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- PDB-3jyi: Structural and biochemical evidence that a TEM-1 {beta}-lactamase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jyi
タイトルStructural and biochemical evidence that a TEM-1 {beta}-lactamase Asn170Gly active site mutant acts via substrate-assisted catalysis
要素Beta-lactamase TEM
キーワードHYDROLASE / Beta-lactamase / Enzyme / antibiotic resistance / Disulfide bond / Plasmid / Transposable element
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Beta-lactamase TEM
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.703 Å
データ登録者Brown, N.G. / Palzkill, T.G. / Prasad, B.V.V. / Shanker, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural and biochemical evidence that a TEM-1 beta-lactamase N170G active site mutant acts via substrate-assisted catalysis
著者: Brown, N.G. / Shanker, S. / Prasad, B.V. / Palzkill, T.
履歴
登録2009年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase TEM
B: Beta-lactamase TEM
C: Beta-lactamase TEM
D: Beta-lactamase TEM
E: Beta-lactamase TEM
F: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,11916
ポリマ－173,3106
非ポリマー1,81010
水3,135174
1
A: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2183
ポリマ－28,8851
非ポリマー3332
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2183
ポリマ－28,8851
非ポリマー3332
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2183
ポリマ－28,8851
非ポリマー3332
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1232
ポリマ－28,8851
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2183
ポリマ－28,8851
非ポリマー3332
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1232
ポリマ－28,8851
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.099, 88.099, 500.352
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 26:288 )
211chain B and (resseq 26:288 )
311chain C and (resseq 26:288 )
411chain D and (resseq 26:288 )
511chain E and (resseq 26:288 )
611chain F and (resseq 26:288 )

-
要素

#1: タンパク質
Beta-lactamase TEM / TEM-1 / TEM-2 / TEM-3 / TEM-4 / TEM-5 / TEM-6 / TEM-8/CAZ-2 / TEM-16/CAZ-7 / TEM-24/CAZ-6 / IRT-4 / ...TEM-1 / TEM-2 / TEM-3 / TEM-4 / TEM-5 / TEM-6 / TEM-8/CAZ-2 / TEM-16/CAZ-7 / TEM-24/CAZ-6 / IRT-4 / Penicillinase


分子量: 28884.943 Da / 分子数: 6 / 変異: N170G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: bla, blaT-3, blaT-4, blaT-5, blaT-6, TEM-1 / プラスミド: pET-24a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62593, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG6000, 0.2 M LiCl, 0.1 M Hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月29日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator. LN2 cooled first crystal, sagittal focusing 2nd crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 55684 / Num. obs: 55684 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2694 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.4_95)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1BTL

1btl


解像度: 2.703→39.277 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 28.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2602 2624 5.05 %Random
Rwork0.2296 ---
obs0.2312 51923 93.31 %-
all-51923 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.856 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.0022 Å20 Å2-0 Å2
2--9.0022 Å2-0 Å2
3----18.0044 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.703→39.277 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12132 0 110 174 12416
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812448
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09116848
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9284680
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071920
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042172
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2022X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2022X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.04
13C2022X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.043
14D2022X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.044
15E2022X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.044
16F2022X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.047
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7028-2.75190.34731330.31012190X-RAY DIFFRACTION81
2.7519-2.80480.34351220.29512221X-RAY DIFFRACTION83
2.8048-2.86210.33981070.28712379X-RAY DIFFRACTION86
2.8621-2.92430.40371230.27462379X-RAY DIFFRACTION88
2.9243-2.99230.28581390.26742383X-RAY DIFFRACTION88
2.9923-3.06710.31821370.27382481X-RAY DIFFRACTION91
3.0671-3.150.35151310.28562536X-RAY DIFFRACTION92
3.15-3.24260.33881510.26562518X-RAY DIFFRACTION93
3.2426-3.34730.32941410.25742589X-RAY DIFFRACTION94
3.3473-3.46680.28561310.24722644X-RAY DIFFRACTION96
3.4668-3.60550.26131380.22942654X-RAY DIFFRACTION97
3.6055-3.76950.25361460.22272700X-RAY DIFFRACTION97
3.7695-3.96810.26961340.21882709X-RAY DIFFRACTION97
3.9681-4.21640.21261280.2052723X-RAY DIFFRACTION97
4.2164-4.54150.24561410.19132726X-RAY DIFFRACTION98
4.5415-4.99770.21551530.18642770X-RAY DIFFRACTION99
4.9977-5.7190.24731650.2082782X-RAY DIFFRACTION98
5.719-7.19810.21021370.21042847X-RAY DIFFRACTION98
7.1981-39.28160.18481670.2013068X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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