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- PDB-1ei8: STRUCTURAL CONSEQUENCES OF A DISCONTINUITY IN THE REPEATING TRIPE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ei8
タイトルSTRUCTURAL CONSEQUENCES OF A DISCONTINUITY IN THE REPEATING TRIPEPTIDE SEQUENCE OF A COLLAGEN-LIKE TRIPLE-HELICAL PEPTIDE
要素COLLAGEN-LIKE PEPTIDE (PRO-HYP-GLY)4-PG-(PRO-HYP-GLY)5
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / collagen-like peptide / TRIPLE HELIX
機能・相同性Farmer, isoform A
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Berman, H.M. / Liu, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Conformational effects of gly-x-gly interruptions in the collagen triple helix.
著者: Bella, J. / Liu, J. / Kramer, R. / Brodsky, B. / Berman, H.M.
履歴
登録2000年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COLLAGEN-LIKE PEPTIDE (PRO-HYP-GLY)4-PG-(PRO-HYP-GLY)5
B: COLLAGEN-LIKE PEPTIDE (PRO-HYP-GLY)4-PG-(PRO-HYP-GLY)5
C: COLLAGEN-LIKE PEPTIDE (PRO-HYP-GLY)4-PG-(PRO-HYP-GLY)5
D: COLLAGEN-LIKE PEPTIDE (PRO-HYP-GLY)4-PG-(PRO-HYP-GLY)5
E: COLLAGEN-LIKE PEPTIDE (PRO-HYP-GLY)4-PG-(PRO-HYP-GLY)5
F: COLLAGEN-LIKE PEPTIDE (PRO-HYP-GLY)4-PG-(PRO-HYP-GLY)5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4666
ポリマ－15,4666
非ポリマー00
水4,486249
1
A: COLLAGEN-LIKE PEPTIDE (PRO-HYP-GLY)4-PG-(PRO-HYP-GLY)5
B: COLLAGEN-LIKE PEPTIDE (PRO-HYP-GLY)4-PG-(PRO-HYP-GLY)5
C: COLLAGEN-LIKE PEPTIDE (PRO-HYP-GLY)4-PG-(PRO-HYP-GLY)5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7333
ポリマ－7,7333
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area4660 Å2
手法PISA
2
D: COLLAGEN-LIKE PEPTIDE (PRO-HYP-GLY)4-PG-(PRO-HYP-GLY)5
E: COLLAGEN-LIKE PEPTIDE (PRO-HYP-GLY)4-PG-(PRO-HYP-GLY)5
F: COLLAGEN-LIKE PEPTIDE (PRO-HYP-GLY)4-PG-(PRO-HYP-GLY)5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7333
ポリマ－7,7333
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5000 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area4810 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11820 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area7470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)14.150, 23.770, 82.210
Angle α, β, γ (deg.)85.86, 85.54, 84.34
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
COLLAGEN-LIKE PEPTIDE (PRO-HYP-GLY)4-PG-(PRO-HYP-GLY)5


分子量: 2577.713 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This peptide was chemically synthesized. / 参照: UniProt: Q8T018*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10% acetic acid, 15% PEG400, pH N/A, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15.4 mg/mlpeptide1drop
210 %(v/v)acetic acid1drop
315 %(w/v)PEG4001drop
430 %PEG4001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→27 Å / Num. all: 7146 / Num. obs: 5124 / % possible obs: 71.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Num. unique all: 198 / % possible all: 66
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 27 Å
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / % possible obs: 66 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化解像度: 2→500 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 533 -random
Rwork0.217 ---
all0.251 7148 --
obs0.251 5124 71.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→500 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1078 0 0 249 1327
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.669
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_deg26.01
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_impr_deg2.357
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 27 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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