PDB-5wk2: CRYSTAL STRUCTURE OF ANTI-CCL17 ANTIBODY M116

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wk2

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF ANTI-CCL17 ANTIBODY M116

要素

M116 HEAVY CHAIN
M116 LIGHT CHAIN

キーワード

IMMUNE SYSTEM

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Gilliland, G.L.

引用

ジャーナル: Biochem Biophys Rep / 年: 2018
タイトル: Structural insights into chemokine CCL17 recognition by antibody M116.
著者: Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Gilliland, G.L.

履歴

登録	2017年7月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wk2.cif.gz	108.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wk2.ent.gz	81 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wk2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/5wk2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/5wk2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5wk3C 5i1lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1mf2-3 3u0t-2 4ztp-d 2aj3-1 3eyf-2 4ydv-1 6wkl-d 6e4z-d 4hzl-1 5dd6-2 4lri-2 1d5i-d 6vjt-d 1bm3-d 6gxx-d 5b4m-2 6qnk-1 2hkh-d 6al4-2 5jop-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: M116 LIGHT CHAIN

H: M116 HEAVY CHAIN

ヘテロ分子

49.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.740, 64.920, 73.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.29, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	M116 LIGHT CHAIN 分子量: 24067.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	M116 HEAVY CHAIN 分子量: 24705.621 Da / 分子数: 1 / Fragment: FD / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES PH 7.5, 18% PEG 3350 / PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月22日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 73827 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 26.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 18.6
反射シェル	解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.285 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 3956 / % possible all: 68.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
REFMAC	5.5.0109	精密化
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5i1l

5i1l

解像度: 1.5→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 1.343 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.071

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20785	1083	1.5 %	RANDOM
R_work	0.18002	-	-	-
obs	0.18043	72665	93.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.72 Å²	0 Å²	0.35 Å²
2-	-	-0.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3319	0	48	362	3729

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	3497
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.316	1.967	4769
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.224	5	444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.127	25.038	131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.079	15	557
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.607	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	530
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0	0.021	2596
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.478	2	2205
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.246	4	3586
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	24.246	88	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	25.874	88	1181
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.253	57	-
R_work	0.245	3855	-
obs	-	-	68.8 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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