+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6a0a | ||||||
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Title | Structure of a triple-helix region of human collagen type III | ||||||
Components | collagen type III peptide | ||||||
Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / collagen | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.502 Å | ||||||
Authors | Yang, X. / Zhu, Y. / Ye, S. / Zhang, R. | ||||||
Citation | Journal: Biochem. Biophys. Res. Commun. / Year: 2019 Title: Characterization by high-resolution crystal structure analysis of a triple-helix region of human collagen type III with potent cell adhesion activity. Authors: Hua, C. / Zhu, Y. / Xu, W. / Ye, S. / Zhang, R. / Lu, L. / Jiang, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6a0a.cif.gz | 46.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6a0a.ent.gz | 36.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6a0a.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/6a0a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/6a0a | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6a0cC 2wuhS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein/peptide | Mass: 2772.976 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.77 Å3/Da / Density % sol: 30.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2M Na Chloride, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% w/v PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL18U1 / Wavelength: 0.979304897 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: May 27, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979304897 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→50 Å / Num. obs: 8324 / % possible obs: 87.9 % / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.26 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.53 Å / Rmerge(I) obs: 0.118 / Num. unique obs: 447 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2WUH Resolution: 1.502→18.334 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 21.47
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.502→18.334 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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