[English] 日本語
Yorodumi- PDB-5wlh: Crystal structure of LbaCas13a H328A (C2c2) bound to pre-crRNA (2... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5wlh | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of LbaCas13a H328A (C2c2) bound to pre-crRNA (24-nt spacer) | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | RNA BINDING PROTEIN/RNA / Nuclease RNA binding protein / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||
Function / homology | IODIDE ION / RNA / RNA (> 10) / LbaCas13a H328A (C2c2) Function and homology information | ||||||
Biological species | Lachnospiraceae bacterium NK4A179 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.80001033182 Å | ||||||
Authors | Knott, G.J. / Doudna, J.A. | ||||||
Citation | Journal: Nat. Struct. Mol. Biol. / Year: 2017 Title: Guide-bound structures of an RNA-targeting A-cleaving CRISPR-Cas13a enzyme. Authors: Knott, G.J. / East-Seletsky, A. / Cofsky, J.C. / Holton, J.M. / Charles, E. / O'Connell, M.R. / Doudna, J.A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5wlh.cif.gz | 398.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5wlh.ent.gz | 251 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5wlh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5wlh_validation.pdf.gz | 466.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5wlh_full_validation.pdf.gz | 481 KB | Display | |
Data in XML | 5wlh_validation.xml.gz | 53.3 KB | Display | |
Data in CIF | 5wlh_validation.cif.gz | 79.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/5wlh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/5wlh | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5w1hC 5w1iC 5wihS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 169125.641 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: H328A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lachnospiraceae bacterium NK4A179 (bacteria) Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A2D0TCH1*PLUS | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: RNA chain | Mass: 17563.594 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) Lachnospiraceae bacterium NK4A179 (bacteria) | ||||
#3: Chemical | ChemComp-IOD / #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 42.95 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: 0.2 M ammonium iodide, 20 % PEG 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 1.1158 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 18, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1158 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.71→47.116494566 Å / Num. obs: 162397 / % possible obs: 93.3 % / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 30.1855803653 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 1.18 / Net I/σ(I): 15.2 / Num. measured all: 807018 / Scaling rejects: 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5WIH Resolution: 1.80001033182→47.116494566 Å / SU ML: 0.215930613219 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35143778714 / Phase error: 23.5449843848 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 37.3534789683 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.80001033182→47.116494566 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
|