[English] 日本語
Yorodumi- PDB-5w1h: Crystal structure of LbaCas13a (C2c2) bound to mature crRNA (24-n... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5w1h | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of LbaCas13a (C2c2) bound to mature crRNA (24-nt spacer) | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | RNA BINDING PROTEIN/RNA / Nuclease RNA binding protein / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||
Function / homology | IODIDE ION / RNA / RNA (> 10) / LbaCas13a (C2c2) Function and homology information | ||||||
Biological species | Lachnospiraceae bacterium (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.99 Å | ||||||
Authors | Knott, G.J. / Doudna, J.A. | ||||||
Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Nat. Struct. Mol. Biol. / Year: 2017 Title: Guide-bound structures of an RNA-targeting A-cleaving CRISPR-Cas13a enzyme. Authors: Knott, G.J. / East-Seletsky, A. / Cofsky, J.C. / Holton, J.M. / Charles, E. / O'Connell, M.R. / Doudna, J.A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5w1h.cif.gz | 326.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5w1h.ent.gz | 251.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5w1h.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/5w1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/5w1h | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 169192.703 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lachnospiraceae bacterium (bacteria) / Gene: NK4A179 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta / Variant (production host): 2DE3 / References: UniProt: A0A2D0TCG9*PLUS | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: RNA chain | Mass: 16889.180 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Lachnospiraceae bacterium (bacteria) | ||||
#3: Chemical | ChemComp-IOD / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 43.14 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: 0.2 M ammonium iodide, 20 - 25 % PEG 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: Cryostream |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 1.1158 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 14, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1158 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.99→47.12 Å / Num. obs: 107265 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 32.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 15.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.99→2.02 Å / Redundancy: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.841 / % possible all: 89.7 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.99→47.12 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.87
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 36.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.99→47.12 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
|