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- PDB-5w0d: Inferred precursor (UCA) of the human antibody lineage K03.12 in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w0d
タイトルInferred precursor (UCA) of the human antibody lineage K03.12 in complex with influenza hemagglutinin H1 Solomon Islands/03/2006
要素
  • (Lineage K03.12 UCA antibody ...) x 2
  • Hemagglutinin HA1
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / influenza neutralizing antibody germline precursor / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell ...immunoglobulin complex / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / : / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulin V-Type ...: / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / : / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin / IGL@ protein / IgG H chain
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.899 Å
データ登録者McCarthy, K.R. / Harrison, S.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI089618 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1U19AI117892-01 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2018
タイトル: Memory B Cells that Cross-React with Group 1 and Group 2 Influenza A Viruses Are Abundant in Adult Human Repertoires.
著者: McCarthy, K.R. / Watanabe, A. / Kuraoka, M. / Do, K.T. / McGee, C.E. / Sempowski, G.D. / Kepler, T.B. / Schmidt, A.G. / Kelsoe, G. / Harrison, S.C.
履歴
登録2017年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1
B: Lineage K03.12 UCA antibody heavy chain
C: Lineage K03.12 UCA antibody light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0329
ポリマ－74,1153
非ポリマー1,9186
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7230 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area29870 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)40.620, 61.660, 83.860
Angle α, β, γ (deg.)106.57, 95.25, 106.70
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Hemagglutinin HA1


分子量: 25140.014 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 73-288 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Solomon Islands/3/2006(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Solomon Islands/3/2006(H1N1) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: D1MPH2, UniProt: A7UPX0*PLUS

-
抗体 , 2種, 2分子 BC

#2: 抗体 Lineage K03.12 UCA antibody heavy chain


分子量: 26570.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: S6B2A6
#3: 抗体 Lineage K03.12 UCA antibody light chain


分子量: 22403.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6IPQ0

-
糖 , 2種, 3分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 249分子

#6: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.15 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 200 mM sodium chloride, 100 mM PIPES, pH 6.0, 20% w/v PEG2000 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月26日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.899→50 Å / Num. obs: 54618 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1121 / Net I/σ(I): 8.22
反射 シェル解像度: 1.899→1.967 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 1.395 / Mean I/σ(I) obs: 1.13 / Num. unique obs: 5534 / CC1/2: 0.536 / % possible all: 93.86

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 5W0D & 5UGY

5w0d

5ugy


解像度: 1.899→39.85 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 32.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 2715 4.98 %
Rwork0.196 --
obs0.198 54497 94.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.899→39.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4979 0 125 246 5350
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085249
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0337160
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.2861906
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059793
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006901
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.899-1.93360.4121170.42162781X-RAY DIFFRACTION92
1.9336-1.97070.37591350.32612722X-RAY DIFFRACTION95
1.9707-2.0110.33011530.28672730X-RAY DIFFRACTION94
2.011-2.05470.33391270.26562757X-RAY DIFFRACTION95
2.0547-2.10250.31151260.27872735X-RAY DIFFRACTION94
2.1025-2.15510.30331330.26392735X-RAY DIFFRACTION94
2.1551-2.21330.32011250.26292690X-RAY DIFFRACTION93
2.2133-2.27850.40731510.27542762X-RAY DIFFRACTION95
2.2785-2.3520.31661440.24482711X-RAY DIFFRACTION94
2.352-2.4360.27921360.23242781X-RAY DIFFRACTION96
2.436-2.53360.25741500.22142753X-RAY DIFFRACTION94
2.5336-2.64880.27021540.21882568X-RAY DIFFRACTION91
2.6488-2.78850.28741720.21542733X-RAY DIFFRACTION95
2.7885-2.96310.22941420.20772769X-RAY DIFFRACTION95
2.9631-3.19180.22411430.19442747X-RAY DIFFRACTION95
3.1918-3.51280.23371610.17472588X-RAY DIFFRACTION91
3.5128-4.02070.20191540.15762793X-RAY DIFFRACTION96
4.0207-5.06410.14211610.13642685X-RAY DIFFRACTION93
5.0641-39.8590.20171310.16562742X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7579-1.28861.41828.2256-2.2032.36160.2933-0.3276-0.44280.7703-0.3075-0.30690.19710.36110.02320.3797-0.0371-0.07580.32340.09320.355611.16592.426-28.5201
22.33021.20190.14225.8328-1.01621.52690.06120.09370.036-0.2461-0.05650.07110.0725-0.0131-0.00170.20260.01850.04020.2078-0.01250.26851.64338.6659-43.0151
32.21230.46160.21823.76580.14571.68270.0954-0.16890.05380.5849-0.07760.6577-0.0095-0.1938-0.0020.2373-0.02740.09770.24160.01230.3884-4.310912.5084-34.1921
43.56191.8114-0.65266.2786-1.31884.5760.1975-0.35050.7450.1261-0.09920.0369-0.4650.1763-0.18580.31120.0340.05390.20460.03930.500711.224452.0636-53.1523
51.3379-0.0685-0.31522.6389-0.29941.88060.13680.08810.2937-0.146-0.0706-0.3231-0.20240.0847-0.03090.1966-0.00890.04670.21580.06450.460614.036241.8162-54.1087
60.2151.0652-0.91593.7001-3.35293.64580.03840.04470.0641-0.0607-0.1421-0.0982-0.1350.1390.1210.23820.02880.04850.24570.04320.42178.965242.8561-57.204
72.5248-0.3169-1.47164.71120.310.96720.0730.8028-0.1803-0.3090.22680.2751-0.1880.1789-0.33730.6576-0.0747-0.1430.52980.1110.4828.104369.4533-89.5907
83.01351.66260.89023.0724-0.83234.1649-0.0288-0.0749-0.02090.62670.40030.3192-0.6614-0.6589-0.29160.77140.0926-0.01480.41850.06450.387.442973.0478-80.2625
93.3951-0.31143.25762.6726-0.66234.4801-0.38510.2110.67550.48940.12680.0512-1.65470.12540.25141.1092-0.01090.03610.43490.12040.58913.470979.2331-85.3386
104.50841.07071.08894.45-1.06914.41540.1410.70580.0316-0.36-0.10680.0180.0614-0.0108-0.04320.24810.08190.03270.32620.00420.2765-3.180935.9865-69.1296
115.27961.9302-1.29524.0044-1.12794.2797-0.24140.2502-0.1255-0.23110.4716-0.13810.2438-0.1757-0.23470.5285-0.0513-0.06290.39140.00360.24479.917657.6485-87.8747
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 50 through 108 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 109 through 174 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 175 through 263 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 17 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 18 through 91 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 92 through 144 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 145 through 165 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 166 through 223 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 224 through 235 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 2 through 107 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 108 through 211 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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