[日本語] English
万見
- PDB-5w24: Crystal Structure of 5C4 Fab -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w24
タイトルCrystal Structure of 5C4 Fab
要素
  • 5C4 Fab Heavy Chain
  • 5C4 Fab Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / Antibody / Neutralizing antibody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
Model detailsThe fusion inhibitor JNJ-2408068 has an occupancy of 0.33 in the asymmetric unit
データ登録者Battles, M.B. / McLellan, J.S. / Taher, N.M.
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structural basis of respiratory syncytial virus subtype-dependent neutralization by an antibody targeting the fusion glycoprotein.
著者: Tian, D. / Battles, M.B. / Moin, S.M. / Chen, M. / Modjarrad, K. / Kumar, A. / Kanekiyo, M. / Graepel, K.W. / Taher, N.M. / Hotard, A.L. / Moore, M.L. / Zhao, M. / Zheng, Z.Z. / Xia, N.S. / ...著者: Tian, D. / Battles, M.B. / Moin, S.M. / Chen, M. / Modjarrad, K. / Kumar, A. / Kanekiyo, M. / Graepel, K.W. / Taher, N.M. / Hotard, A.L. / Moore, M.L. / Zhao, M. / Zheng, Z.Z. / Xia, N.S. / McLellan, J.S. / Graham, B.S.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of 5C4 Fab
著者: Battles, M.B. / McLellan, J.S. / Taher, N.M.
履歴
登録2017年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: 5C4 Fab Light Chain
H: 5C4 Fab Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4993
ポリマ－53,4092
非ポリマー901
水10,953608
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3710 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.960, 63.010, 56.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.600, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-483-

HOH

21L-548-

HOH

31H-418-

HOH

41H-739-

HOH

-
要素

#1: 抗体 5C4 Fab Light Chain


分子量: 26730.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c / プラスミド: PVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 5C4 Fab Heavy Chain


分子量: 26678.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c / プラスミド: PVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 608 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 10.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6 and 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→32.883 Å / Num. obs: 60748 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 14.02 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 226910 / Scaling rejects: 657
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.5-1.533.50.234785322400.9380.1430.2753.869.7
8.22-37.493.10.0359873200.9950.0230.04325.677.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
Aimless0.3.6データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
Aimlessデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3T3P, 4GAG

