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- PDB-5vbr: CRYSTAL STRUCTURE OF THE FIRST BROMODOMAIN OF HUMAN BRDT IN COMPL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vbr
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE FIRST BROMODOMAIN OF HUMAN BRDT IN COMPLEX WITH Volasertib
要素Bromodomain testis-specific protein
キーワードTRANSCRIPTION/INHIBITOR / BROMODOMAIN / CAP / HUNK1 / MCAP / PROTEIN BINDING-INHIBITOR COMPLEX / MITOTIC CHROMOSOME ASSOCIATED PROTEIN / INHIBITOR / TRANSCRIPTION-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm DNA condensation / male meiotic nuclear division / regulation of RNA splicing / male meiosis I / histone H4 reader activity / : / RNA splicing / mRNA processing / histone binding / transcription coactivator activity ...sperm DNA condensation / male meiotic nuclear division / regulation of RNA splicing / male meiosis I / histone H4 reader activity / : / RNA splicing / mRNA processing / histone binding / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IBI / Bromodomain testis-specific protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者EMBER, S.W. / ZHU, J.-Y. / SCHONBRUNN, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)HD076542-01S1 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Differential BET Bromodomain Inhibition by Dihydropteridinone and Pyrimidodiazepinone Kinase Inhibitors.
著者: Karim, R.M. / Bikowitz, M.J. / Chan, A. / Zhu, J.Y. / Grassie, D. / Becker, A. / Berndt, N. / Gunawan, S. / Lawrence, N.J. / Schonbrunn, E.
履歴
登録2017年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月11日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_audit_support / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.32021年11月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain testis-specific protein
B: Bromodomain testis-specific protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,63017
ポリマ－26,6392
非ポリマー1,99115
水4,035224
1
A: Bromodomain testis-specific protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3469
ポリマ－13,3191
非ポリマー1,0278
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bromodomain testis-specific protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2848
ポリマ－13,3191
非ポリマー9657
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3710 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area12900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.450, 31.050, 69.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.090, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain testis-specific protein / Cancer/testis antigen 9 / CT9 / RING3-like protein


分子量: 13319.365 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 29-137 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRDT / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) STAR / 参照: UniProt: Q58F21
#2: 化合物 ChemComp-IBI / N-{trans-4-[4-(cyclopropylmethyl)piperazin-1-yl]cyclohexyl}-4-{[(7R)-7-ethyl-5-methyl-8-(1-methylethyl)-6-oxo-5,6,7,8-tetrahydropteridin-2-yl]amino}-3-methoxybenzamide / Volasertib


分子量: 618.813 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H50N8O3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.45 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 8 MG/ML BRDT, 25MM HEPES PH 7.5, 75MM SODIUM CHLORIDE, 0.5MM DTT, 50MM MES PH 6.5, 0.1M AMMONIUM, SULFATE, 15% PEG MME 5,000, 10% DMSO, 1 MM Volasertib

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月8日
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE-CRYSTAL si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→69.267 Å / Num. obs: 22421 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 13.91 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 0.984 / Net I/σ(I): 15.45
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.9-1.953.7190.4173.6816520.8680.48999.9
1.95-23.7070.3334.6315780.8990.39199.7
2-2.063.7250.2685.5815770.9380.31499.7
2.06-2.123.7030.2176.9514970.9510.25599.9
2.12-2.193.7120.1778.2414730.9720.20899.9
2.19-2.273.7130.1688.5714070.9740.19799.6
2.27-2.363.7350.1410.1113650.9810.16499.8
2.36-2.453.7320.13510.6313120.9820.15899.5
2.45-2.563.7280.10512.8112790.990.12399.8
2.56-2.693.720.08814.8112060.9920.10399.8
2.69-2.833.7260.07716.8511840.9920.09199.9
2.83-33.7170.06219.8510830.9950.073100
3-3.213.7270.05223.1410360.9960.06199.4
3.21-3.473.7170.04227.679790.9980.04999.7
3.47-3.83.6810.03532.988850.9980.041100
3.8-4.253.6650.0335.778110.9990.03599.6
4.25-4.913.6550.02539.427040.9990.0399
4.91-6.013.6140.02734.446290.9990.03299.8
6.01-8.53.5220.02735.034810.9990.03299.6
8.5-69.2673.1910.02338.032830.9990.02897.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
SERGUIデータ収集
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KCX

