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- PDB-5wk3: CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN CCL17 AND M116 FAB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wk3
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN CCL17 AND M116 FAB
要素
  • C-C motif chemokine 17
  • M116 HEAVY CHAIN
  • M116 LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / chemotaxis / cell-cell signaling / immune response / inflammatory response / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Immunoglobulins ...CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Immunoglobulins / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C motif chemokine 17
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Gilliland, G.L.
引用ジャーナル: Biochem Biophys Rep / 年: 2018
タイトル: Structural insights into chemokine CCL17 recognition by antibody M116.
著者: Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Gilliland, G.L.
履歴
登録2017年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: M116 LIGHT CHAIN
Q: M116 HEAVY CHAIN
R: M116 LIGHT CHAIN
S: M116 HEAVY CHAIN
T: M116 LIGHT CHAIN
U: M116 HEAVY CHAIN
V: M116 LIGHT CHAIN
W: M116 HEAVY CHAIN
A: C-C motif chemokine 17
B: C-C motif chemokine 17
C: C-C motif chemokine 17
D: C-C motif chemokine 17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,02316
ポリマ－227,65512
非ポリマー3684
水18,3751020
1
P: M116 LIGHT CHAIN
Q: M116 HEAVY CHAIN
A: C-C motif chemokine 17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0064
ポリマ－56,9143
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
R: M116 LIGHT CHAIN
S: M116 HEAVY CHAIN
B: C-C motif chemokine 17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0064
ポリマ－56,9143
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
T: M116 LIGHT CHAIN
U: M116 HEAVY CHAIN
C: C-C motif chemokine 17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0064
ポリマ－56,9143
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
V: M116 LIGHT CHAIN
W: M116 HEAVY CHAIN
D: C-C motif chemokine 17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0064
ポリマ－56,9143
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.510, 81.930, 130.500
Angle α, β, γ (deg.)93.96, 99.21, 104.19
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: 抗体
M116 LIGHT CHAIN


分子量: 24067.729 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
M116 HEAVY CHAIN


分子量: 24705.621 Da / 分子数: 4 / Fragment: FD / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質
C-C motif chemokine 17 / CC chemokine TARC / Small-inducible cytokine A17 / Thymus and activation-regulated chemokine


分子量: 8140.344 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP residues 24-94 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: G7T mutant of human CCL17 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL17, SCYA17, TARC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92583
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1020 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 15% PEG 3350, 0.2 M POTASSIUM SODIUM TARTRATE / PH範囲: 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月23日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 153743 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 30.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 10386 / % possible all: 87.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1nr4

1nr4


解像度: 1.9→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 3.431 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.146
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23147 1536 1 %RANDOM
Rwork0.18044 ---
obs0.18094 152202 95.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 34.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.36 Å20.24 Å21.29 Å2
2---0.84 Å20.22 Å2
3---1.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15220 0 24 1020 16264
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0215621
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2551.95421268
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.13851990
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.92824.705593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.753152516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4031551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.22396
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined00.02111675
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 102 -
Rwork0.241 10130 -
obs--87.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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