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- PDB-5yan: Deconstructing the Salt-Bridge Network of a Computationally Desig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yan
タイトルDeconstructing the Salt-Bridge Network of a Computationally Designed Collagen Heterotrimer
要素(Collagen) x 3
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Collagen / Heterotrimer / Ion Pairs
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Fan, S.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: How electrostatic networks modulate specificity and stability of collagen.
著者: Zheng, H. / Lu, C. / Lan, J. / Fan, S. / Nanda, V. / Xu, F.
履歴
登録2017年9月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年4月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Collagen
B: Collagen
C: Collagen
D: Collagen
E: Collagen
F: Collagen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4876
ポリマ－18,4876
非ポリマー00
水3,873215
1
A: Collagen
B: Collagen
C: Collagen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2443
ポリマ－9,2443
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5690 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area6400 Å2
手法PISA
2
D: Collagen
E: Collagen
F: Collagen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2443
ポリマ－9,2443
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5270 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area5780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.597, 51.391, 128.522
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Collagen


分子量: 3079.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質・ペプチド Collagen


分子量: 3024.876 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質・ペプチド Collagen


分子量: 3139.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 60% v/v (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol, 40m M sodium cacodylat-etrihydrate at pH 7.0, 80 mM Potassium chloride and 12 mM Sperminetetrahydrochloride.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→47.72 Å / Num. obs: 18597 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 33.21 Å2 / Net I/σ(I): 20.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.77→47.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / Rfactor Rfree error: 0.003 / SU R Cruickshank DPI: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.165 / SU Rfree Blow DPI: 0.157 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.144
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 900 4.92 %RANDOM
Rwork0.238 ---
obs0.24 18280 98.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 43.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.3448 Å20 Å20 Å2
2---4.8822 Å20 Å2
3---10.227 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.77→47.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数988 0 240 215 1443
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011284HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.111762HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d359SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes30HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes180HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1284HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.55
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.28
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion121SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1816SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.77→1.88 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 125 4.79 %
Rwork0.234 2487 -
all0.235 2612 -
obs--88.76 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.0827 Å / Origin y: -0.3865 Å / Origin z: 14.5302 Å
111213212223313233
T0.376 Å20.0034 Å2-0.0349 Å2-0.2908 Å2-0.0182 Å2--0.1802 Å2
L0 °20.1918 °20.018 °2-0.1291 °20.8723 °2--3.3689 °2
S0.0209 Å °-0.0126 Å °-0.0532 Å °-0.0803 Å °0.0149 Å °-0.0028 Å °-0.0757 Å °0.4037 Å °-0.0358 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { *|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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