+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5w1i | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of LbaCas13a (C2c2) bound to mature crRNA (20-nt spacer) | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA / Nuclease RNA binding protein / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | IODIDE ION / リボ核酸 / RNA (> 10) / LbaCas13a (C2c2) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Lachnospiraceae bacterium (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Knott, G.J. / Doudna, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2017 タイトル: Guide-bound structures of an RNA-targeting A-cleaving CRISPR-Cas13a enzyme. 著者: Knott, G.J. / East-Seletsky, A. / Cofsky, J.C. / Holton, J.M. / Charles, E. / O'Connell, M.R. / Doudna, J.A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5w1i.cif.gz | 615.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5w1i.ent.gz | 489 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5w1i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/5w1i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/5w1i | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
|
-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 16889.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Lachnospiraceae bacterium (バクテリア) #2: タンパク質 | 分子量: 169192.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lachnospiraceae bacterium (バクテリア) 遺伝子: NK4A179 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / Variant (発現宿主): 2DE3 / 参照: UniProt: A0A2D0TCG9*PLUS #3: 化合物 | ChemComp-IOD / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.53 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M ammonium iodide, 20 - 25 % PEG 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1158 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→48.57 Å / Num. obs: 161267 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 1.06 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.466 / % possible all: 96.6 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
---|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5W1H 解像度: 2.2→48.42 Å / SU ML: 0.295 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.959 / 位相誤差: 25.872
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.42 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|