PDB-5vvf: Crystal Structure of 354BG1 Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vvf

タイトル

Crystal Structure of 354BG1 Fab

要素

354BG1 Heavy Chain
354BG1 Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / HIV / broadly neutralizing antibody

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Scharf, L. / Gristick, H.B. / Bjorkman, P.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Asymmetric recognition of HIV-1 Envelope trimer by V1V2 loop-targeting antibodies.
著者: Haoqing Wang / Harry B Gristick / Louise Scharf / Anthony P West / Rachel P Galimidi / Michael S Seaman / Natalia T Freund / Michel C Nussenzweig / Pamela J Bjorkman /

要旨: The HIV-1 envelope (Env) glycoprotein binds to host cell receptors to mediate membrane fusion. The prefusion Env trimer is stabilized by V1V2 loops that interact at the trimer apex. Broadly ...

履歴

登録	2017年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vvf.cif.gz	186.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vvf.ent.gz	148.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vvf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/5vvf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/5vvf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	21204C 8693C 8695C 5viyC 5vj6C 3piqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6c5i-d 5vh3-1 1wcb-2 4why-1 4xbg-1 6phh-2 6phh-1 6dg2-1 5d1z-5 3cfj-3 4yxh-2 5ig7-1 6srv-2 5tkj-4 7k8p-d 3ls5-d 8fab-2 4xbp-1 5chn-1 1rih-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: 354BG1 Heavy Chain

L: 354BG1 Light Chain

ヘテロ分子

50.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.630, 95.630, 103.951
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	L-418- HOH
2	1	L-511- HOH

#1: 抗体	354BG1 Heavy Chain 分子量: 27111.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	354BG1 Light Chain 分子量: 23527.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 2% v/v PEG 550 MME, 100 nM NDSB-256

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→82.82 Å / Num. obs: 37475 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.5 % / Net I/σ(I): 7.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11_2567: ???)	精密化
iMOSFLM	7.2.1	data processing
Aimless	7.0.038	データ削減
Aimless	7.0.038	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2909 FAB (PDB CODE 3PIQ)

3piq

解像度: 2→29.97 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.39

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	3724	9.97 %
R_work	0.21	-	-
obs	0.214	37356	99.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→29.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3309	0	4	242	3555

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3401
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.948	4635
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.148	2000
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	510
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	602

