[日本語] English
- PDB-3vrl: Crystal structure of BMJ4 p24 capsid protein in complex with A10F9 Fab -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vrl
タイトルCrystal structure of BMJ4 p24 capsid protein in complex with A10F9 Fab
要素
  • A10F9 Fab heavy chain
  • A10F9 Fab light chain
  • Gag protein
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / HIV-1 capside p24 / capsid protein / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / viral budding via host ESCRT complex / viral nucleocapsid / adaptive immune response / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity ...immunoglobulin complex / viral budding via host ESCRT complex / viral nucleocapsid / adaptive immune response / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Retrovirus capsid C-terminal domain / : / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / : / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) ...Retrovirus capsid C-terminal domain / : / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / : / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Immunoglobulin V-Type / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Immunoglobulin V-set domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Immunoglobulin V-set domain / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mc5 VHCH1 / Igk protein / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Gu, Y. / Cao, F. / Li, S. / Yuan, Y.A. / Xia, N.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the HIV-1 capsid protein p24 in complex with the broad-spectrum antibody A10F9
著者: Gu, Y. / Cao, F. / Li, S. / Yuan, Y.A. / Xia, N.
履歴
登録2012年4月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: A10F9 Fab heavy chain
L: A10F9 Fab light chain
C: Gag protein
E: A10F9 Fab heavy chain
F: A10F9 Fab light chain
D: Gag protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,5216
ポリマ-146,5216
非ポリマー00
00
1
H: A10F9 Fab heavy chain
L: A10F9 Fab light chain
C: Gag protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2603
ポリマ-73,2603
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5570 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area23610 Å2
手法PISA
2
E: A10F9 Fab heavy chain
F: A10F9 Fab light chain
D: Gag protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2603
ポリマ-73,2603
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area23540 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12570 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area45610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.109, 124.058, 150.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: 抗体 A10F9 Fab heavy chain


分子量: 24009.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: A0N7J2*PLUS
#2: 抗体 A10F9 Fab light chain


分子量: 23626.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: I6L978*PLUS
#3: タンパク質 Gag protein / p24 capsid protein


分子量: 25624.422 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 130-360 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9DGV7
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 3350, NaBr, NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 25000 / Num. obs: 24996 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.127
反射 シェル解像度: 3.2→3.26 Å / Rmerge(I) obs: 0.448 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MLPHARE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E6J (for FAB chains)
解像度: 3.2→37.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 51.06 / SU ML: 0.388 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.532 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29189 1335 5.1 %RANDOM
Rwork0.21092 ---
all0.22 25000 --
obs0.21484 24996 99.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 69.991 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.05 Å20 Å20 Å2
2---1.12 Å20 Å2
3----5.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→37.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7806 0 0 0 7806
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0227988
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7011.94910860
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.67751012
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.28224.472322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.717151310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.7251534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.21218
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026002
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2640.23774
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.25354
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2307
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2150.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1310.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5461.55154
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.98428206
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.24333258
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1224.52654
LS精密化 シェル解像度: 3.197→3.28 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 101 -
Rwork0.276 1695 -
obs--94.48 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.7373 Å / Origin y: -8.6688 Å / Origin z: -7.6906 Å
111213212223313233
T-0.2179 Å20.0164 Å20.016 Å2--0.2037 Å20.0038 Å2---0.1324 Å2
L0.2189 °20.0322 °2-0.0598 °2-0.1475 °20.125 °2--2.1656 °2
S-0.0393 Å °-0.0404 Å °-0.0169 Å °0.0519 Å °0.0145 Å °0.0224 Å °0.1835 Å °0.1986 Å °0.0248 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H1 - 219
2X-RAY DIFFRACTION1L1 - 214
3X-RAY DIFFRACTION1C149 - 221
4X-RAY DIFFRACTION1E1 - 219
5X-RAY DIFFRACTION1F1 - 214
6X-RAY DIFFRACTION1D149 - 221

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る