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- PDB-5wlh: Crystal structure of LbaCas13a H328A (C2c2) bound to pre-crRNA (2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wlh
タイトルCrystal structure of LbaCas13a H328A (C2c2) bound to pre-crRNA (24-nt spacer)
要素
  • LbaCas13a H328A (C2c2)
  • pre-crRNA
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Nuclease RNA binding protein / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性IODIDE ION / リボ核酸 / RNA (> 10) / LbaCas13a H328A (C2c2)
機能・相同性情報
生物種Lachnospiraceae bacterium NK4A179 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.80001033182 Å
データ登録者Knott, G.J. / Doudna, J.A.
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Guide-bound structures of an RNA-targeting A-cleaving CRISPR-Cas13a enzyme.
著者: Knott, G.J. / East-Seletsky, A. / Cofsky, J.C. / Holton, J.M. / Charles, E. / O'Connell, M.R. / Doudna, J.A.
履歴
登録2017年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LbaCas13a H328A (C2c2)
B: pre-crRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,31923
ポリマ－186,6892
非ポリマー2,63021
水13,781765
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, homology, PDB code: 5W1H, 5W1I, 5WTK
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15060 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area54610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.842, 92.213, 115.858
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.425, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 LbaCas13a H328A (C2c2)


分子量: 169125.641 Da / 分子数: 1 / 変異: H328A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lachnospiraceae bacterium NK4A179 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D0TCH1*PLUS
#2: RNA鎖 pre-crRNA


分子量: 17563.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Lachnospiraceae bacterium NK4A179 (バクテリア)
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物


分子量: 126.904 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 765 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M ammonium iodide, 20 % PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→47.116494566 Å / Num. obs: 162397 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 30.1855803653 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 1.18 / Net I/σ(I): 15.2 / Num. measured all: 807018 / Scaling rejects: 4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.71-1.744.41.1742146748590.5020.6031.3251.256.8
9.36-116.5950.028553811140.9990.0140.0315599.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WIH

5wih


解像度: 1.80001033182→47.116494566 Å / SU ML: 0.215930613219 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35143778714 / 位相誤差: 23.5449843848
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217315192527 6909 4.8377271295 %
Rwork0.18418885485 135906 -
obs0.185842735198 142815 97.3550564096 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.3534789683 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.80001033182→47.116494566 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10654 912 26 765 12357
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063755458823211921
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82733280600416237
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04969054783391761
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004525798675131930
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.96974588399808
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.82050.3103461219412090.2610637754454379X-RAY DIFFRACTION94.3256578947
1.8205-1.84190.2812837696012350.2516314629254487X-RAY DIFFRACTION95.6063980563
1.8419-1.86430.2933915282132340.2454506287374360X-RAY DIFFRACTION95.9081419624
1.8643-1.88790.3041594436311970.2367997161764500X-RAY DIFFRACTION96.1711711712
1.8879-1.91280.2880832910382270.2238555943754467X-RAY DIFFRACTION96.1885245902
1.9128-1.9390.2555355555732170.2249624665694458X-RAY DIFFRACTION96.2726523888
1.939-1.96670.2649698268092460.2133128874794477X-RAY DIFFRACTION96.5059256232
1.9667-1.9960.2802217732442050.2123829899154475X-RAY DIFFRACTION96.4550700742
1.996-2.02720.2495295851531950.2081754258824487X-RAY DIFFRACTION96.4962901896
2.0272-2.06050.229295637962220.2047775099824548X-RAY DIFFRACTION96.9315179841
2.0605-2.0960.2326321438082260.1970793793734490X-RAY DIFFRACTION96.8775677896
2.096-2.13410.2340297548882250.198218165484458X-RAY DIFFRACTION96.9966859983
2.1341-2.17520.2496683412762290.1933403808734515X-RAY DIFFRACTION97.2330395573
2.1752-2.21960.229407680262320.199223011734535X-RAY DIFFRACTION97.1667346107
2.2196-2.26780.2389642635642420.1996296988014529X-RAY DIFFRACTION97.4468954248
2.2678-2.32060.2809103774712230.1962749028414510X-RAY DIFFRACTION97.3667969554
2.3206-2.37860.2420580718912120.1952268546634530X-RAY DIFFRACTION97.6322833025
2.3786-2.44290.2227316071672220.1858414674944544X-RAY DIFFRACTION97.7039770398
2.4429-2.51480.2584617849492480.1963382126734550X-RAY DIFFRACTION97.8784169727
2.5148-2.5960.2422780148722440.1972341895924579X-RAY DIFFRACTION97.9488220959
2.596-2.68870.232474527412440.1974535448024525X-RAY DIFFRACTION98.046875
2.6887-2.79640.247386439582200.19314212264545X-RAY DIFFRACTION97.9445015416
2.7964-2.92360.2301192815242180.1969610430794579X-RAY DIFFRACTION98.3394833948
2.9236-3.07770.2375299981442090.1887723292274625X-RAY DIFFRACTION98.2919886133
3.0777-3.27050.2104513156482390.1920785569474596X-RAY DIFFRACTION98.5126324368
3.2705-3.5230.2302182702852770.1792103017014582X-RAY DIFFRACTION98.6999796872
3.523-3.87740.1715653911132790.1603865486434561X-RAY DIFFRACTION98.8764044944
3.8774-4.43810.1910397764142490.1547696365484616X-RAY DIFFRACTION98.701562183
4.4381-5.590.1763877430252240.1531937490654661X-RAY DIFFRACTION99.0470397405
5.59-47.13260.1888326466992600.1802393338944738X-RAY DIFFRACTION98.9311163895

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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