3t3p

4gag


解像度: 1.5→32.883 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.84
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2026 3064 5.04 %
Rwork0.1697 --
obs0.1714 60747 93.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 71.1 Å2 / Biso mean: 22.8928 Å2 / Biso min: 6.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→32.883 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3283 0 6 608 3897
Biso mean--25.27 32.18 -
残基数----431
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063407
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8464659
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053538
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005595
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1462046
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.52340.2519910.21271933202469
1.5234-1.54840.23671070.212255236280
1.5484-1.57510.22911470.20152592273993
1.5751-1.60380.24461290.19942621275094
1.6038-1.63460.25711360.19952657279394
1.6346-1.6680.25641280.19732641276994
1.668-1.70420.21571470.19192651279895
1.7042-1.74390.20381170.19272661277895
1.7439-1.78750.2351350.18882657279295
1.7875-1.83580.22851510.18472638278995
1.8358-1.88980.23661630.18582667283095
1.8898-1.95080.17931550.18052650280595
1.9508-2.02050.1821400.17232708284896
2.0205-2.10140.22591490.17242660280996
2.1014-2.1970.1931440.16922689283396
2.197-2.31280.23911620.16532667282996
2.3128-2.45770.22271320.17362743287596
2.4577-2.64740.19141470.17312709285697
2.6474-2.91370.19791690.16972701287097
2.9137-3.33490.19821440.15692735287997
3.3349-4.20030.17291400.14632762290297
4.2003-32.89070.17021310.15322686281792
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.227-0.15941.37732.5832-0.92522.5377-0.1376-0.08250.2584-0.0763-0.02670.1038-0.0597-0.07660.16690.0848-0.0073-0.01280.0591-0.01260.0697-4.0891-85.7201135.3894
22.8231.2812-0.5092.7014-0.17741.4220.1659-0.1224-0.04810.1416-0.261-0.3192-0.2460.58660.06430.08060.0204-0.0210.12560.0330.144927.2667-88.9721132.1323
32.44580.97450.01033.879-1.24443.56380.00690.04440.0395-0.0594-0.0481-0.0122-0.02060.0110.03860.07040.0019-0.0080.06170.00130.071221.3646-85.7077127.2517
44.20891.7506-0.48293.6084-0.89282.59050.0205-0.05930.36360.2315-0.1402-0.1152-0.38770.40450.11820.1606-0.0601-0.03150.12790.0270.171228.5167-78.1099129.908
53.19480.7457-1.81391.116-1.54065.1088-0.16320.7827-0.0285-0.18120.11560.0090.1874-0.07740.0380.1549-0.0212-0.01950.2936-0.02770.1226-7.5133-93.29114.5069
63.5205-0.9194-0.08820.79860.13211.8396-0.02470.47760.4844-0.0917-0.01720.0315-0.09830.10620.03790.1092-0.001-0.02640.12980.04990.1113-11.7704-84.7555123.3743
72.355-0.8994-0.95290.7995-0.6573.15730.0120.72760.32-0.1123-0.02690.0263-0.0583-0.0040.01070.1246-0.02-0.03680.28590.06350.121-8.9816-87.2343116.7836
86.282-0.3869-2.77333.9582-1.15549.3601-0.13310.2116-0.05550.07080.03590.04670.2034-0.17480.09970.0599-0.0124-0.0170.0517-0.01570.0702-13.5633-94.4923130.3399
90.72480.3108-0.67080.0915-0.23370.5797-0.2981.0779-0.0878-0.30290.22120.02160.1301-0.15490.08520.216-0.0598-0.00890.56250.0150.12668.7265-89.1798108.775
107.0764-0.43642.52152.7696-0.69015.6626-0.2127-0.0266-0.3368-0.07010.105-0.16330.28650.1710.09910.14090.02660.04530.11620.01810.116127.8884-90.3634119.7435
112.0162-5.4593-2.69055.29650.4060.9058-0.190.9127-1.3739-0.6139-0.10180.00360.80750.40210.22990.45730.03630.2170.4165-0.12390.523932.3229-101.6731114.7386
129.1363-4.38473.67094.6754-4.97855.72010.05180.5385-0.2745-0.3468-0.00350.10850.3065-0.0996-0.09020.1529-0.05220.0080.1909-0.0530.089116.6464-91.3242117.1913
135.6257-3.65440.06994.5174-1.36710.7609-0.2945-0.3962-0.6059-0.288-0.1117-0.47660.90530.76130.26430.27190.27350.14940.4480.15910.369835.2925-97.9668125.1023
145.69460.0511.84844.00330.06416.0405-0.16871.4481-0.8475-0.4802-0.0954-0.07790.44590.79130.19880.30190.01570.12620.3945-0.08890.311232.3289-94.9708111.0062
153.969-3.51730.87355.0026-0.84941.1602-0.0825-0.10570.0930.04030.0182-0.0611-0.04550.02880.08710.0829-0.0132-0.01020.0665-0.00910.0577-0.0388-83.2184143.1585
168.1417-3.7054-2.04028.01622.21546.37030.06550.3831-0.6197-0.207-0.31790.28850.39430.08270.13970.1029-0.005-0.04680.08030.00320.0832-2.5361-91.883134.8311
171.9311-0.346-0.63851.39860.21572.7032-0.030.1351-0.08330.1236-0.18360.20080.2477-0.48480.12450.0653-0.031-0.0070.129-0.0230.1171-12.3713-89.3791142.1526
182.3881-0.3818-0.06272.6890.13152.7155-0.0572-0.1534-0.36090.10660.0790.1250.4288-0.03210.14180.1249-0.03380.00260.09010.03390.1089-7.5897-94.823144.9488
192.0522-0.5918-0.16922.3933-0.53061.5815-0.1538-0.1601-0.20470.25210.02460.11410.19730.08750.11210.1083-0.0068-0.00580.07080.030.0791-0.5387-91.005146.0192
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 88 through 111 )H88 - 111
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 112 through 134 )H112 - 134
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 135 through 184 )H135 - 184
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 185 through 214 )H185 - 214
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 1 through 25 )L1 - 25
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 26 through 61 )L26 - 61
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 62 through 90 )L62 - 90
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 91 through 101 )L91 - 101
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 102 through 113 )L102 - 113
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 114 through 144 )L114 - 144
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 145 through 155 )L145 - 155
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 156 through 174 )L156 - 174
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resid 175 through 188 )L175 - 188
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'L' and (resid 189 through 211 )L189 - 211
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 1 through 32 )H1 - 32
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'H' and (resid 33 through 44 )H33 - 44
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'H' and (resid 45 through 59 )H45 - 59
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'H' and (resid 60 through 72 )H60 - 72
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'H' and (resid 73 through 87 )H73 - 87

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る