PDB-6a0a: Structure of a triple-helix region of human collagen type III

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6a0a

タイトル

Structure of a triple-helix region of human collagen type III

要素

collagen type III peptide

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) /

collagen (コラーゲン)

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.502 Å

データ登録者

Yang, X. / Zhu, Y. / Ye, S. / Zhang, R.

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2019
タイトル: Characterization by high-resolution crystal structure analysis of a triple-helix region of human collagen type III with potent cell adhesion activity.
著者: Hua, C. / Zhu, Y. / Xu, W. / Ye, S. / Zhang, R. / Lu, L. / Jiang, S.

履歴

登録	2018年6月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6a0a.cif.gz	46.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6a0a.ent.gz	36.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6a0a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/6a0a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/6a0a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6a0cC 2wuhS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1qsu-d 6jec-d 1k6f-2 1k6f-1 6w46-d 1bkv-d 4dmt-d 1ei8-2 1cgd-d 5yan-2 1wzb-d 1cag-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1)

登録構造単位

A: collagen type III peptide

B: collagen type III peptide

C: collagen type III peptide

8.32 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.335, 22.607, 41.259
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.21, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質・ペプチド	collagen type III peptide 分子量: 2772.976 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 30.46 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M Na Chloride, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979304897 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979304897 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 8324 / % possible obs: 87.9 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.26
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / R_merge(I) obs: 0.118 / Num. unique obs: 447

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2WUH

2wuh

解像度: 1.502→18.334 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.47

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1997	422	5.08 %
R_work	0.17	-	-
obs	0.1715	8311	87.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.502→18.334 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	581	0	0	144	725

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	620
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.539	856
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.315	383
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.109	81
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	116

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5024-1.7197	0.2374	144	0.1813	2864	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7197-2.166	0.1777	148	0.1743	2383	X-RAY DIFFRACTION	81
2.166-18.335	0.2004	130	0.1647	2642	X-RAY DIFFRACTION	86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5533	0.8046	-2.549	0.5968	-0.9736	2.6284	-0.237	0.5015	-0.0826	-0.7549	0.1402	-0.0546	0.1388	-0.2501	0.2485	0.2796	-0.0554	0.013	0.1275	-0.0074	0.0742	6.9956	-0.7107	27.3496
2	5.2116	-1.2793	-5.3565	0.4746	1.3392	5.4681	-0.0299	-0.6233	0.1556	0.179	0.077	-0.0861	-0.0486	0.9694	-0.1557	0.1191	-0.0089	-0.0026	0.1048	-0.0119	0.0667	0.7598	0.8806	54.5256
3	5.1189	0.6749	-5.0666	1.4703	0.4208	8.1957	0.1533	0.1737	-0.1502	0.1112	-0.2415	0.0477	-0.561	-0.3955	0.0313	0.0745	0.0098	0.0102	0.1201	0.006	0.1115	-13.1481	1.1982	79.3261
4	3.4927	-0.1843	-4.1455	1.8626	0.4895	9.4201	-0.0093	0.1789	-0.0728	-0.3989	-0.1139	-0.1508	-0.0809	0.1513	0.155	0.148	0.0197	0.0395	0.0696	0.0134	0.0934	6.8092	1.9737	34.1564
5	1.0028	0.2889	-2.2602	0.8059	-1.1898	5.5538	-0.1776	0.0723	-0.1574	-0.0078	-0.0358	0.0125	0.0461	-0.7324	0.0905	0.0852	0.0026	-0.0035	0.1413	0.0013	0.0925	-10.0272	-0.8924	73.9911
6	1.7642	0.0222	-0.9723	1.9474	-0.7904	4.9925	-0.0529	0.2123	-0.0053	-0.2887	-0.0633	-0.1184	-0.0653	0.2802	0.0969	0.0962	-0.0253	0.0127	0.0967	0.0165	0.0724	5.9052	2.1968	30.8065
7	4.001	-0.114	-3.8589	2.0535	0.8885	4.0149	-0.1703	-0.136	-0.2073	0.1459	0.1392	0.0225	0.1814	0.0396	0.0742	0.1314	0.0077	0.0268	0.081	0.0098	0.0714	-3.0347	-2.6576	54.3815
8	2.1879	-0.9905	-3.0603	1.2455	1.1708	8.522	-0.1611	-0.2191	-0.0289	0.001	0.0462	0.1016	0.049	0.2985	0.0237	0.0457	-0.0075	-0.0122	0.0925	0.0057	0.0827	-8.9529	0.5535	77.6843

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 7 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 9 through 18 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 19 through 28 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 13 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 14 through 30 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 1 through 13 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 14 through 18 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 19 through 30 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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