4kcx


解像度: 1.9→69.267 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2012 1120 5 %
Rwork0.1546 --
obs-22419 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 125.44 Å2 / Biso mean: 20.3547 Å2 / Biso min: 6.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→69.267 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1836 0 136 224 2196
Biso mean--22.59 24.28 -
残基数----221
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062013
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0142705
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036280
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005329
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.414826
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9001-1.98660.26361380.198826212759100
1.9866-2.09130.19041380.171826202758100
2.0913-2.22230.19611400.155726602800100
2.2223-2.39390.21641390.159126372776100
2.3939-2.63490.20331400.160826542794100
2.6349-3.01610.21841400.155726562796100
3.0161-3.80.18581410.148626902831100
3.8-69.31280.18161440.13572761290599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.77731.8551-1.73624.0805-0.04274.4242-0.05020.14580.239-0.07150.02240.36930.1518-0.24080.01490.11190.0198-0.050.11160.0190.16134.2091-0.53811.0231
22.7098-1.96870.09832.7873-0.07210.5780.03710.02760.0485-0.1095-0.0098-0.02440.0476-0.0731-0.0270.0759-0.01410.00750.0784-0.01710.081126.1317-5.80132.5984
34.83991.21853.12231.17510.92772.69060.0571-0.0002-0.1716-0.07790.03010.09030.0604-0.0576-0.05820.1089-0.00380.00540.07080.00910.099213.0716-7.78285.0689
44.24691.1511-3.9495.09741.87345.48260.391-0.23560.01640.50820.0345-0.608-0.40890.5866-0.11160.1938-0.0016-0.01910.10620.00220.103730.74291.715414.0955
52.64832.4137-0.87462.554-0.50322.171-0.0368-0.12430.4132-0.05940.04490.2876-0.0526-0.24460.0080.13280.0167-0.0030.09490.00690.113311.78154.31969.8731
67.8182-0.66971.28713.70373.84157.2655-0.0126-0.1890.36350.20030.10870.8947-0.0058-0.94930.12640.1346-0.00360.08450.29340.08550.3938-2.507-3.700524.5265
72.9776-1.53163.29392.8296-0.37955.62130.0219-0.4291-0.24720.31280.20970.3910.315-0.4639-0.17140.2375-0.010.0550.17320.04750.15156.8514-10.46429.8598
82.37241.33391.01742.48571.00430.93290.0008-0.08180.03530.24090.03090.0387-0.0782-0.0514-0.01970.19060.02260.0070.10130.00380.075122.5319-1.301130.5376
94.4623-1.63720.12673.715-2.61593.0395-0.2035-0.4210.04380.6590.09520.4048-0.1458-0.4720.04310.27070.02290.09110.1893-0.03130.18777.65210.953831.7526
104.939-0.1471-0.34541.9812-0.23511.9531-0.0716-0.04960.14980.11720.09110.3546-0.0824-0.205-0.00340.16210.0122-0.00080.09820.01970.111411.52090.820322.3271
113.5206-3.8808-3.67224.72023.61114.2630.1759-0.1844-0.0041-0.1545-0.0507-0.50020.65240.58110.01010.24960.02570.01080.14040.01090.085529.7895-8.871420.7997
123.0017-1.32223.36522.8455-0.80794.4443-0.03190.07890.11570.11310.07530.43390.0531-0.2599-0.09790.1778-0.02270.0150.12380.06220.190510.3527-11.07220.0403
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 25 through 45 )A25 - 45
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 46 through 75 )A46 - 75
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 76 through 108 )A76 - 108
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 109 through 113 )A109 - 113
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 114 through 136 )A114 - 136
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 28 through 37 )B28 - 37
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 38 through 45 )B38 - 45
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 46 through 75 )B46 - 75
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 76 through 84 )B76 - 84
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 85 through 108 )B85 - 108
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 109 through 113 )B109 - 113
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 114 through 136 )B114 - 136

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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