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- PDB-6agl: Molecular basis for feedback inhibition of tyrosine-regulated 3-d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6agl
タイトルMolecular basis for feedback inhibition of tyrosine-regulated 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase from Escherichia coli
要素Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, Tyr-sensitive
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase (DAHP synthase) / Escherichia coli / aromatic amino acid biosynthesis / feedback inhibition / allosteric regulation.
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DAHP synthase, class 1 / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, Tyr-sensitive
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Cui, D. / Qi, J. / Wen, T.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2019
タイトル: Molecular basis for feedback inhibition of tyrosine-regulated 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase from Escherichia coli.
著者: Cui, D. / Deng, A. / Bai, H. / Yang, Z. / Liang, Y. / Liu, Z. / Qiu, Q. / Wang, L. / Liu, S. / Zhang, Y. / Shi, Y. / Qi, J. / Wen, T.
履歴
登録2018年8月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, Tyr-sensitive
B: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, Tyr-sensitive


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6922
ポリマ－77,6922
非ポリマー00
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.240, 48.722, 89.897
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.91, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質 Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, Tyr-sensitive / 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase / DAHP synthase / Phospho-2-keto-3- ...3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase / DAHP synthase / Phospho-2-keto-3-deoxyheptonate aldolase


分子量: 38845.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: aroF, b2601, JW2582 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00888, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 24% PEG3350 and 0.2 M KF, number 23 of PEG/Ion

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 22959 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.049 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Num. unique obs: 1885 / CC1/2: 0.792 / Rpim(I) all: 0.358 / Rsym value: 0.638

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KFL

1kfl


解像度: 2.5→37.921 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2829 1155 5.04 %
Rwork0.242 --
obs0.244 22937 97.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→37.921 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4876 0 0 28 4904
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034962
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5896718
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.3491862
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041750
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004896
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4999-2.61370.36691190.31512295X-RAY DIFFRACTION83
2.6137-2.75140.41240.3032754X-RAY DIFFRACTION100
2.7514-2.92380.35911630.30372759X-RAY DIFFRACTION100
2.9238-3.14940.34951290.28492771X-RAY DIFFRACTION100
3.1494-3.46610.27671490.26912789X-RAY DIFFRACTION100
3.4661-3.96720.27861490.23522789X-RAY DIFFRACTION100
3.9672-4.99650.25811470.2032799X-RAY DIFFRACTION100
4.9965-37.92510.24521750.21872826X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0386-0.2681-0.3651.75320.95741.2079-0.0718-0.0162-0.13090.0712-0.0257-0.04590.09430.05560.0660.36770.0270.02890.38040.10560.333425.8506-19.969420.1519
21.6489-0.52110.31492.03280.47441.5266-0.1077-0.09910.11720.06070.05270.0409-0.18890.00030.10080.4667-0.0853-0.07410.45890.12240.597317.5988-14.1967-20.5723
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 350 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 10 through 350 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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