[日本語] English
万見
- PDB-4oqg: Crystal structure of TEM-1 beta-lactamase in complex with boron-b... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oqg
タイトルCrystal structure of TEM-1 beta-lactamase in complex with boron-based inhibitor EC25
要素Ampicillin resistance protein
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / Beta-lactamase / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2UL / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Dellus-Gur, E. / Elias, M. / Fraser, J.S. / Tawfik, D.S.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2015
タイトル: Negative Epistasis and Evolvability in TEM-1 beta-Lactamase--The Thin Line between an Enzyme's Conformational Freedom and Disorder.
著者: Dellus-Gur, E. / Elias, M. / Caselli, E. / Prati, F. / Salverda, M.L. / de Visser, J.A. / Fraser, J.S. / Tawfik, D.S.
履歴
登録2014年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月24日Group: Other
改定 1.22018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ampicillin resistance protein
B: Ampicillin resistance protein
C: Ampicillin resistance protein
D: Ampicillin resistance protein
E: Ampicillin resistance protein
F: Ampicillin resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,68112
ポリマ－173,9046
非ポリマー1,7766
水1,27971
1
A: Ampicillin resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3262
ポリマ－28,9841
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ampicillin resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3923
ポリマ－28,9841
非ポリマー4082
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Ampicillin resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3262
ポリマ－28,9841
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Ampicillin resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3262
ポリマ－28,9841
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Ampicillin resistance protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9841
ポリマ－28,9841
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Ampicillin resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3262
ポリマ－28,9841
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.690, 81.690, 497.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質
Ampicillin resistance protein / Beta lactamase / Beta-lactamase / Betalactamase TEM-116 / BlaTEM / Extended spectrum beta-lactamase ...Beta lactamase / Beta-lactamase / Betalactamase TEM-116 / BlaTEM / Extended spectrum beta-lactamase / Mutant extended-spectrum beta-lactamase / TEM extended spectrum beta-lactamase


分子量: 28984.076 Da / 分子数: 6 / 断片: TEM-1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bla, blaTEM-116 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q79DR3, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-2UL / 3-[(2R)-2-{[(2R)-2-amino-2-phenylacetyl]amino}-2-(dihydroxyboranyl)ethyl]benzoic acid


分子量: 342.154 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19BN2O5
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 6% PEG 8000, 100 mM MES buffer, 200mM Ca(OAc)2 and 50 M NaF, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.82658
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.82658 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→45.81 Å / Num. obs: 65358 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.06 % / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 14.64
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 4.66 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.539 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZG4

1zg4


解像度: 2.4→45.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 9.976 / SU ML: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.498 / ESU R Free: 0.291 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 3268 5 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.206 62086 96.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20 Å20 Å2
2--0.32 Å20 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→45.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12180 0 126 71 12377
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.01912532
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0212184
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7971.98616963
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5163.00227924
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.62351566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.26923.78537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.801152215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6415110
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0450.21950
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02114009
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022662
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.9934.9736300
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.994.9736299
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.847.4517845
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.847.4517846
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.7055.6276232
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.7055.6266229
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.2818.219111
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.61940.64614601
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.61940.64914602
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 239 -
Rwork0.306 4542 -
obs--98.23 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る