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- PDB-5wun: Crystal structure of mouse importin-alpha1 bound to non-phosphory... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wun
タイトルCrystal structure of mouse importin-alpha1 bound to non-phosphorylated NLS of EBNA1
要素
  • Epstein-Barr nuclear antigen 1
  • Importin subunit alpha-1
キーワードPROTEIN TRANSPORT/PEPTIDE / importin / nuclear localization signal / nuclear import / PROTEIN TRANSPORT-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell PML body / viral latency / Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / enzyme-substrate adaptor activity / symbiont-mediated disruption of host cell PML body ...host cell PML body / viral latency / Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / enzyme-substrate adaptor activity / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / regulation of DNA replication / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / host cell / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / endonuclease activity / DNA-binding transcription factor binding / postsynaptic density / DNA-binding transcription factor activity / glutamatergic synapse / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain superfamily / E2/EBNA1, C-terminal / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain ...Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain superfamily / E2/EBNA1, C-terminal / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Epstein-Barr nuclear antigen 1 / Importin subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Epstein-Barr virus (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Nakada, R. / Hirano, H. / Matsuura, Y.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Structural basis for the regulation of nuclear import of Epstein-Barr virus nuclear antigen 1 (EBNA1) by phosphorylation of the nuclear localization signal.
著者: Nakada, R. / Hirano, H. / Matsuura, Y.
履歴
登録2016年12月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Importin subunit alpha-1
B: Epstein-Barr nuclear antigen 1
C: Epstein-Barr nuclear antigen 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9793
ポリマ－51,9793
非ポリマー00
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2080 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area18430 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)78.510, 90.180, 98.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha-1 / Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit ...Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit / PTAC58 / RAG cohort protein 1 / SRP1-alpha


分子量: 49886.633 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 70-529 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kpna2, Rch1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52293
#2: タンパク質・ペプチド Epstein-Barr nuclear antigen 1 / EBV nuclear antigen 1


分子量: 1046.159 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 378-386 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Epstein-Barr virus (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: P03211
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: MES, sodium citrate, DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→28.8 Å / Num. obs: 36317 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 14.1 / Num. measured all: 218370 / Scaling rejects: 150
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.2-2.275.20.990.599199.4
9.07-28.85.20.0210.995197.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ収集
Aimless0.5.28データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UKW

3ukw


解像度: 2.2→28.8 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2038 1857 5.12 %
Rwork0.1767 --
obs0.178 36258 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 126.29 Å2 / Biso mean: 48.5728 Å2 / Biso min: 20.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→28.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3340 0 0 174 3514
Biso mean---50.14 -
残基数----437
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043398
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6834623
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04555
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004592
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.5032073
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.25950.31581520.27552557270999
2.2595-2.32590.2861270.245826102737100
2.3259-2.4010.29391470.237526092756100
2.401-2.48670.28821460.211426112757100
2.4867-2.58620.26211400.211526372777100
2.5862-2.70390.23731350.202226082743100
2.7039-2.84630.20131550.181826262781100
2.8463-3.02450.21461160.185526632779100
3.0245-3.25770.23351500.176226172767100
3.2577-3.5850.19631350.168726672802100
3.585-4.10240.18391540.147626832837100
4.1024-5.16380.16811530.149226912844100
5.1638-28.80380.16031470.16828222969100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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