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- PDB-5w1i: Crystal structure of LbaCas13a (C2c2) bound to mature crRNA (20-n... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w1i
タイトルCrystal structure of LbaCas13a (C2c2) bound to mature crRNA (20-nt spacer)
要素
  • LbaCas13a (C2c2)
  • mature crRNA
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Nuclease RNA binding protein / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性: / endonuclease activity / defense response to virus / hydrolase activity / RNA binding / IODIDE ION / RNA / RNA (> 10) / CRISPR-associated endoribonuclease Cas13a
機能・相同性情報
生物種Lachnospiraceae bacterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Knott, G.J. / Doudna, J.A.
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Guide-bound structures of an RNA-targeting A-cleaving CRISPR-Cas13a enzyme.
著者: Knott, G.J. / East-Seletsky, A. / Cofsky, J.C. / Holton, J.M. / Charles, E. / O'Connell, M.R. / Doudna, J.A.
履歴
登録2017年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: mature crRNA
A: LbaCas13a (C2c2)
D: mature crRNA
C: LbaCas13a (C2c2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)374,19420
ポリマ－372,1644
非ポリマー2,03016
水20,5911143
1
B: mature crRNA
A: LbaCas13a (C2c2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,8438
ポリマ－186,0822
非ポリマー7616
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11790 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area56980 Å2
手法PISA
2
D: mature crRNA
C: LbaCas13a (C2c2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,35112
ポリマ－186,0822
非ポリマー1,26910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11170 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area57590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.780, 89.212, 116.306
Angle α, β, γ (deg.)86.14, 86.97, 66.16
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111(CHAIN 'B' AND (RESID -27 THROUGH 6 OR (RESID 9...
211(CHAIN 'D' AND (RESID -27 THROUGH 7 OR (RESID 10...
112(CHAIN 'A' AND (RESID 14 THROUGH 1076 OR RESID 1079 THROUGH 1378))
212(CHAIN 'C' AND (RESID 14 THROUGH 71 OR RESID 79...

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: RNA鎖 mature crRNA


分子量: 16889.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Lachnospiraceae bacterium (バクテリア)
#2: タンパク質 LbaCas13a (C2c2)


分子量: 169192.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lachnospiraceae bacterium (バクテリア)
遺伝子: NK4A179 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / Variant (発現宿主): 2DE3 / 参照: UniProt: A0A2D0TCG9*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION


分子量: 126.904 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M ammonium iodide, 20 - 25 % PEG 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.57 Å / Num. obs: 161267 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 1.06 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.466 / % possible all: 96.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
Aimless0.5.31データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5W1H

5w1h


解像度: 2.2→48.42 Å / SU ML: 0.295 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.959 / 位相誤差: 25.872
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 2014 1.249 %
Rwork0.197 --
obs0.197 161242 97.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 44.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21444 1642 16 1143 24245
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00223687
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.41532210
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.06114170
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0363489
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0023855
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプ
11BX-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12DX-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
21AX-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22CX-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.2550.35971530.289711280X-RAY DIFFRACTION97
2.255-2.3160.27371480.27111279X-RAY DIFFRACTION97
2.316-2.38410.31071320.256611274X-RAY DIFFRACTION97
2.3841-2.46110.30111460.247411327X-RAY DIFFRACTION97
2.4611-2.5490.31961480.244511362X-RAY DIFFRACTION97
2.549-2.65110.29631320.23611284X-RAY DIFFRACTION97
2.6511-2.77170.30981570.231911451X-RAY DIFFRACTION98
2.7717-2.91790.25131410.218311351X-RAY DIFFRACTION98
2.9179-3.10060.24211430.207811443X-RAY DIFFRACTION98
3.1006-3.340.22331420.211452X-RAY DIFFRACTION98
3.34-3.6760.21961400.183211423X-RAY DIFFRACTION98
3.676-4.20770.19821460.165211456X-RAY DIFFRACTION98
4.2077-5.30020.17631340.154311434X-RAY DIFFRACTION98
5.3002-48.43010.19911520.171611412X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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