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0254	0.372	127	0.3222	1251	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0254-2.052	0.3644	152	0.3268	1174	X-RAY DIFFRACTION	99
2.052-2.0801	0.3478	160	0.3257	1243	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0801-2.1098	0.2901	143	0.3106	1208	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1098-2.1413	0.2935	121	0.2934	1243	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1413-2.1748	0.358	125	0.2779	1271	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1748-2.2104	0.326	118	0.2735	1216	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2104-2.2485	0.3123	123	0.2645	1254	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2485-2.2894	0.2635	110	0.2608	1262	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2894-2.3334	0.2993	126	0.2531	1257	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3334-2.381	0.3229	129	0.2506	1219	X-RAY DIFFRACTION	99
2.381-2.4327	0.2973	149	0.2445	1229	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4327-2.4893	0.2788	148	0.2473	1196	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4893-2.5515	0.2522	139	0.2405	1236	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5515-2.6205	0.2953	139	0.2436	1241	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6205-2.6975	0.2602	141	0.2426	1244	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6975-2.7846	0.2904	138	0.2309	1242	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7846-2.884	0.2535	144	0.2367	1262	X-RAY DIFFRACTION	100
2.884-2.9994	0.2715	141	0.234	1247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9994-3.1357	0.2648	151	0.2173	1230	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1357-3.3009	0.2571	150	0.2165	1241	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3009-3.5074	0.2249	147	0.1976	1244	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5074-3.7777	0.2149	130	0.1773	1258	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7777-4.157	0.2195	120	0.1644	1317	X-RAY DIFFRACTION	100
4.157-4.7564	0.1795	139	0.1418	1245	X-RAY DIFFRACTION	98
4.7564-5.9848	0.2055	165	0.1662	1264	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9848-29.9763	0.2141	149	0.1945	1338	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9834	0.3545	-2.0082	1.0013	0.363	6.7693	0.2027	-0.4484	0.0452	0.1938	0.2641	-0.4838	-0.1496	1.1493	-0.3805	0.3616	-0.0478	-0.0871	0.4761	-0.0438	0.3318	62.76	-26.4903	11.3222
2	2.2983	-0.2089	-0.598	2.2672	1.0985	2.2974	0.1193	-0.7579	-0.1691	0.6616	0.0411	-0.1282	0.3089	0.4828	-0.2649	0.4818	-0.0348	-0.0843	0.5638	-0.0071	0.2356	54.63	-27.7792	21.8522
3	1.6072	-0.3947	-0.4694	1.6421	-0.2214	1.745	0.0355	-0.067	-0.0171	0.0218	0.0328	0.0449	0.3643	0.2095	-0.0304	0.3593	-0.0079	-0.0352	0.4175	-0.0228	0.2158	50.3487	-31.5486	12.0987
4	2.2788	0.07	-1.0876	2.4761	-0.309	4.699	0.0113	0.0071	-0.2238	-0.1543	-0.1029	-0.1544	0.7072	0.414	0.0219	0.4106	0.0534	-0.0119	0.5101	-0.0285	0.2939	59.0171	-32.3579	6.8553
5	2.0403	-0.501	-0.1975	2.0926	0.1914	2.8363	0.047	-0.5843	-0.0001	0.4974	-0.0091	0.1776	0.0484	-0.4838	-0.0044	0.3744	-0.044	0.0173	0.4887	-0.0339	0.1927	42.9948	-24.3251	19.1085
6	1.9522	0.8656	0.3937	1.6693	-0.361	1.1862	-0.1857	-0.348	0.2252	-0.0529	0.3166	-0.6739	0.0087	0.841	-0.1802	0.2772	0.0122	0.0394	0.564	-0.0678	0.44	68.1073	-22.4854	3.0542
7	2.706	-0.988	0.0491	1.9046	-0.3687	2.0426	-0.0684	-0.0591	0.6197	0.065	-0.1945	-0.7199	-0.2827	0.4944	0.2625	0.3205	-0.0758	0.0162	0.4756	0.0003	0.6423	73.0619	-4.5086	-4.9074
8	1.5672	1.8727	0.1567	6.1978	-0.0081	2.0611	-0.0939	0.2223	0.2218	-0.4402	0.2512	0.2038	0.197	-0.0975	-0.295	0.3358	-0.0401	0.0026	0.4116	0.0073	0.307	38.9314	-9.9685	0.7477
9	2.7437	1.5166	0.1116	3.3759	0.1621	1.2276	-0.1821	0.0244	-0.1808	-0.3083	0.1415	0.2948	0.1748	-0.4806	0.0285	0.2971	-0.0791	-0.0132	0.4263	-0.0547	0.2531	35.6128	-17.2845	6.4656
10	9.0865	-0.2799	-5.8781	2.6086	-1.3586	5.4313	0.1175	0.001	0.4178	0.2825	0.0064	-0.2952	-0.2204	0.2257	-0.0774	0.2644	-0.0831	-0.0075	0.3595	-0.081	0.2847	48.7679	-12.1414	11.276
11	1.0171	0.2437	-0.9703	1.4036	-0.5468	2.3786	0.1155	-0.0503	0.135	0.0341	-0.0374	-0.0202	-0.1678	-0.0647	-0.1083	0.2531	-0.0413	-0.0217	0.3321	-0.0333	0.2728	46.0917	-9.3809	2.9152
12	1.2068	-0.2855	-0.4405	2.005	0.9142	2.1592	0.0103	0.2987	0.0802	-0.4689	0.0183	-0.214	-0.2848	0.3794	-0.0197	0.4034	-0.0666	0.0659	0.3991	0.0122	0.3212	59.4295	-8.3388	-16.6451
13	2.8445	-0.1964	-0.2298	2.6151	-0.0811	2.2818	0.0122	0.5262	0.3114	-0.4522	-0.0039	-0.4292	-0.1488	0.1783	-0.0426	0.4047	-0.1	0.119	0.4166	0.0249	0.4069	62.2061	-5.2021	-18.0132

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN H AND RESID 1:17 )	H	1 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN H AND RESID 18:33 )	H	18 - 33
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN H AND RESID 34:75 )	H	34 - 75
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN H AND RESID 76:87 )	H	76 - 87
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN H AND RESID 88:103 )	H	88 - 103
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN H AND RESID 104:119 )	H	104 - 119
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN H AND RESID 120:213 )	H	120 - 213
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN L AND RESID 1:18 )	L	1 - 18
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN L AND RESID 19:38 )	L	19 - 38
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN L AND RESID 39:48 )	L	39 - 48
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN L AND RESID 49:128 )	L	49 - 128
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN L AND RESID 129:163 )	L	129 - 163
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN L AND RESID 164:213 )	L	164 - 213

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)