ammonium tartrate dibasic (pH 7.0), 20% (w/v) PEG 3350 PH range: 7.0 - 7.4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 16, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection twin | Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.48 |
Reflection | Resolution: 2.06→63.61 Å / Num. obs: 59865 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 5.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.06→2.11 Å / Redundancy: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.555 / % possible all: 99.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5HVI Resolution: 2.06→63.61 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / Phase error: 26.33
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 14.72 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.06→63.61 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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